落ちこぼれクラス「エンドのE組」に担任として赴任したのは、月を爆破し、来年の3月には地球をも爆発するという超生物“殺せんせー”だった！ 政府はE組に殺せんせーの暗殺を成功報酬100億円で委ねるのだった。

3年E組の生徒である杉野は、特技の野球で殺せんせーに暗殺を仕掛けるも失敗し自信をなくしてしまう。そんな彼を心配する渚。殺せんせーは落ち込む杉野にあるアドバイスをするのだった。

停学中だった赤羽カルマが、3年E組に復帰した。初日から今まで誰もダメージを与えられなかった殺せんせーの触手を破壊するカルマ。彼ならば殺せんせー暗殺を成功させることができるのか。

3年E組に新たな先生がやってきた。名をイリーナ・イェラビッチ。彼女も政府から派遣された新たな殺し屋だった。着任早々得意のハニートラップをしかけるイリーナ。殺せんせーに色仕掛けは通用するのか。

3年E組の奥田は殺せんせーに毒薬を飲ませ暗殺をしようとするが失敗する。殺せんせーは奥田に自分を殺せる薬の作り方を教え暗殺に手を貸すのだが。

3年になって最初の中間テスト。E組の生徒達は暗殺さえ成功すればいいとテストに力をいれようとしない。そんな生徒達を見た殺せんせーは生徒達にある条件をだす。

待ちに待った修学旅行。E組の生徒達は旅行中に殺せんせーの暗殺も計画していた。だが暗殺場所の下見の途中茅野、神崎が他校の高校生に拉致されてしまう。無事二人を救出できるのか。

修学旅行も終わりに近づきプロのスナイパーの手を借り殺せんせーの暗殺に臨む生徒達。修学旅行中に殺せんせーの暗殺に成功することはできるのか。

3年E組に転校生がやってくることに。しかし教室でE組の生徒達を待っていたのは人間ではなく「自律思考固定砲台」だった。転校生は殺せんせーを暗殺することができるのか。

すっかりE組になじんできたイリーナのもとに師匠であるロヴロが現れた。彼はイリーナにE組を去るように告げる。イリーナはこのままE組を去るしかないのか。

E組に2人目の転校生イトナがやってきた。彼は殺せんせーと同じ“ある特殊な能力”を持った暗殺者だった。殺せんせーを追い詰めるイトナ。ついに暗殺成功になるのか。

球技大会で野球部に勝つ為に殺せんせーと猛特訓する3年E組の生徒達。その甲斐もあり試合は善戦。しかし、理事長は自らの教育理念に反するその様子をみて動き始める。

新たな教官、鷹岡がやってきた。父親のように接してくる鷹岡、3年E組の生徒達ともすぐに打ち解ける。しかし、過酷さを増す練習に反発する生徒たちに鷹岡が本性を現す。

夏に突入。殺せんせーが森に自然のプールを作る。そんな中クラスから取り残されていく寺坂。シロに唆された寺坂は、殺せんせーの暗殺にクラスの皆を巻き込んでしまう。

期末テスト。中間テストのリベンジに燃える3年E組に、浅野学秀率いる五英傑が立ちはだかる。より多く1位を取った方が何でも命令出来るという条件も加わり、様々な思いが交錯する中、運命の日がやってくる。

いよいよ期末テスト当日、激しいバトルを繰り広げるA組とE組。努力の結果はテストの点数となり明白に、そして残酷に生徒達に突きつけられる。はたして勝負の行方は。

夏だ！ 虫だ！ エロ本だ！ 南の島旅行の資金集めに昆虫採集をする3年E組。そこに岡島の仕掛けた罠に誘われる殺せんせー。エロは世界を救うのか。

全ての条件は整った。入念に練られた作戦で、最大級の暗殺計画が殺せんせーを襲う。殺せんせーの運命やいかに。

殺せんせー暗殺計画の直後、突如現れた新たな敵。仕掛けられた謎のウィルスによって次々にた倒れるクラスメイト達。残されたメンバーは治療薬を奪取するべく敵陣を襲撃する。

敵陣のホテルに潜入した3年E組生徒達。クセのある刺客達が次々と立ちはだかる。はたして無事、最上階まで辿り着けるのか。

ガストロとの戦いで絶体絶命の3年E組。この局面をどう切り抜けるのか。そしてついに黒幕の正体が明らかになる。

仲間を苦しめた鷹岡に逆上する渚。鷹岡と一対一の勝負となる。そこで渚の新たな才能が開花する。

南の島で鷹岡との戦いに勝利したE組の生徒達。殺せんせーはカップル成立を目論んで「肝試し」を企画。 だが、いつしかE組全員でのイリーナと烏間をくっつける作戦になったが 果たしてその結末は。 夏休みも終わりに近づき、2学期へと思いを馳せる生徒達。その裏で謎の男の影も。

茅野発案、殺せんせー暗殺プラン「プリン爆殺計画」。E組の生徒達はいつもはサポートに回る茅野の指揮で殺せんせーの暗殺を試みる。 烏間先生のトレーニングも厳しさを増し、裏山でフリーランニングを使った「暗殺ケイドロ」の授業も開催。着実に力を高めるE組だったが、一方で椚ケ丘市内を騒がす“下着泥棒”のニュースも気がかりだった。

シロに率いられたイトナが殺せんせーに再び襲いかかってきた。激しく切り結ぶ両者だったが、イトナを捨て駒とするシロの策略に、E組の生徒達もイトナを彼の“執着”から切り離すべく奔走する。身の振り方を教える寺坂らを前に、葛藤を抱えるイトナは。

正式にE組に仲間入りしたイトナの特技を活かした「ラジコン作戦」により、ゲスい男子たちが一致団結。彼らは女子には内緒で綿密な計画を立てる。ある日、自身の本名を気にしていた木村のために、殺せんせーはその日1日生徒全員がコードネームで呼び合うことを提案する。

E組のイケメン委員長、磯貝悠馬。家計を助けるために行った校則違反のアルバイトをA組の五英傑に見つかってしまう。浅野学秀が出した見逃す為の条件。それはE組が来たる体育祭でA組に勝利する事。 全く異なるリーダーの素質を持つ二人の対決、その結果はどうなるのか。

中間テストを2週間後に控えたある日、暗殺技術を過信したE組の生徒達はある保育施設の年老いた園長に大怪我を負わせてしまった。 生徒達の間違った力の使い方を正す為、殺せんせーは一切のテスト勉強を禁止、保育施設でのボランティアを課す。老朽化した施設と、やんちゃだが問題を抱える児童を前に、E組の生徒たちは。

イリーナ先生の誕生日を気にも留めない烏間先生に、花束を贈るよう一計を案じるE組の生徒たち。しかし、あっけなくバレてしまい、その日以降イリーナ先生は学校へ姿を見せなくなった。心配を募らせるE組生徒たちの前に、突如“死神”と名乗る殺し屋が現れ、イリーナ先生をさらったことを告げる。生徒たちだけで来るように告げた“死神”を追い、イリーナ救出に向かったE組を待っていたものは。

“死神”に対し、全く歯が立たなかったE組の生徒たち。殺せんせーと烏間先生も駆けつけ全員で死神と対峙するが、そこへ“死神”の側へ付いたイリーナ先生も立ちはだかり、殺せんせーも捕われの身となってしまう。一人“死神”を追う烏間先生。そして、烏間先生と“死神”の一騎打ちが始まった。

成熟の11月。暗殺期限が残り4ヶ月と迫る中、進路相談の時期がやってきた。クラスメイト各々が進路を考える中、悩んでしまう渚。そんな中、渚は母親から突然「E組を抜けさせる」と告げられる。

クラスの経営手腕が試される椚ケ丘の学園祭。浅野学秀率いるA組はスポンサー付の派手なイベントを開催。一方E組は旧校舎の立地を逆手に取っての自給自足、天然食材を使った食堂で勝負する。さらに歴代アサシンや「渚ちゃん」目当てのユージ君まで現れる。

学園祭でひと際目立った活躍をみせたE組。教育方針に反すると問題視する浅野理事長と、良きライバルとしてE組の存在を評価する息子・浅野学秀の対立が表面化。次なる舞台は期末テスト。 学秀はまっすぐな気持ちでE組に勝負を挑む。迎えた期末テスト。超難問題を前に、生徒達はどうするのか。

E組対A組の期末テスト対決はいよいよ大詰め。特に超難問が続く数学、他の生徒たちが途中脱落していく中、最終問題はカルマ対学秀の一騎打ちに。お互いに最終問題と格闘する中、カルマはE組で過ごした経験を思い起こし、あることに気づく。果たして学年1位の座はどちらの手に。

期末テスト後、殺せんせーへの解雇通知を盾に一方的な賭け勝負を挑んできた浅野学峯理事長。よく似ているというふたりの教育者像、その真意とは。浅野理事長を変えた過去の事件が明らかになる。一方、E組は、演劇発表会で行う演目を「桃太郎」に決めた。しかも殺せんせーが主役。 一体どうなるのか。

演劇発表会、倉庫の後片付けをする渚とカエデ、に殺せんせーも助っ人で参加。これまでの暗殺計画の思い出話に花が咲く。殺せんせーが初めて教室に現れた時、カルマが休学明けで戻ってきた時、イトナが登場した時、カエデ主導のプリン爆殺計画。そんな中、カエデの様子に変化が起こる。

豹変したカエデからの攻撃を受ける殺せんせーは、自らの急所を囮に、暴走した彼女を阻止する術を生徒達に託す。そこで渚が取った行動とは。 そして、再びクラス全員が揃った時、殺せんせーは自らの過去を語り始める。生徒達はついに「殺せんせーとは何者なのか。」を知ることになる。

「そして超生物は語りはじめた。秘められた人間の記憶を。」 かつて死神と呼ばれた殺し屋は、反物質を作る柳沢の人体実験の対象となる中、雪村あぐりと心の交流を深めていく。しかし、実験体である死神の体内エネルギーが限界を超え、来年には地球ごと爆発することが判明。柳沢は彼の殺処分を命じる。

この先生を殺さなくちゃ、ならないのか。殺せんせーの過去を知った生徒達に突如突きつけられた新たな難題。強い絆があるからこそ、自分たちの中にある一番大切な気持ちを殺さないために相反する主張をする渚と業を発端に、クラスが分裂の危機！ そんな彼らに殺せんせーが出したまさに「暗殺教室らしい」仲裁案とは。

それぞれが殺せんせーを真剣に想う気持ちがあるからこそ意見が分かれた暗殺サバイバル対決は、ついに「殺さない」の渚と「殺す派」の業の一騎打ちに。友達でありながらお互いにどこか他人行儀だった二人が本気でぶつかり合う。 果たしてその結果は。

殺せんせーを救う研究が宇宙空間で密かに行われているという情報をキャッチしたE組。クラスを代表して渚と業は実験データを盗みに打ち上げ予定の無人ロケットに潜入する。 殺せんせーを助けたい想いを胸に、季節はずれの自由研究がスタートする。

いよいよ受験シーズン到来。 渚は殺せんせーの熱烈応援で会場へ行く。 そしてバレンタインの季節。なかなか渚にチョコレートが渡せないカエデに、カルマと中村は。 他のクラスメイトたちもそれぞれのバレンタインを迎えていた。そして、烏間とイリーナにも何やら動きがあった。

全員の進路も決まり、E組卒業アルバム制作に精を出す殺せんせー。しかし、ついに政府による最終暗殺計画が発動。殺せんせーは地球を破壊する危険生物として報道され、E組は監視下に置かれてしまう。「殺せんせーに会いたい！」 生徒達は決意の行動を起こす。

殺せんせー暗殺期限まであと3時間。レーザーの照射時間も刻々と迫っていた。生徒達は政府の警備をくぐり抜け、旧校舎で殺せんせーに再会する。あぐりが誕生日と決めてから1年後の夜、束の間の語らい。しかし、そこに柳沢と変わり果てた二代目死神が現れる。

殺せんせーVS二代目死神。 殺せんせーを上回る能力を身につけた二代目死神に、自らをも改造した柳沢が加勢し、ラストバトルへ突入する。 生徒達を守りながら戦う殺せんせーに、容赦ない攻撃を仕掛ける憎悪にまみれた二人。絶対絶命の中、意外な人物が攻撃を仕掛ける。

1年間の思い出が詰まった旧校舎は、殺せんせー、烏間、イリーナ、そして3年E組の生徒達だけになった。暗殺期限が刻一刻と迫り、残された時間はあと僅か。E組の生徒達が出した答えに、満身創痍の殺せんせーは満足げに頷くのだった。

「さようなら、殺せんせー。さようなら、椚ヶ丘中学校。」 殺せんせーと過ごした宝物のような1年間。E組の生徒たちは「暗殺教室」を旅立ち、確かな一歩を踏み出す。そして月日は流れた。