半妖の少年、神原秋人はある日の放課後、屋上から今にも飛び降りそうな少女、栗山未来と出会う。彼女は異界士の中でも特異な呪われた血を持つ一族の最後の生き残りだった。それ以来なぜか未来から攻撃され続ける。迷惑だと言いつつも、未来を邪険にできない秋人は、文芸部部長であり異界士でもある名瀬美月から忠告を受ける。 果たして未来の目的とは？

倒した妖夢を鑑定してもらうために、異界士である彩華の営む写真館へと足を運ぶ秋人と未来。和気あいあいとした秋人や美月たちの雰囲気に未来はふと寂しさを覚える。そんな時、秋人の元に一通の不審なはがきが届く。

相変わらず未来は妖夢退治に専念していた。秋人が気にかけ学校で声をかけるも、「関係ないです」と、冷たい態度を取られてしまう。「虚ろな影」という強力な妖夢が街に近づく中、秋人は未来の過去を知ることになるのだが……。

未来と桜の戦いに駆けつけた秋人。未来の危機的状況を助け、二人は桜から逃れようと必死になって走る。やっとのことで難を逃れるが、虚ろな影が秋人の身体に取り憑いてしまうのだった……。

未来は秋人に紹介され文芸部に入ることとなった。秋人と未来は泉と対面する為に名瀬家に赴く。二人は虚ろな影と無理な戦いをしたことを諌められ、未来は異界士証を取り上げられてしまう。生活に困ると嘆く未来に美月はアルバイトを紹介することになるのだが……。

未来たちは、学校のシャワールームにいた。何やら美月はご立腹の様子。一体何が……！？事の発端は一週間前。彩華からお金になる妖夢が学校の屋上にいることを教えてもらった秋人たちは、その妖夢を倒しに向かう。しかし、その妖夢にはとんでもない秘密があった。

いつものように談笑する秋人の所へ二ノ宮雫がやって来て、桜が転校してくると伝えた。驚く秋人、未来は何やら考え込んでいる様子。夕方秋人が家に着くと、妖夢と戦う桜を目にする。間一髪で妖夢を倒す手助けをした秋人は、負傷した桜を自分の部屋で運ぶのだが、そこへ未来がやってきて……。

期末試験の時期、秋人たちの住む街に凪がやってくる。 妖夢の力の弱まることを心配した秋人の母・弥生も半妖である秋人に注意を促す傍ら、博臣も胸騒ぎを感じていた。そんな時、美月は藤真弥勒という男にある話を聞かされることになる。

未来が写真館へと急ぐと、そこには凪の影響を受けた秋人がいた。未来や美月、そして博臣は秋人のことを心配しながらも、不安を感じていた。そして泉は未来に、冷酷な言葉を投げかけるのだった。

病室で目を覚ました秋人の傍らには未来がいた。お互いの無事を確認し、二人は元通りの生活に戻るのだった。オムライスを食べ、桜も交えながら何気ない会話をする日常が続くはずだった。

秋人は回復し、博臣から未来は秋人を救う代わりに全ての力を使い切ってしまい消滅したことを教えられる。その事実を受け入れられない秋人。 泉は秋人に未来の意志を伝えた。それでもなお、秋人は未来を諦めきれない思いに囚われ苦しむ。そんな彼の元に一通のメールが来るのだった……。

栗山未来の消滅後、世界に異変が起こっていた。 鎌の力を利用しようとする弥勒を美月や博臣たちが阻止へと追い込む。そんな中、秋人は半妖である自分自身を受け入れ、自分たちの“未来”のために戦いへと挑む！