「アオギリの樹」に連れ去られたカネキを救出しようと、芳村、四方、トーカ、ニシキ、ヒナミ、ウタが集まった。更に驚くべき人物もそこに加わり…。ＣＣＧの亜門ら捜査官たちもまた、千人を超える体制で１１区にあるアオギリの拠点に突入しようとしていた。「アオギリの樹」とＣＣＧ、そして「あんていく」の三つ巴の戦いが始まる…。

「梟」の情報を得るため、ＣＣＧの亜門鋼太朗（アモン コウタロウ）とそのパートナーで、かつての上司・真戸呉緒（マド クレオ）の娘である真戸 暁（マド アキラ）は、生きたまま捕獲された喰種の収容所・コクリアを訪れていた。23区にあるこの施設には、かつて孤児院で亜門の父親代わりだったＳＳレートの喰種、ドナート・ポルポラが収容されている。彼から情報を聞き出そうとする亜門たち。しかしその時、コクリアに「アオギリの樹」が急襲してくる。