Rien ne va plus à Blue Elysium ! Kojô a ramassé une jeune fille perdue : Yume. Cette dernière semble cacher un passé mystérieux. Elle aurait également une soeur, Lilou, mais impossible de savoir où se trouve cette dernière. À moins qu'elle ne soit plus proche qu'on l'imagine...

Lilou, alias Lilith dans le corps de Yume, peut offrir à l'organisation Kusuki-Élysée le pouvoir de contrôler la plus grosse et féroce bête divine jamais créée par les dieux : le Léviathan. Sauf qu'en fait, c'est peut-être elle qui profite des plans du président Kusuki pour pouvoir approcher du Léviathan. Mais dans quel but ?

Alors que Yukina surveille Kojô de loin, un drôle de bonhomme l'accoste. Il s'agit du père de Kojô et Nagisa. Il repart avec cette dernière en métropole pour aller voir leur grand-mère et passer le nouvel an là-bas. Mais resté sur l'île d'Itogami, Kojô n'a pas de nouvelles, ce qui commence à devenir inquiétant...

L'inquiétude de Kojô se confirme. Apparemment, Nagisa n'est pas partie pour un simple voyage, mais pour une opération de l'organisation Shishiô en relation avec un vestige de la Destruction sainte. Si c'est bien le cas, elle court alors un grave danger et Kojô est prêt à tout pour quitter l'île et partir à sa rescousse.

Gajô et Nagisa arrivent chez Hisano, la mère de Gajô. Mais l'accueil n'est pas des plus agréables. Gajô se retrouve emprisonné, et Nagisa est pour l'instant libre, mais elle est au centre d'une opération de plus grande ampleur. Un rituel va avoir lieu sur le lac Kannawa pour sceller Avalon.

Après sa défaite face à Paper Noise, Kojô a été secouru par Vatler, qui lui offre un petit séjour aux sources de Hakone, non loin du lac Kannawa. Au lac, désormais gelé, le rituel a mal tourné. Des monstres ont été libérés. Gajô, accompagné de Shio, s'empresse de récupérer Nagisa. Mais une immense créature surgit...

Les soldats des Forces d'Auto-Défense font tomber le masque : ce sont des partisans pour la Destruction sainte. Visiblement, leurs plans impliquent la présence de Nagisa et de Glenda. Mais ceux qui veillent sur les deux jeunes filles ont bien l'intention d'opposer résistance.