高校生・春日アラタは、けしからんオッパイの美少女に生命を狙われる。生命を救う代わりに記憶を消すという魔道士リリスにアラタは、生命も記憶も奪わせない第三の選択をする。しかし、行き着いた魔道学園の男風呂には、なぜか、全裸の美少女が？

魔道士になるためには、7つの大罪をアーカイブする研究テーマが必要だ。寮でテーマを考えているとき、アラタたち4人は結界に閉じ込められる。出口はどこにもない。その時、リリスたちがオシ○○をもよおしてきた。大変だ！ 美少女たちのオシ○○の危機だ！

夏の海、南国の島、水着姿の美少女たち……。なぜかアラタは焼きそばを焼いている。仕方がない。彼のせいで崩壊した学園を、学園長が修復しているらしい。美少女たちと混浴温泉を楽しみながら、魔王候補アラタはテーマを決定する「支配」だ！

学園の地下から強大な魔力が流れ出てきた。その崩壊現象から学園を守るため、アラタたちは、巨大迷路に向かう。モンスターどもを倒し、最深部にたどり着いたとき、異変が起こる。「ぐあああっ！ なんだ、この力は!?」 アラタの背にドラゴンの翼が！

体操着姿の美少女たちのランニング。揺れる胸。アラタの心はときめく。学園生活をエンジョイしているとき、図書館に幽霊が現れる。調査に向かったアラタたちは「永劫図書館」に強制移動させられた。そこには、行方不明になっていたトリニティセブンの一人が！

永劫図書館の中に現れた最後のトリニティセブン、リーゼ！ 彼女は魔王の刻印を受けた魔王候補だった。そして聖を救うなら、悪の道を選べとアラタを誘惑する。ためらうアラタに突然のキス！ 「ぐわあああっ」 アラタの魔力が吸い尽くされる！ リーゼはビブリア学園に襲い掛かる。

学園長の魔道書『ソロモンズゲート』が発動した。高位の魔道士でも長く見すぎれば、発狂する。しかし、リーゼは学園長との戦いを潜り抜け、アラタたちを襲った。そして究極の「秘奥義」ラスト・クレストを発動させる！ 時間が止まった――その時、西の学園が消滅した。

なんと、なんと、なんと！ アラタが検閲官セキュリティセカンドに任命される。そしてリリスたちと消滅した『王立リベル魔道学園』の近くに空間転移される。しかし、そこには、アラタが捜し求めていた従姉妹の姿が……!?

アラタたちの着いた場所は、多元宇宙の狭間を浮遊した異世界だった。次々と魔物たちが襲ってくる。現れた伝説の魔道書『イーリアスの断章』が、『アスティルの写本』に戦いを挑んできた。時間も空間も止まった世界で『アスティルの写本』は封じられ、消滅!? 怒りに駆られたアラタの邪悪な力が目覚める！

究極の魔王アストラル・トリニティが現れる。それはアラタが変身したその異形の姿――。目の前に現れた聖は高位魔道士だと判明する。しかし、聖の目的はアラタを殺し、魔道学園を消滅することだった。「なぜ――!?」 困惑。危機。崩壊。「福音探求会」イシュ・カリオテがビブリア学園へ攻撃に向かう。

学園にルーグが襲ってきた。アラタやミラたちは遠い地で足止めされている。学園を守るため、ユイは皆を夢の世界に避難させ、ただ一人、レヴィだけが戦いを挑んだ。しかし、相手は魔王因子を得た魔王候補だ。レヴィは、斬られ、打たれ、倒される。そして巨大な魔力を持った、聖が現れた！

最終回！ ついに聖とアラタは直接戦う！ ルーグが参戦し、リリスが、レヴィが、アリンが、ミラが、アキオが、ユイが、リーゼが、トリニティセブン全員が参戦する。いったい何のために聖はアラタを襲うのか？ 強大な魔力と魔力がぶつかり合い、ついに魔王候補アラタの秘密が解き明かされる！