辺境の地に住む少女レパードは、ヤッターマンに恨みを抱き、復讐（デコピン）しようと決起。先祖の大泥棒ドロンボー一味のリーダーだった“ドロンジョ”を名乗り、同じく先祖がドロンボーだったヴォルトカッツェとエレパントゥスを手下として新生ドロンボーとして立ち上がったレパードは、海の彼方を目指す。

ヤッター・キングダムが支配するでっかいどうに上陸したドロンボーだが、そこに待っていたのはヤッターマンではなく、ヤッターマンの姿を模した機械兵だった!? デコピンどころか逆に追われる身となってしまう。そんなドロンジョたちは、偶然に逃げ込んだ山小屋で盲目の少女アルエットと出会う。

アルエットは、ドロンジョを自分の願いを叶えに来てくれた天使だと思い込んでしまう。アルエットと同様に両親を奪われたことからヤッターマンに恨みを抱く幼なじみのガリナは、ドロンジョたちと共にヤッターマンにデコピンを食らわすことを決意。一同はヤッターマンがいるという首都ヤッター・メトロポリスに向けて旅立つ。

ガリナは裁縫の腕を活かして食堂を営むビーネとミッちゃん夫妻のために産着を縫う。そのビーネが突然、35年間の強制労働要員としてヤッター兵に連行されてしまう。怒りに震えるドロンボーたちは、ビーネの奪還に立ち上がる。作戦は見事に成功するが、ヤッター・メトロポリスから派遣されたゴロー将軍の追撃が始まる。

雪祭りで賑わうサッパリ市を訪れたドロンジョたちは、少年タケシと出会い、相撲とボクシングとプロレスの大会が開催されることを知らされる。優勝者にはおこづかいと賞品のジンギスカン用羊が贈られるという。何とか勝ち進んでいくガリナだったが、準決勝の相手は病気の母親の病院代を稼ぐため出場していたタケシだった。

ゴロー将軍の度重なる執拗な追撃により、心が折れそうになるドロンボー。そこで撤退を提案するボヤッキーとトンズラーだったが、この意見にガリナが同意したことからドロンジョが激怒。独り別行動をとることになる。バラバラになったドロンボーだが、磔になったガリナがおしおきされるという報せを聞き、立ち上がる。

外洋と内洋を隔てる堤防のような高い壁がそびえるトマケ地方の海。その海岸でヤッター兵に襲われている漁師のリュウ。飢えて朦朧となったドロンジョたちは彼を『浦島太郎』に登場する“亀”だと思い込んで助ける。外洋へ行きたいというリュウの夢を聞いたガリナは、それを実現するために協力することに。

川で水浴びをしていたアルエットがケガをした伝説の怪獣クッシーの幼体、クッちゃんと出会う。母子の愛情に敏感なドロンジョがクッちゃんをママに会わせようと言い出し、一行は湖に向けて出発する。しかしそこには宿敵ゴロー将軍の姿が。クッちゃんをママクッシーと再会させるための戦いが始まる。

失敗続きで後がなくなったゴロー将軍は、ついにドロンボーを排除するための本気モードに突入。小さな町の広場で裸芸を披露していたボヤッキーとトンズラーは、ドロンジョと共にヤッター兵に捕まってしまう。ドロンジョたちを救出に向かう決心を固めたガリナは、小屋に眠っていた錆びたレーシングカーを起動させることに。

ヤッター・メトロポリスに到着するドロンボー。ヤッターマンが喧伝するような夢と希望に満ちた世界はそこにはなかった。しかし、中心の宮城だけは燦然と輝いていることに憤りを覚えるドロンジョたち。そんな一行の前に立ち塞がるヤッター十二神将。捕まってしまったドロンボーは、逆に公開でおしおきされることになる。

ヤッターマンの正体が実はドクロベエだった!? その事実を知って驚きを隠せないドロンジョたちに、ドクロベエはヤッターマンとの長い戦いの歴史を語り始める。真実を知ったドロンジョたちは宮城の牢獄へ収監されてしまうが、そこでゴロー将軍と再会したことから、アルエットの過去も明らかになる。

ガリナは、自分がヤッターマン1号・ガンちゃん、アルエットがヤッターマン2号・アイちゃんを名乗ると宣言。心を閉ざしていたアルエットを文字通り目覚めさせる事に成功。だが、それは同時にドロンボーとの別れを意味していた。ドクロベエを倒し、世界に夜明けをもたらす最終決戦の幕が切って落とされる。