El Ministerio viaja al siglo XI para resolver un misterio relacionado con los restos del Cid. Julián debe afrontar las consecuencias de sus actos.

Pacino, un policía que desapareció en 1981, reaparece en el presente y descubre que es sospechoso del asesinato que estaba investigando.

Pacino se une a la patrulla en su nueva misión: asegurarse de que Miguel de Cervantes publique "Don Quijote de la Mancha" en 1604.

Un antepasado de un político español clave para la transición española podría morir, lo que pondría en peligro la esperada llegada de la democracia.

Irene contrae la gripe española durante una misión en 1918. Susana insiste en traerla de vuelta al presente poniendo en peligro a todo el Ministerio

La patrulla visita el mundo mágico de Houdini, en el Nueva York de los años 20 ya que la propia existencia del Ministerio corre peligro.

Corre el siglo XI y Julián está escondido en Filipinas donde le hace una promesa a un soldado malherido por la que se verá involucrado en una peligrosa situación.

Salvador le encomienda a Alonso la misión de salvar a Julián que sigue atrapado en el sitio de Baler en Filipinas.

Un cuadro de Velázquez se vende en una subasta de 2016, pero esa pintura se quemó en el incendio del Alcázar de Madrid de 1734. El equipo viaja para investigarlo.

Irene investiga un misterio relacionado con un grupo de mujeres artistas de vanguardia olvidadas. El Ministerio descubre que la Vampira del Raval está en libertad.

Durante una visita al Ministerio, rediseñado para parecer una oficina más, un experto en fenómenos paranormales se salta una barrera y se cuela por una de las puertas.

La boda entre Ortigosa y Natalia se complica por un portal oculto y una leyenda romántica del siglo XIII.

Felipe II quiere una gran victoria de la Armada española en 1588. Su viaje en el tiempo ha ampliado sus miras y ahora solo piensa en el año 2016.

La patrulla, aún entristecida, debe evitar el secuestro de Alfred Hitchcock durante el estreno de su película "Vértigo" en el Festival de Cine de San Sebastián de 1958.

En 1943, los nazis capturan a una espía española en Francia poniendo en peligro la Operación Mincemeat, clave para la victoria aliada en la Segunda Guerra Mundial.

Cuando Gustavo Adolfo Bécquer escribe "Cartas desde mi celda", la patrulla viaja a 1864 al pueblo de Trasmoz, donde una mujer es acusada de brujería.

Una fuerza invisible destroza "La maja desnuda" en el Museo del Prado en la actualidad. El Ministerio viaja a 1799 para convencer a Goya de que vuelva a pintar el cuadro.

La patrulla viaja a la Valladolid de 1605 tras el intento de envenenamiento de un enviado británico que amenaza el tratado de paz entre España e Inglaterra.

El intento de asesinato en 1881 contra Alfonso XII obliga a los agentes a viajar al pasado esclavista español. Uno de ellos debe elegir entre su familia y el Ministerio.

"Viridiana" de Luis Buñuel no logra esquivar la censura del régimen. Irene viaja a 1961 con Pacino y Alonso para asegurarse de que la película gana en Cannes.

La desaparición de un sacerdote español clave en la conquista de México de Hernán Cortés obliga a Alonso y Pacino a viajar al Yucatán del siglo XVI.

Para encontrar un portal al futuro, el Ángel Exterminador secuestra a Abraham Levi, quien escapa a la Peñíscola de 1417 y le pide ayuda al papa Luna.

Unos moriscos del año 1609 se refugian en el Ministerio. Alonso y Pacino deben detener un complot de asesinato contra Simón Bolívar en la Bogotá de 1828.

Tras cancelarse el estreno de "La verbena de la Paloma", el Ministerio envía a tres de sus agentes a 1894. Alonso interroga a Arteche, quien le cuenta su vida.

Salvador envía a la patrulla a 1976 cuando se entera de que Adolfo Suárez no está entre los candidatos para ser presidente de España.

El debut en 1966 de una serie sobre el Ministerio del Tiempo pone en peligro el estreno de "Historias para no dormir" de Chicho Ibáñez Serrador.

Tres años después de su última misión, llegó la hora de que la patrulla vuelva a reunirse. ¿El motivo? El descubrimiento en un NODO de 1943 de que el nuevo galán del cine español, Eulogio Romero, es idéntico a Julián, al que todos creían muerto.

Una concursante del "Un, dos, tres... responda otra vez" que ha llegado a 1648 transforma la corte hasta el punto de que Felipe IV pretende casarse con ella. Buscando la puerta por la que la joven cruzó, los agentes se encuentran con otra misión.

La Historia ha sido alterada. La futura Isabel I de Inglaterra es asesinada justo en el momento en el que un joven Felipe II es rey consorte de su hermana, María I de Inglaterra.

Año 1937. En un solo día, la Historia del Arte ha sido devastada. Las Meninas desaparecen en el traslado, huyendo de las bombas de la Guerra Civil. Y Picasso –en París– ni siquiera ha empezado a pintar el Guernica.

Desesperado por la pérdida de Lola, Pacino decide cambiar el pasado para rescatarla de su última misión. Pero cambiar el pasado puede ser algo muy peligroso.

Todos conocen al subsecretario del Ministerio, pero no su gran secreto: que es el ángel de la guarda de Emilio Herrera, eminente científico español. Cuando una alarma avisa de que Herrera está en peligro, Salvador acude en su ayuda.

Fernando VII va a morir antes de lo previsto, poniendo en peligro la sucesión de su hija Isabel. Salvador lo trae al Ministerio para salvarlo con la medicina actual.

Los restos del cadáver de un niño son encontrados al lado de la sede del Ministerio. Allí llega la inspectora Ayala para investigar. Su primer paso es visitar el edificio. Tras hablar con Salvador, se dará cuenta de lo complejo del caso.