かつて叔父に命を狙われ、吸血鬼アーカードの封印を解いたインテグラ。家を継ぎ、HELLSING機関の局長となるに至った彼女の過去が明らかに。

HELLSING機関では、円卓会議の面々が吸血鬼による事件について議論を重ねていた。敵の襲撃を受け、黒幕である謎の組織の存在が浮かび上がる。

"ミレニアム"の正体が、ヴァチカンと協力関係にあったナチス残党の組織だと知ったインテグラ。情報収集のために、アーカードたちを南米へ派遣する。

少佐と呼ばれるミレニアムの指揮官が、英国とHELLSING機関に宣戦布告。かつての敵と再び相まみえることになり、アーカードは喜びを隠せない。

アーカードが英国本土を離れているすきに、ロンドンの街に奇襲を仕掛けるミレニアムの吸血鬼部隊。敵の追撃を受けながら、インテグラは脱出を試みる。

ヴァチカンの十字軍が発動される。少佐の命を受けてHELLSING本部を急襲するゾーリンの部隊を、インテグラの留守を預かるセラスたちが迎え撃つ。

ベルナドット率いる"ワイルドギース"は、バリケードを築いてミレニアムの吸血鬼集団の猛攻をしのぐ。同じ頃、セラスにゾーリンの幻術が襲い掛かる。

暴走したマクスウェルの指揮のもと、十字軍が参戦。そんな中、英国戦艦イーグルに乗ったアーカードが、地獄と化したロンドンの街へと帰ってくる。

人ならざるものとなったアンデルセン神父の攻撃を受け、倒れたアーカードの脳裏に浮かぶ少年の姿。それは、かつて人間だった頃の自分自身だった。

ミレニアムの飛行船ツェッペリンに乗り込み、敵と死闘を繰り広げるインテグラとセラス。戦いを静観していた少佐は、自らを討ちに現れた宿敵を歓迎する。