Neu in der Oberstufe trifft Nagisa seine ehemaligen Teammitglieder aus dem Schwimmclub wieder: Haruka und Makoto. Gemeinsam wollen sie die Zeitkapsel auf dem Gelände ihres alten Schwimmclubs ausgraben und werden dabei von dem vierten damaligen Mitglied, Rin, überrascht, der nach der Grundschule ins Ausland gegangen war.

Es kommt zum Wettkampf Haruka gegen Rin. Dieser hat sich während seiner Zeit im Ausland offenbar sehr verändert und scheint an der alten Freundschaft nicht mehr interessiert zu sein

Gemeinsam mit Rins Schwester Gou hat Nagisa Haruka und Makoto überredet einen neuen Schwimmclub zu gründen. Jetzt fehlt ihnen nur noch ein weiteres Mitglied und Nagisa ist überzeugt, dass ihr Mitschüler Rei der richtige ist, obwohl dieser da anderer Meinung ist

Der Iwatobi Swim Club beginnt sein Training. Aber da ihre Schwimmausrüstung nicht mehr auf dem neuesten Stand ist, müssen erst mal neue Badehosen her

Der Iwatobi Swim Club hält ein Trainingscamp ab. Da Rei als neues Mitglied das Gefühl hat, nicht mithalten zu können, will er nachts im Meer trainieren.

Die Mitglieder des Iwatobi Swim Clubs überdenken jeder für sich ihre Gründe zu Schwimmen und Makoto erzählt aus seiner Vergangenheit.

Ihr erster gemeinsamer Wettkampf rückt näher und Rin wird einer ihrer Gegner sein. Auch dieser hat seine eigenen Gründe, um zu Schwimmen.

Der Wettkampftag ist da und jeder der vier Jungen tritt in seinem Fachgebiet an. Als letztes wartet der Wettkampf im Staffelschwimmen auf sie.

Nach dem Wettkampf wollen sich die Jungen des Schwimmclubs auf einem Sommerfest entspannen. Aber Nagisa möchte vermeiden, dass sich Haruka und Rin über den Weg laufen, um weitere Konflikte zu vermeiden. Deshalb hat er Rei dazu ausersehen Rin zu verfolgen und ein Treffen der beiden zu verhindern.

Der Trainer Sasabe übernimmt das Training des Iwatobi Swim Clubs. Rei stört es, dass er als einziger nicht weiß, was in der Vergangenheit zwischen Rin und den anderen geschehen ist und Haruka beschließt, ihm davon zu erzählen.

Nachdem er Harukas Geschichte gehört hat, möchte Rei von Rin wissen, was er eigentlich wirklich vom Iwatobi Swim Club will und Rin öffnet sich ihm gegenüber.

Das Finale rückt näher und der Iwatobi Swim Club muss im Staffelschwimmen gegen Rins Team antreten.

Haruka und seine Freunde haben sich seit dem Turnier im letzten Sommer sehr gesteigert. Inmitten der Hektik des Trainings für die Einzelwettkämpfe geht ihr alltägliches Leben wie üblich weiter. Doch eine neue Saison naht heran!

Die Gruppe grübelt darüber nach, wie sie am besten neue Mitglieder für den Schwimmclub anlocken können. Haruka wird zu Amakata-sensei gerufen, um mit ihr seine Karrierepläne für die Zukunft zu bereden, aber wie immer folgt er seinem eigenen Kopf. Währenddessen bietet sich durch Coach Sasabe eine interessante Gelegenheit für die Schwimmer

Das Iwatobi-Schulfest hat begonnen! Haruka und seine Freunde fiebern dem Club-gegen-Club-Staffellauf entgegen und hoffen, durch eine beeindruckende Vorstellung neue Mitglieder anzuziehen. Währenddessen beginnt Rei mit seinem Training, doch ist besorgt darüber, dass er noch immer nur den Schmetterlingsstil beherrscht.

In gespannter Erwartung auf die bevorstehenden Präfektur-Wettkämpfe stellen die Mitglieder des Samezuka-Schwimmclubs enthusiastisch ihre individuellen Fähigkeiten zur Schau. Im Iwatobi-Schwimmclub ordnet eine ebenso enthusiastische Rin eine Inspektion der Frühstücksdosen an, um sicherzustellen, dass die Schwimmer die richtigen Nahrung für ihr Training zu sich nehmen. Allerdings.

Die Mitglieder des Iwatobi-Schwimmclubs grübeln über Nagisas merkwürdiges Verhalten beim Training nach. Obwohl sie die besten Gelegenheiten ergreifen, um Nagisa zu fragen, was passiert ist, weigert dieser sich stur, über das, was ihn bekümmert, zu sprechen..

Am Vorabend der Präfektur-Wettkämpfe beschließt Makoto, mit Haruka über ein bestimmtes Thema zu reden. Als das Turnier beginnt, ist der Iwatobi-Schwimmclub in Hinblick auf die Siegeschancen extrem motiviert. Aber schaffen es die vier auch, die Vorrunden in den Einzelkämpfen zu meistern?

Haruka und die anderen haben hart für die Konfrontation mit Samezuka trainiert. Nach dem ersten Tag des Turniers laden Gou und Amakata-sensei die Jungen zu einem wundervollen, kohlenhydratreichen Festmahl ein, damit sie kurz verschnaufen können. In der Zwischenzeit muss Rin als Anführer des Samezuka-Schwimmclubs eine schwierige Entscheidung treffen. Wen wird er für das Staffelschwimmen auswählen?

Haruka und die anderen haben hart für die Konfrontation mit Samezuka trainiert. Nach dem ersten Tag des Turniers laden Gou und Amakata-sensei die Jungen zu einem wundervollen, kohlenhydratreichen Festmahl ein, damit sie kurz verschnaufen können. In der Zwischenzeit muss Rin als Anführer des Samezuka-Schwimmclubs eine schwierige Entscheidung treffen. Wen wird er für das Staffelschwimmen auswählen?

In Samezuka geht es weiter mit dem heißblütigen Training im Angesicht der Wettkämpfe. Auch der Iwatobi-Schwimmclub trainiert jeden Tag ausdauernd bis die Sonne untergeht. Trotz Amakata-senseis Sorge bestehen Haruka und die anderen darauf, vor dem Turnier so viel wie möglich zu trainieren.

Als das Turnier voranschreitet, erzählt Sousuke Rin endlich von der Zeit, in der sich die beiden nicht gesehen haben. Rin besorgt es, wie lässig sich Sousuke manchen Dingen gegenüber gibt, und nimmt kein Blatt vor den Mund. Währenddessen blickt der Iwatobi-Schwimmclub dem Finale im Staffelschwimmen entgegen.

Das Training des Iwatobi-Schwimmclubs geht weiter. Doch die Zeichen der Unsicherheit in Harukas Schwimmleistungen werden immer deutlicher. Makoto und die anderen sind um ihn besorgt, aber geben sich weiterhin fröhlich und tun so als ob alles in Ordnung wäre. Doch plötzlich erscheint Sousuke, der mit Haruka sprechen will

Auf Rins Einladung hin reist Haruka mit in "ein gewisses Land". Rin, der sich bewusst ist, dass Haruka in einer Sackgasse angekommen ist, weil er sich um seine Zukunft sorgt, öffnet sich und spricht über seine eigenen Gedanken und Gefühle. Anschließend fragt er Haruka leise, was er für seine Zukunft plant.

Nachdem er seine Gefühle schließlich ernsthaft konfrontiert hat, erzählt Haruka Makoto, Nagisa und Rei von seinen Entscheidungen für die Zukunft. Der Iwatobi-Schwimmclub ist wieder vereint, und während alle ihre Startblöcke bei den Nationalwettkämpfen besteigen, sind sie entschlosse, für sich selbst, für ihre Freunde und nun auch für die Zukunft zu schwimmen.