Después de pasar su primer año de preparatoria tranquilos, Haruka y Makoto se encuentran con Nagisa, un estudiante nuevo que era miembro del club de natación junto a ellos cuando eran pequeños. Ese club de natación será derribado, entonces los tres se escabullen para buscar una cápsula de tiempo que habían enterrado allí, y es cuando se reúnen con Rin el cuarto miembro de su grupo que se había ido a estudiar al extranjero.

Makoto y Nagisa contienen el aliento mientras ven a Haruka y Rin en una intensa carrera. Sin embargo, se dan cuenta que al parecer Rin ha cambiado. Al mismo tiempo, Nagisa se prepara para iniciar un nuevo club con ayuda de la hermana de Rin, Gou.

El club de natación Iwatobi necesita un miembro más para poder participar en los relevos. Nagisa ha puesto los ojos en su compañero de clases, Rei. A pesar de que Rei se réhúsa a unirse, Nagisa está empeñado en reclutarlo.

Rei intenta aprender a nadar y se da cuenta que necesita un traje de baño nuevo. Deciden ir de compras para buscarle uno. Pero pronto se dará cuenta que ese no es su único problema.