Во время одного из опасных заданий полковник НАТО Ив Бэрд встречает любопытного персонажа — Флинна, Библиотекаря, который носится по странным местам и решает загадки, получая таким образом магические артефакты. После того, как начальник Ив читает в ее отчете о загадочном библиотекаре, он отправляет ее в отпуск. Но долго грустить Ив не приходится – на пороге дома она находит странное письмо о приглашении в Городскую Публичную Библиотеку. Придя туда, полковник Бэрд узнает, что ее избрали хранителем, и теперь она должна защищать Флинна, а также претендентов на должность библиотекарей – Эзекиля, Кассандру и Джейка.

Флинн получает волшебную рану от Экскалибура, и ему остается около суток для того, чтобы вернуть Библиотеку. А это не так легко сделать, особенно учитывая то, что ребята оказались посреди неизвестного леса. Но удача улыбается им, по дороге их встречает Дженкинс и отвозит всех в свой флигель, являющийся мини-версией основной Библиотеки. Флинн, Ив, Джейк и Эзекиль отправляются на поиски камня, из которого извлекли Экскалибур. А в это время Кассандра, узнав получше Ламию и Дюлака, начинает сомневаться в правильности своего решения.

Пока Флинн странствует в поисках Библиотеки, Ив пытается тренировать новоиспеченных библиотекарей, и результаты ее совсем не впечатляют. Но Эзекиль, Джейк и Кассандра мечтают поскорее отправиться на настоящее задание, и вскоре им предоставляется такая возможность. В разных концах страны таинственным образом исчезают молодые люди, и единственное, что связывает жертв – корпорация Голден Экс Фудз. Придя в главное здание компании на разведку, библиотекари и Ив понимают, что это место является настоящим Лабиринтом Минотавра, и сами попадают в ловушку злодеев.

Все, кроме полковника Бэрд, охвачены праздничным настроением и готовятся к Рождеству, но внезапно Дженкинсу поступает тревожный звонок от жены Санта-Клауса. Оказывается, что Рождество отменяется из-за того, что Санту похитили. В ходе расследования библиотекари выясняют, что в похищении виновато Змеиное Братство. Дюлак собирается убить Санту ровно в полночь, чтобы высвободить накопленную за год волшебную энергию и завладеть ею.

По всей планете проходит волна землетрясений, причиной которых являются проснувшиеся драконы. Флинн возвращается к своим подопечным, чтобы встретиться с адвокатом Восточных драконов Дрейком и уладить все проблемы. Но из-за глупой ошибки представителем Библиотеки становится Эзекиль. Поэтому он остается улаживать дипломатические вопросы, а Флинн и команда отправляются искать пропавшую волшебную жемчужину Фей Ланг.

В маленьком американском городке Бремене начинают случаться странные вещи: складывается ощущение, будто по какой-то причине в городе оживают сказки. Библиотекари находят там тролля под мостом, а на улице встречают разгуливающего в чем мать родила мэра и волка в рюшевом чепчике. После изучения волка Дженкинс приходит к выводу, что всему виной Либрус Фабула, древняя книга сказок. Она оживляет волшебные истории, но с ужасающими последствиями. Библиотекарям предстоит спасти город и его жителей от страшной гибели.

На Чикагской научной выставке СТЭМ случается волшебный апокалипсис, и Дженкинс посылает свою команду разобраться с этой проблемой. Библиотекари притворяются судьями конкурса, чтобы обнаружить эпицентр магической вспышки. Вскоре круг подозреваемых сужается до нескольких человек, но команда еще не знает, что на самом деле за всем происходящим стоит фея Моргана.

Команда попадает в блуждающий дом ужасов, перемещающийся по всему свету в поисках жертв. Последними пострадавшими были друзья девушки Кейти, которую Ив и библиотекари встретили в лесу. Кассандра чувствует себя слабым звеном из-за того, что Ив поручает ей присматривать за Кейти, в то время как Эзекиль и Джейк будут помогать Ив искать маньяка.

Флинн приходит к команде с хорошими новостями: он наконец-то нашел способ вернуть Библиотеку. Если соединить эффект от всех добытых магических артефактов, то получится найти дрейфующую меж измерений Библиотеку и связать ее с пристройкой Дженкинса. Благодаря магии артефактов Флинн и Ив оказываются перед прялкой судьбы, но Дюлаку удается добраться до нее первым. Он рассекает ткань истории, изменяя таким образом реальность. Ив начинает путешествовать среди параллельных вселенных, встречая разные версии Библиотекарей. Но как ей вернуться в свою вселенную?

Библиотекари сталкиваются с крайне необычным явлением: всем известные литературные персонажи внезапно материализуются в нашем мире после открытия лей-линий. Что они задумали и стоит ли ждать беды — на эти и многие другие вопросы предстоит ответить Флинну, Ив, Эзекилю, Джейку, Дженкинсу и Кассандре.

Новой целью Просперо становится возвращение волшебного посоха. Библиотекари пытаются предугадать следующие стратегические шаги злого волшебника и застать его врасплох. Пока остальные ищут информацию, Ив и Флинн отправляются в бывшее имение Джона Ди, чтобы забрать обломки посоха.

Книга вырезок сообщает Библиотекарям о гигантском разломе в земле, случившемся в штате Оклахома при прокладывании труб. Приехав на место происшествия, Джейк, Эзекиль и Кассандра обнаруживают, что руководит работами никто иной как Стоун-старший, отец Джейка. Ребята узнают о том, что в этих землях завёлся хитрый оборотень, который подпитывается от лжи и хаоса, которые сам создаёт, принимая обличье разных людей.

В колледже Уэкслера в Массачусетсе периодически пропадают студенты и преподаватели. Это неудивительно, ведь Джозайя Уэкслер основал свой гуманитарный университет в 1813 году, чтобы собирать там волшебные артефакты и исследовать природу магии. Кассандра, Джейк, Ив и Эзекиль отправляются в кампус, чтобы раскрыть тайны этого необычного колледжа.

Команда Библиотекарей и Ив охотятся за пропавшим Оком Заратустры и внезапно встречают Флинна. Счастливое воссоединение омрачается звуками флейт Пана, из-за которых все засыпают и попадают в очередную передрягу. Некто Рэй Гласный похищает мистера Карсена и Око Заратустры. Но каковы его намерения? Это предстоит выяснить Дженкинсу и его команде.

Ив приезжает в Нью-Гэмпшир, чтобы помочь своему бывшему боевому товарищу Сэму Деннингу в борьбе за пост мэра города. После исчезновения его помощницы Брэнди Варгас шансы Сэма на победу значительно уменьшились. Когда Книга вырезок присылает троих Библиотекарей на поиски пропавшей, Ив понимает, что в деле замешана магия.

Библиотекари становятся свидетелями цепочки странных событий в Лондоне. Пострадавшие в происшествиях люди становятся жертвами грехов и проступков, которые не совершали. Джейк думает, что ответ на эту загадку надо искать в местном ночном клубе для «избранных».

Кассандра, Ив, Эзекиль и Джейк переносятся в сверхсекретную военную лабораторию, чтобы забрать у ДАРПА тауматит из самой Атлантиды, но в итоге оказываются во временной петле. Тем временем Дженкинс призывает волшебного духа, чтобы узнать о планах Просперо.

Флинн возвращается в Библиотеку и обнаруживает, что Дженкинс совершенно не помнит о Джейке, Ив, Эзекиле и Кассандре. Внезапная амнезия оказывается результатом очередного злодейства Просперо, который создал город-иллюзию, куда отправил забывших обо всем библиотекарей и хранителя.