La criatura que ha destruït la Lluna i que amenaça de fer el mateix amb la Terra d'aquí a un any es converteix en professor de l'institut Kunugigaoka i les autoritats ofereixen 10.000 milions de iens a l'alumne que el mati.

El Sugino intenta assassinar el Korosensei emprant la seva habilitat com a jugador de beisbol, però fracassa i acaba desmoralitzat. El Nagisa mira d'animar-lo alhora que intenta descobrir els punts febles del professor.

El Karma Akabane torna a classe després d'un període d'expulsió i intenta assassinar el Korosensei des del primer dia. El seu odi cap als professors el porta a jugar-se la vida en una aposta arriscada per matar-lo.

Una nova professora de llengua estrangera que es diu Irina Jelavić arriba a la Classe 3-E enviada pel govern amb l'única intenció de tractar de seduir el Korosensei perquè el seu equip d'assassins el pugui exterminar.

Mentre la classe es prepara per celebrar una assemblea, la tímida Okuda intenta enverinar el Korosensei. Després del seu fracàs, el mateix professor l'ajuda a preparar un verí més efectiu amb resultats inesperats per a tots dos.

Per si els alumnes de la Classe 3-E no en tinguessin prou d'intentar assassinar el seu professor, és època d'exàmens i el Korosensei els motiva amenaçant de destruir l'institut si no hi treuen bones notes.

Els alumnes de la Classe 3-E pretenen aprofitar l'esperat viatge a Kyoto per assassinar el Korosense. Però tot canvia quan la Kanzaki i la Kaede són segrestades pels alumnes d'un altre institut.

Els alumnes de la Classe 3-E proporcionen a un franctirador professional múltiples ocasions per assassinar el Korosensei mentre miren d'aprofitar al màxim l'experiència del viatge a Kyoto.

Després de tornar del viatge, els de la Classe 3-E s'assabenten de l'arribada d'un alumne d'intercanvi. Però el que els espera a classe és una intel·ligència artificial anomenada Artilleria Fixa d'Intel·ligència Autònoma.

El mestre de la Irina li demana que abandoni el lloc com a professora davant la impossibilitat d'eliminar el Korosensei. Poc després, el Korosensei s'emporta el Karma, el Nagisa i la Ritsu a Hawaii en un viatge que no oblidaran mai.

La Classe 3-E dona la benvinguda a un nou alumne d'intercanvi, l'Itona, que no només té una mena d'habilitat especial que el fa més poderós que la Ritsu, sinó que a més a més assegura que és el germà petit del Korosensei.

Els alumnes de la Classe 3-E estan obligats a jugar un torneig d'exhibició contra l'equip de beisbol de l'institut. Entossudit a guanyar els seus antics companys, el Sugino convenç el Korosensei perquè sigui el seu entrenador.

El professor Takaoka arriba a l'institut per substituir el Karasuma com a professor d'educació física. Tot i la seva aparença inofensiva, resulta que el Takaoka és un sàdic que fa servir mètodes molt durs als quals els estudiants s'oposen.

Els exàmens quadrimestrals s'acosten i el Korosensei ofereix als seus alumnes un incentiu que no podran rebutjar. Per la seva banda, els alumnes fan una arriscada aposta amb els cinc millors estudiants de la Classe 3-A.

La Classe 3-E i els cinc millors estudiants de la Classe 3-A disputen una ferotge batalla durant els dos dies d'exàmens. Es deuen haver beneficiat dels mètodes d'ensenyament del Korosensei, els alumnes de la Classe 3-E?

Els alumnes de la Classe 3-E s'entrenen intensament a les ordres d'un assassí professional de cara al seu intent d'assassinat a l'excursió a l'illa. Un cop allà, hauran d'aconseguir que tot surti segons el pla.

Finalment, l'elaborat intent d'assassinat del Korosensei es duu a terme, cosa que obliga el professor a prendre mesures desesperades. Poc després, la meitat de la classe cau malalta i la resta ha d'actuar ràpidament per salvar els companys.

Els alumnes han de demostrar tot el que han après fins ara per infiltrar-se a un hotel d'alta seguretat ple de gent perillosa i així trobar l'antídot per als seus companys… i tot això sense l'ajuda del Korosensei.

La Classe 3-E continua l'ascens a l'última planta de l'hotel enfrontant-se a un criminal darrere l'altre. El Karma ha d'emprar tota la seva astúcia per superar un enemic formidable mentre el Nagisa s'infiltra a les files enemigues.

Seguint les ordres del Korosensei, els seus alumnes disputen una batalla desesperada contra l'assassí anomenat Gastro per salvar els seus companys. Però qui és la ment criminal que s'amaga darrere de tot?

Ha arribat l'hora del duel final a l'últim pis de l'Hotel Fukuma Denjo amb les vides de la meitat dels alumnes de la Classe 3-E en joc. Serà capaç de trobar la manera de sortir victoriós i salvar els seus companys, el Nagisa?