Haruka und seine Freunde haben sich seit dem Turnier im letzten Sommer sehr gesteigert. Inmitten der Hektik des Trainings für die Einzelwettkämpfe geht ihr alltägliches Leben wie üblich weiter. Doch eine neue Saison naht heran!

Die Gruppe grübelt darüber nach, wie sie am besten neue Mitglieder für den Schwimmclub anlocken können. Haruka wird zu Amakata-sensei gerufen, um mit ihr seine Karrierepläne für die Zukunft zu bereden, aber wie immer folgt er seinem eigenen Kopf. Währenddessen bietet sich durch Coach Sasabe eine interessante Gelegenheit für die Schwimmer

Das Iwatobi-Schulfest hat begonnen! Haruka und seine Freunde fiebern dem Club-gegen-Club-Staffellauf entgegen und hoffen, durch eine beeindruckende Vorstellung neue Mitglieder anzuziehen. Währenddessen beginnt Rei mit seinem Training, doch ist besorgt darüber, dass er noch immer nur den Schmetterlingsstil beherrscht.

In gespannter Erwartung auf die bevorstehenden Präfektur-Wettkämpfe stellen die Mitglieder des Samezuka-Schwimmclubs enthusiastisch ihre individuellen Fähigkeiten zur Schau. Im Iwatobi-Schwimmclub ordnet eine ebenso enthusiastische Rin eine Inspektion der Frühstücksdosen an, um sicherzustellen, dass die Schwimmer die richtigen Nahrung für ihr Training zu sich nehmen. Allerdings.

Die Mitglieder des Iwatobi-Schwimmclubs grübeln über Nagisas merkwürdiges Verhalten beim Training nach. Obwohl sie die besten Gelegenheiten ergreifen, um Nagisa zu fragen, was passiert ist, weigert dieser sich stur, über das, was ihn bekümmert, zu sprechen..

Am Vorabend der Präfektur-Wettkämpfe beschließt Makoto, mit Haruka über ein bestimmtes Thema zu reden. Als das Turnier beginnt, ist der Iwatobi-Schwimmclub in Hinblick auf die Siegeschancen extrem motiviert. Aber schaffen es die vier auch, die Vorrunden in den Einzelkämpfen zu meistern?

Haruka und die anderen haben hart für die Konfrontation mit Samezuka trainiert. Nach dem ersten Tag des Turniers laden Gou und Amakata-sensei die Jungen zu einem wundervollen, kohlenhydratreichen Festmahl ein, damit sie kurz verschnaufen können. In der Zwischenzeit muss Rin als Anführer des Samezuka-Schwimmclubs eine schwierige Entscheidung treffen. Wen wird er für das Staffelschwimmen auswählen?

Haruka und die anderen haben hart für die Konfrontation mit Samezuka trainiert. Nach dem ersten Tag des Turniers laden Gou und Amakata-sensei die Jungen zu einem wundervollen, kohlenhydratreichen Festmahl ein, damit sie kurz verschnaufen können. In der Zwischenzeit muss Rin als Anführer des Samezuka-Schwimmclubs eine schwierige Entscheidung treffen. Wen wird er für das Staffelschwimmen auswählen?

In Samezuka geht es weiter mit dem heißblütigen Training im Angesicht der Wettkämpfe. Auch der Iwatobi-Schwimmclub trainiert jeden Tag ausdauernd bis die Sonne untergeht. Trotz Amakata-senseis Sorge bestehen Haruka und die anderen darauf, vor dem Turnier so viel wie möglich zu trainieren.

Als das Turnier voranschreitet, erzählt Sousuke Rin endlich von der Zeit, in der sich die beiden nicht gesehen haben. Rin besorgt es, wie lässig sich Sousuke manchen Dingen gegenüber gibt, und nimmt kein Blatt vor den Mund. Währenddessen blickt der Iwatobi-Schwimmclub dem Finale im Staffelschwimmen entgegen.

Das Training des Iwatobi-Schwimmclubs geht weiter. Doch die Zeichen der Unsicherheit in Harukas Schwimmleistungen werden immer deutlicher. Makoto und die anderen sind um ihn besorgt, aber geben sich weiterhin fröhlich und tun so als ob alles in Ordnung wäre. Doch plötzlich erscheint Sousuke, der mit Haruka sprechen will

Auf Rins Einladung hin reist Haruka mit in "ein gewisses Land". Rin, der sich bewusst ist, dass Haruka in einer Sackgasse angekommen ist, weil er sich um seine Zukunft sorgt, öffnet sich und spricht über seine eigenen Gedanken und Gefühle. Anschließend fragt er Haruka leise, was er für seine Zukunft plant.

Nachdem er seine Gefühle schließlich ernsthaft konfrontiert hat, erzählt Haruka Makoto, Nagisa und Rei von seinen Entscheidungen für die Zukunft. Der Iwatobi-Schwimmclub ist wieder vereint, und während alle ihre Startblöcke bei den Nationalwettkämpfen besteigen, sind sie entschlosse, für sich selbst, für ihre Freunde und nun auch für die Zukunft zu schwimmen.

Für Haruka und Makoto beginnt nun das Uni-Leben. Dazu gehört auch das erste Training im Uni-Schwimmklub, zu dem sich Haruka aufmacht. Dort trifft er auf einen alten Bekannten aus Kindertagen.

Das Turnier für die Neulinge geht weiter. Haruka und die anderen suchen ihren alten Freund Haruka beim Turnier. Doch wo versteckt er sich bloß nur immer?

Ikuyas großer Bruder ist in Sydney eingetroffen und möchte Coach Mikhail davon überzeugen, ihn zu trainieren. Haruka und Co. bereiten ihr Treffen mit Ikuya vor.

Haru, Makoto und Asahi wollen unbedingt Ikuya treffen und sich für alles entschuldigen. Doch Toono stellt sich ihnen in den Weg. Bei einem Rennen soll sich entscheiden, ob sie Ikuya wiedertreffen dürfen.

Der Schwimmklub der Iwatobi-Mittelschule fährt zusammen mit der Samezuka und der Soufuukan in ein Trainingslager. Dort stärken sie ihren Zusammenhalt.

Ikuya ist in seinem Formtief gefangen. Hiyori versucht ihn aufzubauen und abzulenken, aber das geht gehörig nach hinten los. Makoto trifft in der Schwimmschule auf einen alten Bekannten.

Die Uni-Meisterschaften stehen vor der Tür und alle bereiten sich darauf vor. Ikuya steckt allerdings immer noch in einem Formtief und entfernt sich zusehends von Toono. Natsuya ist zurück in Japan und versucht, Kontakt mit seinem Bruder aufzunehmen.

Ikuya und Haruka treten beide beim Lagenschwimmen an. Endlich treffen sie erneut aufeinander. Wird Ikuya nun endlich begreifen, was sich seine alten und neuen Freunde für ihn wünschen?

Die Regionalmeisterschaften stehen vor der Tür und sollen für den Iwatobi-Schwimmklub nur die nächste Hürde zu den Nationalmeisterschaften werden. Haruka trifft auf einen mysteriösen Ausländer. Was es wohl mit dem auf sich hat?

Haru fällt in ein Tief, nachdem er gegen Albert verloren hat. Makoto ergründet endlich, was er tatsächlich mit seiner Zukunft anfangen möchte.

Die Nationalmeisterschaften der Oberschulen stehen an und Makoto feuert seine ehemaligen Mitschüler von der Iwatobi an. Auch Haruka und Rin haben Sehnsucht nach ihren alten Freunden, doch sie müssen sich auf ihr eigenes Training konzentrieren.

Die Japanischen Nationalmeisterschaften beginnen und alle müssen sich in ihren jeweiligen Disziplinen den besten des Landes stellen. Wie weit reicht ihre Kraft? Und wie weit ihre Freundschaft?