Rin Tohsaka, a young girl, finds her father's memento. All she has is a catalyst and a pendant. She sets out to summon Saber, a powerful spirit.

Gli eventi dell'episodio precedente accadono secondo una prospettiva diversa, quando Shirō si difende dagli attacchi di Lancer prima di evocare il proprio Servant, Saber.

Rin cerca di spiegare a Shirō la Guerra del Santo Graal e il proprio ruolo di Master con l'aiuto del suo tutore, Kirei Kotomine.

Rin, Archer, Shirō e Saber affrontano Berserker, il Servant apparentemente imbattibile di una nuova ragazza, in una lunga battaglia che potrebbe distruggerli.

Shirō scopre la verità su Saber e sulla funzione dei sette Servant. Intanto, Rin e Archer lottano contro un nemico che divora l'energia vitale degli umani.

Rin minaccia di fare del male a Shirō se lui non le consegna gli incantesimi di comando, ma i due decidono per una tregua dopo l'attacco di un Servant sconosciuto.

Concordata una tregua, Rin e Shirō rintracciano il Servant donna sconosciuto, scoprendo un segreto che rivela l'esistenza di un complotto più grande.

Dopo aver difeso Shirō da Caster, Archer permette al Servant donna che lo ha attaccato di fuggire, una decisione che irrita e confonde Shirō.

Shinji crea una nuova barriera intorno alla scuola, prelevando l'energia di tutti con l'eccezione di quella di Rin e Shirō, che sono assaliti da creature soprannaturali.

Dopo aver parlato con Taiga e Saber a cena, Shirō si domanda se vuole diventare un "eroe della giustizia" solo per ripercorrere le orme di Kiritsugu.

Rin suspects Kuzuki might be the Master of Caster. With the help of a hesitant Shirou, she implements a dangerous plan in a remote location to test out her theory.

Mentre progetta una strategia contro Caster insieme a Rin, Shirō, ferito, scopre che deve difendere i propri ideali di fronte a lei e ad Archer.

Shirō, Rin e Saber sono intrappolati all'interno di una barriera invisibile da Caster, che lancia poteri sconosciuti contro di loro nella battaglia per il Santo Graal.

Shirō riflette sugli eventi precedenti e ricorda gli ideali di Kiritsugu. Nel frattempo, Rin incontra Kirei in chiesa e fa una scoperta sconcertante.

Malgrado le recenti sconfitte, Shirō decide di continuare a battersi per il Santo Graal. Rin propone un'eccezionale alleanza con Illyasviel.

Illyasviel ha uno strano incontro con la madre, durante il quale scopre i segreti dei suoi familiari e il loro ruolo nella battaglia per il Santo Graal.

Il gruppo di Shirō si prepara allo scontro con Shinji. Inizia una battaglia all'ultimo sangue, alla fine della quale l'identità del Servant di Shinji è rivelata.

Rin e Shirō affrontano nuovamente Caster e il suo Master. Nel frattempo, Archer rivela il suo piano a Lancer.

Mentre cercano di mettere in salvo Rin dal dominio di Illyasviel, Shirō e Saber ricevono aiuto da una fonte inaspettata.

Archer e Saber rivelano il loro passato. Chi ha realizzato i propri ideali nel modo migliore? Archer sottolinea le somiglianze tra le sue motivazioni e quelle di Shirō.

Archer ha rivelato la sua vera identità e lotta all'ultimo sangue contro Shirō. Rin e Lancer continuano ad avere seri problemi con Shinji.

Shirō sta per perdere nello scontro con Archer, ma entrambi sono tormentati da frammenti di ricordi e Shirō vuole usare la situazione a proprio vantaggio.

Il Santo Graal dovrebbe essere evocato al tempio Ryūdō. Rin pensa che Shirō possa vincere la battaglia solo utilizzando la Creazione di Spade.

Rin e Shirō vogliono distruggere il Santo Graal presso il tempio Ryūdō. Nel frattempo, Saber affronta in un feroce duello il guardiano del tempio.

Tutti i combattenti rimasti nella lotta per il Santo Graal si affrontano in uno scontro finale per la sopravvivenza. Chi vincerà?

Dopo gli accadimenti in Giappone, i sopravvissuti ora sono membri della scuola dei maghi a Londra. Ci sono vecchie conoscenze e nuovi protagonisti.

An alternative ending. The final battle has ended, Saber still exists, and Shirou awakes to a peaceful sunny day.