After BUGS1 was wiped out by the surprising life on mars, U-NASA deployed 15 people as a part of BUGS2 to go to Mars to investigate and if possible to exterminate the cockroaches.

「バグズ2号」の惨劇から20年後の、2619年…原因不明の病に伏す幼馴染の百合子を救うため、20歳の少年、膝丸燈はバンコク郊外の地下競技場に立っていた。優勝賞金を手にし、臓器移植手術を百合子に施すためにここまで勝ち抜いてきた燈をあざ笑うかの如く、最後の対戦相手として現れたのは、巨大な殺人熊。生物としての圧倒的な力の差に蹂躙される燈だったが、彼の目が突然変態する。

A.E.ウイルスのワクチンを作るため、火星へと飛び立ったアネックス1号。燈ら100名のクル―はこれから待ち受ける命がけの任務をよそに、火星に着くまでの束の間の日常を噛みしめる。残り3時間で火星到着となった時、突如監視カメラに不具合が発生する。火星を目前にしてのトラブルに不吉な予感を隠せないミッシェルだが、同時刻、燈らの前に「ヤツら」が現れる。

突如現れたテラフォーマー達によって、アネックス1号は一瞬にして血の海となってしまった。状況を打破するために「薬」を取りに行った燈とマルコスが目にしたのは、その「薬」を淡々と破壊していくテラフォーマー。何者かの陰謀を感じざるを得ない絶望的な状況に、ミッションの中止と地球への帰還を提言する小吉。しかし、モニター越しのアネックス計画司令官から言い渡されたのは、まさかの「ミッションの続行」だった。

小吉率いる第１班は、無事火星に着陸したのも束の間、脱出機に取りついていたテラフォーマーの襲撃に遭う。相手が１匹だけであることを好機と捉え、この１匹を捕獲しようと画策するが、突如飛来した別のテラフォーマーにより、状況は一変する。チームの危機を救うため、大切な人を守るため、シ―ラは勇気を振り絞り、「対テラフォーマー発射式蟲獲り網」の照準を合わせる。

グランメキシコでの懐かしい日々を思い返すマルコス。太陽のような笑顔で自分を照らしてくれていたシ―ラは、もういない。全ての怒りをもってテラフォーマー達をなぎ倒していくマルコス。その眼には亡き友に捧ぐ、悲しみの涙が……同時刻、燈・ミッシェルら第2班もテラフォーマー達に囲まれていた。変態を済ませたミッシェルは、ヤツらへの怒りをむき出しに戦う。ついに、ミッシェルが父から受け継いだ「奇跡」の能力が明らかになる。

2班脱出機に突然飛び移ってきたのは、脚が異様に発達した謎のテラフォーマー。操縦桿を握り、空へと飛び出す脱出機。「なぜヤツらが脱出機を運転できるのか？」その疑問に答えられる者は無く、死を覚悟した八恵子達。仲間を助けにいく燈は、ついに自身の手術ベースを明らかにする。一方水中では、ミッシェルと水中仕様型テラフォーマーの、戦いのゴングが既に鳴り響いていた。

謎のテラフォーマー2体との死闘を制した燈・ミッシェルら第2班。戦闘を終え次の移動の前に着替えをするミッシェル、男子の本能としてそれを覗かねばならない燈とアレックス。火星を舞台に、もうひとつの死闘が始まろうとしていた。一方、謎のピラミッドを前にして、アシモフら3班と、エレナの命を奪ったテラフォーマーとの戦いの火ぶたが切っておろされる。

雨の中、アネックス本艦のもとへ,脱出機を走らせるアドルフら第五班。だが突如、あり得ない所から向かってきた第四班の脱出機と激突し、斜面下へと落下してしまう。そこに待ち受けるテラフォーマー達との戦いが始まろうとする中、アドルフは自分の過去に思いを馳せる。M.O.手術の被験体として過ごした、孤独な少年期の事。そして、そんな自分を変えてくれた、大切な人の事を思い返す。

After BUGS1 was wiped out by the surprising life on mars, U-NASA deployed 15 people as a part of BUGS2 to go to Mars to investigate and if possible to exterminate the cockroaches.

自身のやり場の無い怒りを、悲しみを、迫りくるテラフォーマーに「電撃」として打ち込んでいくアドルフ。その眼からこぼれる涙は誰のためのものなのか。その電撃が尽きかけた時、ついにヤツらのボスが現れる。一転して統率の取れた軍隊のごとく襲いかかる敵に対し、為す術無く倒れるアドルフ。

強烈な雷がヤツらを襲う。それは、神の怒りそのもののように。全てを出しつくし、倒れこむアドルフと、それを支えるエヴァ。しかし、勝利の安堵は一瞬にして打ち砕かれる。適切な蘇生法によってボスを取り戻したテラフォーマー達は、全勢力をもって第五班を攻める。初めて得た「仲間」と共に地球へ帰ることを信じ、その猛攻に必死で抗うアドルフ。今、「実験動物」が「人間」に変わる。

テラフォーマー達によって分断された第１班。暗い穴の底では、地球対火星の無差別級異種格闘技戦のゴングが鳴らされた。火星代表、クロカタゾウムシ型テラフォーマーに対するは、地球代表・鬼塚慶次。ただひたすらに愚直な生き方を続けてきたこの男。母さんが愛した島を守るため、信じてくれる仲間を守るため、鬼塚は再びリングに立つ。惑星間の生存を懸けた、漢達の仁義なき殴り合い。その第一ラウンドが、今始まった。

「カイコガ」の能力を持つテラフォーマーによって張り巡らされた糸の中で、小吉は秋田奈々緒を思い出す。バグズ2号計画でヤツらに無残にも殺された奈々緒の遺体を、火星に置いてきてしまった後悔…小吉は今、20年前の因縁に決着を付けようとしていた。20年間止まったままの時計の針を、小吉は再び動かすことができるのか…！その頃、ピラミッド内を探索する第３班は不可解な、「あるはずの無い人工物」を見つける。同時刻、火星の空に轟音が鳴り響く。

第１班のピンチに、ついに合流を果たした第２班！燈・ミッシェルはそれぞれ１班を襲うバグズ型テラフォーマーと相対する。そして、１班と２班の合流は即ち、シーラの死をアレックスが直視することでもあった。一方その頃地球では、合衆国大統領と日本国内閣総理大臣、蛭間一郎との極秘会談が催されていた。背後に渦巻く様々な思惑と、眼前に迫るヤツらの脅威に挟まれる燈らアネックスクルー。この未曽有の環境下で、極限サバイバルの最終楽章が始まる。

西暦2620年。かつて人類が遂行した「テラフォーミング計画」により火星は地球に近い星へと変貌を遂げたが、一方で謎の進化生物“テラフォーマー”との遭遇、致死率100%の 病原体“エイリアンエンジンウィルス”の地球飛来という2つの問題が生まれてしまった。この悪夢を断ち切るべく、特殊な手術で人体を強化されたクルーが火星へと送り出された。主人公 膝丸燈とミッシェル・K・デイヴスをはじめ、さまざまな過去を背負いながら懸命に戦う戦士たち。その胸には、失った仲間への思いや地球で自分たちの帰りを待つ人々の姿が刻まれていた。

火星で散り散りになったクルーたち。行動を共にする第一班と第二班は、合流を目指してアネックス本艦へと向かう。第三班は通信不能、第六班からのSOS信号に次いで第四班の全滅報告に、気持ちが沈む小吉たち。一方、別行動を取っていたアシモフたち第三班は調査をしていたピラミッドの中で衝撃の事実を目の当たりにする。時を同じくして、無人のはずのアネックス本艦にてテラフォーマーの死体の山が築かれる。火星で何が起きている 誰も知らなかった事実が、ついに明らかになる。

劉の発勁と豹紋蛸の毒で満身創痍のアシモフ。それでも攻撃の手を緩めることなく、徐々に劉を追い詰めていく。さらにアレクサンドルの策略も加わり、混迷を極める第三班と第四班の死闘。その最中、アネックスの周囲を囲む巨大な黒い影。鳴りを潜めていたテラフォーマーが、大群となりアネックス本艦を包囲する。 人間同士の争いをあざ笑うかのように、容赦なく襲いかかるテラフォーマー。命がけのバトルは「人間VS人間VSテラフォーマー」の三つ巴の戦いへとなだれ込んでいく。

細菌型M.O.手術を施した紅の能力発動により撤退を余儀なくされた第四班。しかし、一人アネックス本艦に残る男がいた。A.Eウィルスに感染した妻の病気を治すため、ロシアで最初にワクチンを造る、そう誓った男。愛する家族を守るため、ただそれだけのために、細菌兵器の舞う艦内を決死の覚悟で進んでいく。男の名はアレクサンドル・アシモフ。地球に帰った後の生活すら捨てた者たちと、死んででも守りたいものがある男との、譲れないバトルが始まる。

アレクサンドルとの死闘を終え、燈とミッシェルを追う第四班。一方、燈とミッシェルは、第六班、ジョセフの助けを求めて高速脱出機を走らせる。その最中、突如二体のテラフォーマーが二人の行く手を阻んだ。ミッシェルと同じパーツを持つパラポネラ型と、武術の心得があるかのごとく隙の無い動きで燈を追い詰めるマイマイカブリ型。パラポネラ型を目にしたミッシェルは、未だかつて見たことの無い激しい怒りを露にする。パラポネラ型のベースになっているのは、20年前にこの火星で息絶えた父、ドナテロ・Ｋ・デイヴスの能力なのだからだ。

仲間の思いが込められた剣を手にした燈。どこで生まれたかも、造られたかもわからない自分に、存在意義と繋がりを与えてくれた『膝丸』という名のその剣に誇りを込め、再びマイマイカブリ型テラフォーマーへと立ち向かう。一方、パラポネラ型テラフォーマーとミッシェルの激闘は続いていた。父親の遺体、父親の能力を弄ばれた怒りと憎しみをその拳に込めて、何度倒れても起き上がり宿敵の体へねじ込んでいく。

燈とミッシェルは成す術なく、爆に捕獲されてしまった。二人が一号機へと担ぎ込まれると、そこへ怯えた八恵子と膝を負傷したアレックスも連行される。すると突如目の前に現れたのはおびただしい数のテラフォーマー。燈から奪い取った膝丸を手に、爆は向かい来るテラフォーマーを次々と切り裂いて行くが、この量には敵わないと判断し、囮として八恵子をためらいなく車外へ放り出す。混乱と恐怖に包まれた八恵子の元へ反射的に飛び出した生身のアレックス―そしてテラフォーマーの波が二人に迫る。

八恵子とアレックスの危機に駆けつけた第六班オフィサー・ジョセフ。西洋刀・ジョージ・スマイルズを携えて、生身の体ながら圧倒的な強さをテラフォーマーに、そして爆にぶつけていく。一方、アネックスに向かう地下坑道では、一班と二班のクルー達が電波塔を奪取する計画を進めていた。夜明けと共に作戦を開始しようとしたその瞬間、クルー達の前に不穏な影が現れる。

一、二班のアネックス奪還への道は、またしても阻まれてしまった。マルコスが爆と交戦する一方、計画を遂行する為アネックス本艦に向けて全力疾走する慶次達。アネックス内への侵入には成功するが、すぐにオニヤンマ型テラフォーマーに行く手を阻まれる。艦内に充満する細菌は、近寄る者の身体を無差別に蝕む。残された活動限界時間は15分しかなかった。

細菌が充満する艦内に侵入したウォルフ達は、防護服の確保に走る。だがその頃、謎の影が残りの防護服をすべて破壊していた。一方危険を察知したウォルフ達は迂回して目的地を目指すが、刻一刻と活動限界は迫る。徐々に蝕まれていく身体。ハッキングを目指すエンジニア集団と、それを阻止する第四班に、忍び寄るテラフォーマー達。アネックスを舞台に、火星の命運を懸けた最後の三つ巴の戦いが始まる。

必死の思いでコントロールルームにたどり着いたウォルフ達は、ハッキングを開始する。地球ではエンジニアとして地味に、不器用に生きていたウォルフ。だが今、彼は地球を救うため、頭脳と技術をフルに活かし戦う。 一方、コントロールルームの外では西と慶次が交戦していた。四班以外のコントロールルームへの侵入を阻止しようとする西だが、部屋の異変に気付いてしまう。

ハッキングは阻止され、アネックス艦内での活動限界として定めた時間は既に過ぎた。電波塔の奪還は絶望的になり、悔しさに涙の止まらないウォルフ達。しかしその時、一人コントロールルームに残り作業を続けるクルーがいた――アミリアだ。皆が必死で繋いだ希望を捨てず、限界を超えている身体をハッキングただ一つに集中させる。命を削りながら、一歩一歩前へ進み地球への距離を縮めるアミリアだった。

人類を裏切り、燈とミッシェルを要求する第四班のオフィサー・劉に対し、艦長として必死に投降を呼びかける小吉だったが、それに応えるどころか無情にも攻撃を促す劉。被弾し、成す術の無くなった小吉に浴びせられたのは惨殺兵器の更なる弾丸の嵐。しかし気がつくとそこに小吉の死体は無く、劉たちは幻影を見せられていたことに気づく。戸惑う第四班の前へ間髪入れず突っ込んできたのは、アシモフ率いる第三班。第三班と第四班、それぞれ一歩も譲れない殴り合いが始まる。

So the crew have made it back to Earth, but the Terra Formars have too! Akari takes on a mission in Japan and things get heated up while Earth forces try to figure out how to stop the Cockroaches.

Earth forces continue to battle over the Pacific in defense of the islands there.