Después de pasar su primer año de preparatoria tranquilos, Haruka y Makoto se encuentran con Nagisa, un estudiante nuevo que era miembro del club de natación junto a ellos cuando eran pequeños. Ese club de natación será derribado, entonces los tres se escabullen para buscar una cápsula de tiempo que habían enterrado allí, y es cuando se reúnen con Rin el cuarto miembro de su grupo que se había ido a estudiar al extranjero.

Makoto y Nagisa contienen el aliento mientras ven a Haruka y Rin en una intensa carrera. Sin embargo, se dan cuenta que al parecer Rin ha cambiado. Al mismo tiempo, Nagisa se prepara para iniciar un nuevo club con ayuda de la hermana de Rin, Gou.

Los chicos necesitan entrenar más y deciden ir a un campamento en mar abierto pero no tienen los recursos para ello. ¿Conseguirán los recursos? ¿Podrán asistir al campamento?

Las finales han terminado y los miembros del Club de Natación Iwatobi están complacidos con el progreso que han logrado. Un festival local de verano les da una oportunidad para relajarse. Cuando Nagisa se da cuenta que Rin también está en el festival, le ordena a Rei que lo siga y se asegure de que Harua y Rin no se encuentren.

Después de escuchar lo que sucedió en el pasado, Rei va a la Academia Samezuka a preguntarle a Rin qué es lo que quiere. La noche antes de que Iwatobi y Samezuka partieran para las regionales, Rin llamó a Rei para explicarle cómo se sentía respecto al relevo. Luego, Samezuka anuncia su alineación para el relevo.

Regresan las prácticas de los chicos del Equipo de Natación y, para comenzar la temporada qué mejor que un encuentro entre Samezuka e Iwatobi.

Anticipándose a las próximas eliminatorias del torneo de la prefectura, Gou propone hacer una inspección a los almuerzos de los atletas ya que entiende que, como parte del entrenamiento, estos deben tener una dieta balanceada. Esta propuesta causa una gran sorpresa.

En la víspera de las prefecturales, Makoto decide hablar de un tema con Haruka. Cuando el torneo inicia, el club Iwatobi se encuentra muy entusiasmado sobre sus prospectos. Pero ¿podrán todos los miembros pasar las preliminares en sus eventos individuales?

En la Academia Samezuka, continúan con las fuertes prácticas para las regionales. Mientras, el Club de Natació Iwatobi entrena arduamente todos los días hasta que se oculta el sol. Aunque Amakata-sensei está preocupada, Haruka y los chicos insisten en que quieren practicar lo más que puedan antes del torneo.

Haru sigue evidentemente perdido sin saber a qué futuro quiere dirigirse. Y, aunque odia que todo el mundo le diga cómo debe ser, sus amigos se preocupan por él e intentarán ayudarlo.