Després de guanyar la batalla contra el Takaoka a l'illa del sud, el Korosensei proposa una prova de valor per aparellar els alumnes, però la cosa acaba derivant en una estratègia de la classe per aparellar el Karasuma i la Irina.

Tota la Classe 3-E ajuda la Kaede amb la seva Operació Flam Explosiu per assassinar el Korosensei. Poc després, les notícies d'un misteriós lladre de roba interior fan estendre el pànic a la ciutat de Kunugigaoka.

Seguint les ordres del Shiro, l'Itona intenta assassinar una vegada més el Korosensei. Finalment, el Shiro es desempallega de l'Itona i els de la Classe 3-E tracten d'alliberar el noi de la seva obsessió per poder extreure-li els tentacles i salvar-li la vida.

Després d'incorporar-se a la classe 3-E, l'Itona aconsegueix guanyar-se els nois gràcies a la seva estratègia del tanc per control remot. Poc després, el Korosensei proposa que tots els alumnes facin servir noms en clau durant un dia sencer.

L'Asano descobreix que l'Isogai està treballant a temps parcial per ajudar la seva família i amenaça de denunciar-ho si la Classe 3-E no s'enfronta a la Classe A en una competició de fer caure el pal al festival d'esport.

Els alumnes de la Classe 3-E provoquen un accident en què resulta ferit un director de preescolar. Com a càstig, han de treballar dues setmanes a l'escola en lloc de preparar-se pels exàmens quadrimestrals.

El darrer pla de la classe per aparellar el Karasuma i la Irina fa que la professora desaparegui durant diversos dies. Aleshores es presenta davant d'ells l'assassí conegut com a Déu de la Mort, que assegura haver segrestat la Irina.

Les habilitats del Déu de la Mort i la traïció de la Irina posen entre les cordes el Korosensei i la Classe 3-E. El Karasuma haurà de decidir entre deixar morir el Korosensei i salvar el món, o salvar les vides dels seus alumnes.

El Nagisa es planteja seriosament convertir-se en assassí professional, però la seva mare vol que abandoni la Classe 3-E. El Korosensei es fa passar pel Karasuma per intentar convèncer-la que no canviï d'institut el Nagisa.

L'Institut Kunugigaoka celebra un festival on les classes competeixen per guanyar diners. Mentre la Classe A aprofita les connexions amb empresaris i patrocinadors, la Classe 3-E opta per un enfocament més autosuficient.

S'acosta l'hora dels exàmens finals i el director utilitza tècniques de rentada de cervell amb la Classe A. L'Asano demana a la Classe 3-E que derroti la Classe A als exàmens per posar fi a la política educativa del seu pare.

El clímax dels exàmens quadrimestrals enfronta l'Asano i el Karma en un difícil problema de matemàtiques. Després de la derrota de la seva política educativa, el director amenaça de destruir el campus de la Classe 3-E i acomiadar el Korosensei.

El Korosensei mira de resoldre els problemes dels llibres de text armats amb granades antiprofessor per salvar la feina i la classe. Però quin esdeveniment del passat va portar el director a convertir-se en l'educador despietat que és ara?

El Korosensei, el Nagisa i la Kaede fan neteja al magatzem i recorden l'últim any que han viscut junts. Sense avisar, la Kaede ataca el Korosensei amb els seus propis tentacles i revela la seva veritable identitat.

El Nagisa ha de trobar la manera de frenar la set de sang de la Kaede el temps necessari perquè Korosensei pugui extreure-li els tentacles. Poc després, el Korosensei revela finalment la veritat del seu passat als seus alumnes.

El Korosensei revela als alumnes com va ser el Déu de la Mort original, com va ser capturat i sotmès a experiments en un laboratori i com va acabar enamorant-se de l'antiga professora de la Classe 3-E.

La Classe 3-E està dividida entre el Nagisa i els que volen trobar la manera de salvar el Korosensei, i el Karma i els que volen matar-lo. El Korosensei proposa una competició de pintura per decidir si el maten o no.

El Nagisa i el Karma són els elegits per infiltrar-se en un coet no tripulat i viatjar fins a l'Estació Espacial Internacional amb l'objectiu d'obtenir les dades experimentals que els poden permetre salvar el Korosensei.

Els alumnes comencen a preparar els exàmens d'ingrés a la universitat i el Nagisa es planteja convertir-se en professor. Mentrestant, el Karma i la Nakamura animen la Kaede perquè es declari al Nagisa el dia de Sant Valentí.

Mentre la Classe 3-E està entretinguda amb la creació de l'anuari, el govern desencadena el seu pla final per assassinar el Korosensei. Per la seva banda, els alumnes prenen la determinació de reunir-se una vegada més amb el professor.

Quan falten tres hores per a l'assassinat del Korosensei, els estudiants de la Classe 3-E posen en marxa el seu pla de rescat. Però tot canvia amb l'aparició del Yanagisawa i el modificat Déu de la Mort.

El Korosensei ha de fer front al Yanagisawa i al Déu de la Mort, tots dos modificats pel sèrum dels tentacles. Quan la Kaede surt ferida tractant de salvar el professor, el Korosensei allibera tota la ràbia.

La data límit s'acosta i els estudiants de la Classe 3-E prenen la decisió unànime d'assassinar ells mateixos l'afeblit Korosensei, el millor professor que han tingut mai, per salvar la Terra.

Ha arribat l'hora que els estudiants de la Classe 3-E deixin enrere la classe de l'assassinat i continuïn endavant amb la vida. Set anys després, es reuneixen a l'antic campus per posar-se al dia del que han fet a les seves vides.