Au collège Kunugigaoka, les élèves de la classe 3E ont beau s'appliquer pour assassiner leur professeur, il leur donne du fil à retordre.

Sugino essaie de profiter de son passé de joueur de baseball pour se débarrasser de Koro-sensei, mais ce dernier n'est pas si facile à berner.

Karma Akabane, un nouvel élève, intègre la classe E après avoir été renvoyé pour violence. Fidèle à sa haine des professeurs, il s'en prend immédiatement à Koro-sensei.

L’école embauche une nouvelle enseignante de langue étrangère, mais les élèves de 3E comprennent vite qu'Irina Jelavic vient en fait éliminer Koro-sensei.

Quand la discrète Manami Okuda tente d'empoisonner Koro-sensei et échoue, le professeur lui propose de s’améliorer. Puis l’assemblée mensuelle du collège arrive...

À l'approche des partiels, le différend qui oppose le proviseur et Koro-sensei sur la gestion des études met la pression sur les élèves, prêts à faire leurs preuves.

Lors d'un voyage à Kyoto, une aide inattendue offre aux élèves l'occasion rêvée d'assassiner Koro-sensei. Mais c’était sans compter l'intervention de petits voyous.

Pendant le voyage à Kyoto, un tireur d'élite doit se poster dans des lieux choisis pour éliminer Koro-sensei, mais la tâche n'est pas si simple.

Une nouvelle élève appelée L'Artillerie à pensée autonome arrive de Norvège et n'arrête pas de tirer avec ses armes en classe.

Irina essaie de prouver à son ancien mentor qu'elle est capable de tuer Koro-sensei. Karma et Nagisa partent à Hawaï avec leur professeur.

Un deuxième élève prétendant être le frère de Koro-sensei est transféré. Les deux s'affrontent au cours d'un duel virulent.

La classe 3E se mesure à l'équipe de baseball du collège lors d'un match amical. Sugino est déterminé à battre ses anciens coéquipiers. Koro-sensei propose son aide.

Un soldat de prime abord accommodant reprend la classe d'éducation physique de Karasuma, mais les élèves découvrent peu à peu sa vraie nature.

Terasaka, le tyran du collège, élabore un complot avec Shiro et Itona pour tuer Koro-sensei dans la nouvelle piscine de la classe.

Koro-sensei tente de motiver les élèves de la classe 3E qui se distingueront lors des examens, mais les "Cinq Prodiges" de la classe A décident de s'en prennent à eux.

Lovro forme les élèves à des techniques d'assassinat, puis ils partent en vacances d'été.

Les élèves de la classe 3E décident d'embarrasser Koro-sensei en diffusant une vidéo, tandis que leur projet d'assassinat rivalise avec une autre menace.

Des élèves s'infiltrent dans l'hôtel, où ils se mesurent à des assassins professionnels pour venir en aide à leurs camarades infectés.

Les filles et Nagisa tentent de passer à l'étage suivant alors que Karma utilise une tactique intelligente pour se débarrasser d'un homme de main.

Aidés de Koro-sensei, les élèves se rendent tout en haut du bâtiment, où ils apprennent l'identité du cerveau.

Nagisa s'inspire des leçons de Lovro et reçoit un sage conseil de la part de Terasaka pendant le duel. Les élèves apprennent une nouvelle surprenante.