2028년 겨울의 뉴포트 시티. 물 가격 담합을 규탄하는 시위 도중, 동시 고스트 해킹 바이러스에 의한 무차별 발포 사건이 일어난다. 이를 지켜본 쿠사나기 모토코 소령은 부대를 이끌고 현장조사를 위해 달려가는데…

쿠사나기는 과거 그녀가 소속한 조직 501기관에서 전뇌에 대한 정보를 얻을 수 있었지만, 전뇌에 접속한 쿠사나기는 위화감을 느낀다. 한편 원인불명의 바이러스에 대한 의문이 서서히 풀리기 시작하는데…

무기 거래의 뇌물 수수 혐의를 받던 한 남자가 총살당하는 사건이 발생한다. '잠들지 않는 눈'의 소유자 바토, 매춘부 살인 사건을 수사 중인 형사 토구사는 각자 묻힌 진상을 찾기 위해 고군분투하는데…

쿠사나기, 바토, 토구사는 각자 범인을 수사하지만, 서로의 생각은 좀처럼 일치하지 않는다. 더구나 바토는 사건의 범인을 쿠사나기라 생각하고는 다짜고짜 그녀를 공격한다. 한편 무수한 기체의 무리가 그들을 습격하는데…

감옥에 수용돼 있으면서도 범죄를 일으키는 자가 있다. 누군가의 로지코마 해킹으로, 공안 시스템 서버가 다운되고 교통관리 시스템의 80%가 먹통이 된다. 이를 해결하기 위해서는 모듈을 확보해야 한다는데...

판도라를 이용할 것인가, 아니면 파괴할 것인가. 판도라의 방벽에 논리공격을 가하는 적들이 나타난다. 쿠사나기는 모듈을 경유해 교통관제시스템 제어에 성공하지만, 바이러스에 감염된 대원들은 그녀를 쉴 새 없이 공격해대는데…

의체와 밀회를 나누던 쿠사나기 모토코에게 폭탄테러가 일어났다는 소식이 전해진다. 현장 주변에서는 '인어의 다리'처럼 보이는 의체가 남겨져 있었다. 한편 감염증상도 흔적도 남기지 않는 기억조작 바이러스가 그들을 엄습하는데…

테러리스트를 쫓는 쿠사나기는 물 가격 회의장 폭파사건과 수도국 서버 폭파사건을 조사하지만, 폭발물을 특정하는 일에 애를 먹고 있었다. 한편 쿠사나기와 연인 관계인 호세 아키라는, 의체와 육체의 구별이 없는 이상적인 인간세상을 꿈꾸는 자였는데…

항공기 폭파 테러사건의 용의자로 지명된 파이어 스타터의 브로커 '파이로 마니아'. 쿠사나기는 그를 꾀어내기 위해 호즈미 대령을 미끼로 사용하지만, 오히려 그는 먼저 공안의 기지에 침입하는 대담함을 보여주는데…

가까스로 생포한 파이로 마니아가 수용 시설에서 도주했다. 쿠사나기는 호즈미 이송 업무를 뒤로하고 그를 잡기 위해 총력을 기울인다. 모든 고스트, 모든 유사기억의 총체라 불리는 그와, 최고 수준의 체력과 전뇌 능력을 갖춘 공안 부대의 마지막 전투가 지금 시작된다.