1962, l'America ha perso la 2a Guerra Mondiale; l'Est è il Grande Reich Nazista, l'Ovest gli Stati del Pacifico Giapponese. Nell'oppressione si apre una speranza: dei film che mostrano un mondo diverso. Quando la sorella viene uccisa dopo avergliene consegnato uno, una donna si convince che i film siano la chiave per la libertà e intraprende la ricerca del loro custode, L'Uomo nell'Alto Castello.

Il destino di Frank è appeso a un filo mentre è tenuto prigioniero dal Kempeitai. Intanto Juliana contatta un uomo misterioso che le dà un indizio sulle pellicole, mentre l'Obergruppenführern Smith viene sorpreso da una spiacevole serie di eventi.

Joe e Juliana devono agire in fretta, mentre un feroce cacciatore di taglie noto come Lo Sceriffo arriva a Canon City. Tagomi progetta insieme a Wegener di rivelare preziosi segreti del Reich e Frank trama la sua vendetta contro i giapponesi.

Joe è sempre più diviso tra il dovere e i suoi sentimenti per Juliana, mentre Ed cerca di impedire a Frank di prendere una decisione irrevocabile. Le indagini di Smith si interrompono quando perde il suo testimone, e il piano di Tagomi va all'aria quando, durante il discorso del principe ereditario, gli eventi prendono una piega tragica.

Juliana torna a casa, solo per scoprire nuovi indizi che la conducano a sbrogliare il mistero dietro alle pellicole. Intanto Joe subisce un duro interrogatorio al Quartier Generale Nazista. Kido comincia le sue indagini sugli eventi relativi al discorso del principe ereditario, mentre Tagomi e Wegener compiono un ultimo disperato tentativo di completare il loro trasferimento segreto.

Joe festeggia la Giornata della Vittoria a casa di Smith, tentando di scoprire di più sulle pellicole. Juliana accetta un lavoro per Tagomi, continuando a cercare risposte, mentre Smith invita un vecchio amico a unirsi ai festeggiamenti, con esiti sorprendenti.

Juliana fa una scioccante scoperta sulla morte di sua sorella. Frank riflette sugli eventi recenti e prende un'importante decisione sul suo futuro, e Tagomi acquisisce maggiori informazioni sul passato di Juliana.

Mentre la rete si infittisce, Juliana e Frank progettano di sfuggire alle grinfie del Kempeitai, solo per farsi trascinare di nuovo nel pericolo da Joe, che cerca di recuperare un'altra pellicola. Intanto la lealtà di Smith è messa a dura prova da una scioccante rivelazione familiare, e Childan progetta di vendicarsi raggirando i Kasoura.

Il tempo sta per scadere, e un disperato Frank è costretto a rischiare la vita per salvare Joe. Smith finalmente unisce le tessere del mosaico, scoprendo chi c'è dietro al suo tentato omicidio. Tagomi è devastato dal confronto con le conseguenze del suo piano, e le indagini di Kido prendono una piega tragica alla luce di un'importante scoperta sulla sparatoria.

Mentre le rivelazioni si susseguono, Juliana è costretta a prendere la decisione più difficile della sua vita. Wegener torna in Germania per compiere la sua missione suicida segreta. Smith va a caccia con la persona che ha cercato di ucciderlo, rischiando di diventare la preda, e Kido cerca disperatamente di chiudere il caso prima che sia troppo tardi.

Juliana è catturata dalla Resistenza e affronta le conseguenze del suo tradimento. Riceve risposte a lungo attese sul passato ma che sollevano quesiti ancora più inquietanti sul futuro. E lei non è la sola in pericolo. Joe riesce a raggiungere New York ma il viaggio mette in dubbio ogni sua convinzione. Frank tenta di salvare Ed da una situazione impossibile - ma a quale costo per entrambi?

Dopo essere sfuggita per un soffio alla morte, Juliana scopre un segreto di famiglia che potrebbe avere implicazioni globali e che la porta a prendere una decisione che le cambierà la vita. Kido, Tagomi e Frank si assumono tutti dei grossi rischi. Tornato a New York Joe si abitua a una vita normale, solo per vederla sconvolta, quando Smith gli offre l'opportunità che attendeva da una vita.

Mentre lotta per adattarsi al nuovo strano mondo della New York nazista, Juliana cerca l'unica persona di cui crede di potersi fidare: Joe Blake. Pieno di rabbia e di spirito di ribellione dopo la partenza di Juliana, Frank si avvicina al movimento della Resistenza e al suo capo carismatico. Joe si confronta con la propria identità, quando finalmente incontra suo padre.

Juliana scopre di non essere al sicuro dalla Resistenza, nel Reich. Smith comprende fino a che punto è pronto a spingersi per proteggere suo figlio. E un altro padre, quello di Joe, tenta di convincerlo a dare a Berlino una possibilità. Anche Frank deve prendere una decisione: fino a che punto è disposto ad arrivare per la causa della Resistenza?

Joe scopre una verità sul suo passato che lo porta a mettere in dubbio tutto. Il crescente coinvolgimento di Frank con la Resistenza lo allontana sempre più da Ed. Per mettersi in salvo, Juliana deve tradire qualcuno che le sta vicino.

Nicole mostra a Joe un volto inaspettato di Berlino, che lo conduce su un nuovo cammino. Per la sua nuova missione, Juliana di insinua nella cerchia di amici degli Smith. Tagomi si riunisce finalmente alla sua famiglia, ma scopre subito che potrebbe perderla ancora.

Insinuandosi nella vita degli Smith, Juliana scopre un pericoloso segreto. Nel tentativo di saldare il debito con la Yakuza, Childan e Ed si ritrovano in una situazione scomoda. Durante una missione della Resistenza, Frank scopre un piano giapponese che potrebbe far avverare il suo peggiore incubo.

Juliana raccoglie informazioni per la Resistenza, che potrebbero scatenare la III Guerra Mondiale. Quando la situazione politica a Berlino si fa pericolosa, Joe deve fare una scelta che potrebbe mettere a rischio la sua vita. Dopo aver scoperto la verità su Juliana, Frank dubita della sua nuova famiglia, la Resistenza.

Tagomi affronta un dilemma: restare con la sua famiglia o tornare nel mondo che si è lasciato alle spalle. Determinata a fuggire dal Reich, Juliana stringe un ultimo pericoloso patto con la Resistenza. Quando Ed rivela un segreto che mette a rischio il piano della Resistenza, Frank deve decidere come reagire al tradimento del suo migliore amico.

Tagomi coinvolge Kido in un inganno per salvare il Giappone dalla distruzione. Mentre la sua vita gli crolla intorno, Smith elabora un piano rischiosamente ardito per restare aggrappato al potere. Joe cerca di fare la cosa giusta ma subisce l'ennesimo tradimento. Juliana deve fare una scelta straziante che plasmerà il futuro del mondo.

Juliana Crain fa una nuova conoscenza nella Zona Neutrale - un faccendiere irlandese di nome Wyatt - e deve ben presto cercare l'aiuto di Tagomi. I giapponesi testano una bomba atomica. Joe Blake va in missione diplomatica a San Francisco. Kido ha un nuovo sergente. Nicole Dormer dirige una nuova campagna di propaganda a New York. Gli Smith cercano di superare la morte di Thomas.

Juliana comprende il legame tra il suo destino e quello di Tagomi. Tagomi e l'Ammiraglio Inokuchi si rendono conto dell'embargo occulto sul petrolio, orchestrato dal Reich. Il Reichsmarschall Rockwell e J. Edgar Hoover complottano contro John Smith. Helen affronta il dolore per la morte di Thomas con la terapia, e lotta per proteggere la sua famiglia. Kido e Tagomi si scontrano su Juliana.

Juliana e Tagomi cercano di scoprire i misteri dei film e Juliana riabbraccia un vecchio amico. Childan vorrebbe tornare a San Francisco, ora che le rappresaglie sono finite, Ed è trattenuto da una potenziale nuova storia d'amore. Kido riceve delle informazioni che lo mettono su una nuova pista. Smith viene celebrato dall'alta società nazista a una proiezione del nuovo film di Nicole su Thomas.

Una nuova comunità lotta per la sopravvivenza nella Zona Neutrale. Juliana e Joe si ritrovano, mentre Joe continua il lavoro sotto copertura per Himmler. Wyatt si presenta a casa di Juliana a San Francisco. Il passato di Smith torna a perseguitarlo. Ed e Childan affrontano un problema sulla strada del ritorno. Mentre la tensione tra Reich e Impero aumenta, Tagomi scopre di essere in pericolo.

Mentre il Reichsführer continua a provocare gli Stati Giapponesi del Pacifico, Juliana sfugge alla morte e scopre una miniera di segreti nazisti. John Smith si scontra col suo avversario politico. I nazisti si preparano per "Anno Zero". Joe e Juliana arrivano a un punto cruciale della loro relazione.

Con l'aiuto di Wyatt, Juliana fugge da San Francisco coi segreti nazisti sottratti. Childan può finalmente tornare a casa. Ed decide di restare nella Zona Neutrale. Tagomi fa delle rivelazioni a Kido, in grado di cambiare la sua prospettiva. La carriera di John Smith arriva a una svolta.

Juliana intraprende una missione per fermare i nazisti, una missione che la fa riunire a vecchi amici. Thelma e Nicole si avvicinano, noncuranti dei rischi. Smith scopre nuovi dettagli sugli sforzi nazisti per viaggiare nei mondi alternativi. Kido chiede a Tagomi la verità sui film e sulla sua capacità di viaggiare. Kido ottiene informazioni cruciali da Childan.

Juliana capisce che potrebbe non esserci più tempo, ma trovare alleati continua a essere difficile. Tagomi deve lottare per difendere la propria vita. In terapia, Helen Smith varca un confine. Kido insegue il suo obiettivo nella Zona Neutrale.

La missione di Juliana e Wyatt li porta più a est e pericolosamente vicini al centro di un progetto nazista top-secret. Nel tentativo di migliorare le relazioni tra le due parti, Tagomi si mette in contatto con Smith. Smith fa una scoperta cruciale. Kido trova pace.

Il tentativo di Juliana di fermare i nazisti la pone in una situazione rischiosa. Himmler e John Smith aprono i festeggiamenti per Anno Zero. Dopo una serie di successi, Smith affronta una battuta d'arresto. Kido torna a San Francisco con un premio, e compie un atto di bontà verso un'amica. Tagomi prende una decisione difficile. Ed torna a San Francisco e si rimette in contatto con Childan.