Há dez anos, a jovem Integra Hellsing ascende ao chefe da Organização Hellsing após a morte de seu pai Arthur. Seu tio ciumento Richard Hellsing tenta matá-la, mas, ao fazê-lo, acorda um Alucard adormecido, que passa a matar os homens de Richard. É Integra quem mata e mata seu tio, tornando-se assim o último descendente da linhagem Hellsing. Alucard declara sua lealdade a Integra e se torna seu servo leal. Na Inglaterra atual, Alucard é chamado ao dever de erradicar um sacerdote vampiro e seus carniçais. No entanto, uma policial chamada Seras Victoria fica gravemente ferida no processo e, ao lhe dar uma opção de viver ou morrer, Alucard a transforma em sua serva vampira. Mais tarde, em uma missão para caçar um vampiro na cidade de Badrick, na Irlanda do Norte, Alucard conhece e luta contra o padre Alexander Anderson pela primeira vez.

Alucard sonha com sua derrota nas mãos de Abraham Van Helsing. Enquanto Sir Integra realiza uma mesa-redonda para relatar suas descobertas sobre a atual onda de ataques de vampiros, os irmãos vampiros Jan e Luke Valentine lançam um ataque secreto ao complexo de Hellsing com a ajuda de um exército de carniçais equipado com equipamentos militares e armas pequenas. Quase todos os soldados Hellsing são mortos no processo e transformados em fantasmas antes de Alucard, Seras e Walter C. Dornez (que mostra por que ele foi conhecido como o "Anjo da Morte") são capazes de mudar a maré. Jan revela o nome do grupo responsável pelo ataque como Millennium. Integra sugere a Walter que as autoridades nazistas sobreviventes poderiam ter sido responsáveis pelo ataque.

Em uma tentativa de aumentar a mão-de-obra após o devastador ataque à sede da Hellsing, Walter recruta o grupo de mercenários conhecido como Wild Geese e os integra às forças de segurança de Hellsing. Integra recebe informações de Enrico Maxwell, o líder fanático de Iscariotes, que confirma suas suspeitas sobre as origens do Millennium. Ela logo envia Alucard, Seras e Pip Bernadotte, líder dos Gansos Selvagens, para o Rio de Janeiro, Brasil, para descobrir o paradeiro do Millennium. Alucard e Seras são posteriormente atacados por unidades do BOPE da polícia militar brasileira, depois de serem declarados em público como terroristas internacionais, um ardil perpetrado por autoridades brasileiras em troca da imortalidade prometida pelo Millennium. Depois de receber ordens de Sir Integra, Alucard massacra os oficiais do BOPE e enfrenta o oficial do Millennium Tubalcain Alhambra.

Enquanto Hellsing e Iscariotes realizam uma reunião com a rainha do Reino Unido, sua conferência é interrompida por uma mensagem do The Major (via transmissão de vídeo ao vivo trazida pelo onipresente Schrödinger) citando sua intenção de fazer guerra contra a Inglaterra. Enquanto isso, um porta-aviões VTOL chamado Eagle é sequestrado pelo Primeiro Tenente Rip Van Winkle e um pequeno esquadrão de soldados da SS do Millennium, a Integra envia Alucard a bordo de um SR-71 para cuidar dos agressores e Rip Van Winkle, no qual ele mata cruelmente todos eles e Rip Van Winkle se transformou em um de seus muitos familiares, enquanto o major começa a se mudar para Londres para levar a Inglaterra a outra guerra.

Enquanto Alucard permanece preso na Águia, o Millennium começa a atacar Londres. Zorin Blitz é instruído a ir em direção ao quartel-general Hellsing com um pequeno grupo de soldados, enquanto o resto dos vampiros atacam Londres. Eles matam milhares de civis e tentam capturar Integra. Ela consegue escapar dos soldados vampiros da SS somente depois que Walter se sacrifica para impedi-los; no entanto, Walter é capturado por The Captain. Quando os soldados vampiros conseguem encurralá-la, ela é salva e depois capturada por um grande grupo de padres iscariotes empunhando pistolas, liderados por Alexander Anderson, Heinkel Wolfe e Yumie Takagi. Após os créditos, Alucard usa seus poderes para dirigir a Águia em direção a Londres.

Quando a batalha começa, de volta ao Vaticano Enrico Maxwell, o chefe da Seção XIII Iscariotes recebe uma grande promoção e, com ela, começa a mobilizar os combatentes do Vaticano. Enquanto isso, no coração de Londres, enquanto Integra está ocupada convencendo os membros de Iscariotes a escoltar sua casa, a Mansão Hellsing está sitiada por Zorin Blitz e suas forças. A única linha de defesa contra esse ataque é o capitão Bernadotte, seus gansos selvagens e Seras. À medida que a batalha continua, eles devem lidar com as forças nazistas de vampiros resilientes, bem como com o misterioso poder de ilusão de Zorin que quase destrói os gansos por dentro. O pensamento rápido de Seras os liberta das garras de Zorin, mas a batalha não acabou. Depois de uma tentativa de beijo roubado, o grupo se divide, Seras em uma direção e os Gansos em outra, mas não antes de prometer um ao outro que sairão vivos disso. OVA 6 apresenta um CD de drama do Crossfire.

Enquanto Seras supera com sucesso os soldados de Zorin, Bernadotte e suas forças estão sendo massacradas. Seras vem em seu socorro e destrói a maioria das forças de Zorin. Zorin então investiga profundamente as memórias de Seras, forçando-a a reviver sua infância dolorosa, pois ela teve que assistir seus pais serem assassinados por bandidos e o cadáver de sua mãe sendo estuprado depois que Seras foi baleado por um dos ladrões. Enquanto Seras está preso na ilusão, Zorin corta seu braço, apunhala-a pelas costas e corta os olhos. Bernadotte tenta escapar com os Seras gravemente feridos, mas Zorin o esfaqueia pelas costas. Ele beija Seras em sua agonia, então diz a ela para mordê-lo. Chorando, ela o faz, curando a maioria de suas feridas, exceto o braço esquerdo, que vomita matéria sombria. Seras destrói todas as forças de Zorin, depois ataca e mata Zorin. Seras então sai da mansão e segue para destruir os vampiros e fantasmas restantes na cidade, enquanto as forças do Vaticano aparecem no horizonte.

Um Alucard moribundo vê seu passado como Vlad, o Empalador, lembrando como ele foi estuprado quando criança pelo sultão otomano. Ele então se imagina durante sua guerra contra os turcos, declarando a seus cavaleiros que orar a Deus é inútil, a menos que você esteja disposto a trabalhar para sua oração, caso contrário, ela está apenas implorando. Ele é mostrado sendo levado para a execução, mas antes de ser decapitado, ele bebe o sangue do campo de batalha e se torna um vampiro. Ele é acordado pelo pedido de Seras, que tenta em vão ajudá-lo contra o padre Anderson do Vaticano. Alucard consegue arrancar o coração de Anderson e esmaga-o, removendo a unha de Helena. O padre ouve o riso das crianças e diz um "amém" final antes de morrer. De repente, Walter aparece, esmagando os restos de Anderson. Chocados com o recém-vampiro Walter, Integra e Seras o questionam. Walter mata Yumie e responde que agora ele está sozinho como o Anjo da Morte. Heinkel é baleado pelo capitão e gravemente ferido, mas é poupado. Alucard e Walter se preparam para lutar, enquanto Integra e Seras são convidados a bordo do zepelim do major para enfrentá-lo. Enquanto a luta continua, Walter está ficando instável com o procedimento de vampirização, mas Walter perfura o coração de Alucard com um cano, apenas para que o corpo seja revelado como um engodo. Alucard então aparece por trás e dá um soco em Walter, o dano que força a idade de seu corpo a regredir para o garoto de 60 anos atrás. Alucard se revela completamente na forma da garota que ele assumiu durante a guerra, chamando Walter de uma criança que não muda há 60 anos.

Integra e Seras lutam contra os remanescentes do Millennium a bordo do zepelim até que o capitão os intercepte, com Seras ficando para lutar enquanto Integra prossegue. Lá fora, Alucard começa a absorver os rios de sangue dentre os mortos, embora o major tivesse planejado derrotá-lo. Em outros lugares, Seras luta contra o capitão, que acaba sendo um lobisomem. Seras parece superada pelo capitão, mas acaba sendo auxiliada por sua familiar Bernadotte, que usa um dente de prata para matar o lobisomem. Integra chega ao major, mas um escudo impede seu ataque, o que os deixa testemunhar a derrota de Alucard. Schrödinger permite que seu corpo seja absorvido enquanto o Major explica seu poder de onipresença: enquanto Schrödinger é autoconsciente, ele está vivo, mas que os milhões de vidas nos rios de sangue que fluem para Alucard negam sua consciência / existência. Essa negação se espalha para Alucard, que o obriga a desaparecer. Enquanto Seras se junta à Integra, fora de Walter é atacado por Heinkel, apesar de Walter ferido escapar para o zepelim. Por dentro, Seras é capaz de perfurar o escudo e danificar o Major. É revelado que ele é realmente um cyborg, embora ele defenda sua humanidade enquanto desafia Integra. O tiroteio resultante mata o major e cega Integra no olho esquerdo. Enquanto isso, Walter confronta e mata o doutor, depois morre. Reconhecendo sua morte, Integra ordena que Seras os leve para casa. Trinta anos depois, Iscariotes visita a nova sede da Hellsing, mas é recusado, enquanto Heinkel como o novo trunfo e o novo chefe Makube contemplam a próxima Cruzada. Naquela noite, Alucard reaparece ao lado da cama do Integra mais velho. Ele explica para ela e Seras que a razão pela qual ele se foi por tanto tempo foi que os milhões de vidas dentro dele estavam nublando sua consciência. Ele matou todos, exceto um, dizendo: "Voltei aqui. Mas também não estou sempre em lugar algum ... A verdade é que estou em todo lugar", aludindo que Schrodinger é a única alma que ele não matou. Integra oferece um pouco de sangue ao vampiro faminto, e todos eles aceitam seu retorno.