Uma cobra e um jovem que dorme. Terá sido um pesadelo? Será um ser vivo além da compreensão do jovem Shinichi? Onde está a sua mão? Ele está prestes a descobrir.

Após o susto inicial, o Shinichi percebe o que está acontecendo no mundo e sente-se obrigado a agir, uma vez que conhece os responsáveis pelos acontecimentos recentes. Entretanto, o Direita talvez não esteja disposto a colaborar.

Ainda sem saber o que eles são, o Shinichi segue sob forte pressão para revelar ao mundo o que sabe. O que ele não contava é que mais deles apareceriam e se camuflariam na sua vida cotidiana.

Atrasado para a escola, o Shinichi vê o Nagai em problemas com alguns rapazes e decide tentar ajudá-lo. Mal sabe ele o que está por vir.

Depois que Shinichi é mortalmente ferido, Migi usa seus poderes para salvar sua vida, mas se enfraquece no processo. Quando Shinichi ouve que seu pai ainda está vivo, ele corre para o hospital onde é tratado para protegê-lo e vingar a morte de sua mãe.

Shinichi conhece Mamoru Uda, outro humano que está em uma situação semelhante à dele e eles decidem unir forças para proteger seu pai. No entanto, quando o inimigo aparece, Migi adormece e ambos Shinichi e Mamoru devem lutar sem sua ajuda.

De volta a Tóquio, a súbita mudança de comportamento de Shinichi deixou seu pai e seus amigos desconfiados dele, e as coisas ficam ainda mais tensas quando Hideo Shimada, outro parasita, é enviado por Ryōko para ficar de olho nele.

Os recentes eventos envolvendo Shinichi o afastam ainda mais de seu amigo e esmagam Satomi Murano. Enquanto isso, outro de seus amigos se aproxima do perigo depois de descobrir o segredo de Hideo.

Atordoado por um ataque surpresa de Yuuko, Hideo perde a cabeça e entra em uma matança. Preocupado com Murano, Shinichi decide enfrentá-lo de frente para protegê-la.

Kana conhece Shinichi mais uma vez e está determinado a se aproximar dele, apesar de saber de seu relacionamento com Murano. Enquanto isso, um grupo de parasitas se organiza com intenções desconhecidas.

Migi diz que Kana pode emitir um sinal bastante fraco para outros parasitas, para que também possam procurá-la. Shinichi diz a verdade enquanto Migi está dormindo.

Shinichi volta à cena do crime para tentar manter a sensação de luto por Kana. Ele é seguido por um investigador privado humano contratado por Ryoko Tamiya e Migi é pego na câmera.

O detetive particular, Kuramori, descobre o segredo de Shinichi e foge dele. Preocupado com as intenções de Kuramori, Shinichi procura ajuda de Mamoru para localizá-lo.

Embora ele ainda tenha dúvidas, Kuramori decide relutantemente ajudar Shinichi a caçar Reiko e seu grupo de parasitas. Mas quando um homem estranho aparece, Shinichi logo vai do caçador para o caçado.

Um poderoso parasita, diferente de qualquer outro Shinichi já visto antes dos ataques, e o logotipo Shinichi e Migi estão correndo por suas vidas. Enquanto isso, uma busca por Kuramori pela verdade coloca sua família em perigo.

Após o julgamento de Reiko ser questionado, três membros de seu próprio grupo buscam eliminá-la. Com Reiko ocupado, Kuramori aproveita para se vingar de sua família.

Com seus sentimentos em relação à humanidade e o propósito de Parasytes agora em questão, Reiko encontra Shinichi e Migi uma última vez. Quando a polícia chega ao local, Shinichi logo se encontra no centro de suas atenções.

Os investigadores continuam segurando Shinichi, certos de que há algo que ele está escondendo. Em um esforço para descobrir seus segredos, eles logo o colocam cara a cara com o serial killer, Uragami, que tem uma habilidade única.

A polícia inicia sua operação para derrubar Hirokawa e os Parasytes restantes. No entanto, os planos dão errado quando os parasitas tentam revidar. As coisas mudam ainda mais quando Gotou aparece em cena.

No caos do ataque, Gotou escapa e promete retornar para matar Shinichi. Atormentado pelo medo e sem lugar para correr, Shinichi se vira para Satomi em busca de conforto.

Shinichi decide levar Gotou de frente e o segue para uma área remota para lutar com ele. Quando a batalha dá errado, Migi faz um sacrifício inesperado.

Com Migi não mais ao seu lado, Shinichi tenta enfrentar Gotou sozinho uma última vez.

Um inimigo inesperado, mas familiar, surge e Migi dá uma despedida final.