椚丘中学3年E班，是一间暗杀教室，而这里的班主任正是炸掉了月球，并扬言明年3月要将地球也炸掉的超生物“杀老师”！ 政府委托E班全员暗杀杀老师，成功的报酬是100亿日元。于是各路同学想尽办法在保密的情况下进行暗杀老师的计划，这场教师与学生之间的非日常学园生活开始了。

三年E班的学生杉野使用其特长的棒球对杀老师进行暗杀，结果却失败了，因此杉野丧失了自信。为了鼓励杉野，杀老师特意去纽约看棒球比赛，并告诉杉野他的优势之处，重拾信心的杉野朝决定用自己独有的招式打败杀老师。暗杀行动仍在继续，渚逐渐发现了杀老师的弱点！

由于杀老师的体育教学太过异次元，精锐部队出身的乌间担任起三年E班的体育老师，第一节课就让同学们大玩匕首。此时停学期满的赤羽业回到了三年E班，从开始至今没人能对杀老师的触手造成伤害，没想到业与杀老师第一次见面就轻易破坏了触手。腹黑暴力惯犯的业是不是就能够成功将杀老师暗杀呢？

杀老师英雄救美，帮助了一位金发御姐。没想到这位御姐竟是3年E班新来的外语老师，名叫伊莉娜·叶拉维琪。伊莉娜缠上了杀老师，面对美色杀老师竟然害羞变成了粉红色。而伊莉娜其实是政府派遣的杀手，她一到任就设下了自己擅长的甜蜜陷阱，伊莉娜的美人计究竟能否对杀老师起作用呢？

又是3年E班充满暗杀日常的一天，化学课堂上，不善言辞的奥田突然拜托杀老师喝下自己研制的毒药。面对奥田的真心请求，杀老师一连喝下好几种特制毒药，但杀老师除了颜艺变化再无其他。随后杀老师决定与奥田一起研究能杀死自己的毒药，然而杀老师会真心帮助奥田吗？

三年级的第一次期中考试要开始了。E班的学生们认为只要让暗杀成功就可以了，不打算努力准备考试。见到学生们这个样子的杀老师，向学生们提出了一个条件。

期待已久的修学旅行。E班的学生们在旅行中都计划着暗杀杀老师。但在事先查看暗杀地点的途中，茅野、神崎被其他学校的高中生绑架了。两人能否被平安救出！？

在修学旅行接近尾声之际，学生们面临在职业狙击手的协助之下暗杀杀老师的状况。在修学旅行中对杀老师的暗杀究竟能否成功呢？

三年E班来了转学生。但在教室里等着E班学生们的却不是人类，而是“自律思考固定炮台”。转学生究竟能否暗杀杀老师呢？

在已经完全融入E班的伊莉娜面前，她的师父罗威罗出现了。他对伊莉娜说自己打算让她离开E班。伊莉娜只能就这么离开了吗？

E班迎来了第二位转学生糸成，他是和杀老师一样拥有“某种特殊能力”的暗杀者。糸成将杀老师逼入绝境，暗杀终于即将成功？

E班的学生们为了在球技大赛上赢过棒球部而展开特训。特训起到了效果，他们在比赛中全力迎战。但，面对违背了自己教育理念而比赛的棒球部，理事长出面了。

新的教官鹰冈来到了E班。如同父亲一样对待学生的鹰冈，很快就和E班学生们打成一片。但，在练习的残酷逐渐升级，学生们为此叫苦不迭之时，鹰冈终于露出了本性。

炎热的夏日，杀老师在森林里制造出了自然的水池。此时，寺坂从班级中落单了。被白唆使的寺坂，在对杀老师的暗杀行动中将全班都卷入了其中。

浅野学秀率领的五英杰阻挡在为了准备期末考试而学习的E班众人面前。在加上了“取得较多第一名的一方可以施加任何命令”这一条件之后，在种种的想法交错当中，命运之日终于到来。

终于到了期末考试当天，A班和E班展开激烈战斗。作为努力结果的考试分数，明白而残酷地展现在学生们的面前。胜负究竟会如何？

夏天！虫子！小黄书！E班进行着前往南方小岛的资金筹集以及昆虫采集。与此同时，杀老师被引诱到了冈岛设置的陷阱当中。工口能够拯救世界！？

全部的条件都集齐了。在精心准备的作战之下，最大级的暗杀计划向杀老师袭来。

在杀老师暗杀计划结束后突然出现的新的敌人。为了拯救成为人质的同学们，剩余的成员一同出击。他们能否在24小时之内夺取治疗药？

E班学生们潜入了旅馆。怪异的刺客们接连阻挡在他们面前。究竟他们能否平安无事地到达最高层呢？

E班在与GASTRO的交战中陷入危机。这一局面将要如何突破？之后，黑幕的身份终于揭开！？

面对穷凶极恶的鹰冈，渚感到极为愤怒。渚究竟能否挽救这种绝境！？

在南国小岛上举行暗杀修行的3年E班的学生在取得与鹰冈的战斗的胜利后，举办了男女配对的试胆大会，并帮助伊莉娜老师追求乌间老师。暑假也要结束了，E班的学生一起和杀老师去了夏日祭典。

因为全国的鸡蛋供大于求无法出货，茅野提出了布丁暗杀计划、同时可兼顾解决大量鸡蛋被废弃的问题。E班的同学合力制作了超大补丁实施了计划。乌间老师对E班学生进行了山中跑酷暗杀版警察抓小偷的训练，学生们使用各种方法逃脱乌间老师和杀老师的抓捕。除此之外，新闻中出现的内衣小偷事件也令人担忧。

被学生怀疑是内衣小偷的杀老师为了证明自己的亲白，亲自去抓捕真正的小偷，并因此和堀部糸成展开了战斗。最终战败的堀部糸成被无情抛弃，并持续暴走。在3年E班同学的鼓励下，堀部糸成道出了自己的过去、解开了心结、磨去了触手、真正融入了班级。

堀部糸成利用自己的特长，想到了操纵遥控玩具车袭击杀老师要害的暗杀计划，并背着女生和班里的男生展开了神秘的计划。因为木村对自己的本命很是介意，E班的每个同学开始互起奇怪的称号。

E班的委员长矶贝悠马为了维持家人的生计，违反校规在餐厅打工，不幸被A班的五英杰发现。A班班长浅野学秀提出了在体育节和E班竞赛、如果E班取得胜利则守住秘密的条件，E班同学竭尽全力和理念截然不同的A班比拼。

在期中考试前的2周，对于自身暗杀技术过于自信的E班学生，不行弄伤了幼稚园年迈的园长。自此，学生们放下期中考试的准备，代替园长管理幼儿园，将幼儿园修缮得耳目一新、并取得了孩子们的喜爱。

伊莉娜老师的生日到了，E班的学生们买了花束，想尽办法让伊莉娜老师所喜欢的乌间老师送花作为礼物，不料却被伊莉娜老师识破。至此之后，伊莉娜再没有出现在学校，令E班的同学很是担忧。此时，自称“死神”的杀手出现，学生们前往解救伊莉娜老师。

对于自称“死神”的杀手，E班的同学毫无办法。此时，乌间老师和杀老师赶到。乌间和“死神”展开了一对一对决，解救了E班的同学。

到了临近毕业商讨今后出路的时候了，E班的同学大多有了打算，但潮田渚却始终不知道自己适合做什么。此时，渚的母亲却强迫潮田渚按照她的想法去走今后的路，在杀老师的帮助下，潮田渚反抗了母亲，让母亲意识到孩子的想法也是重要的。

学校的学园祭到了，为了比拼销售额，A班的同学拉拢了赞助商举办了豪华的活动，E班的同学则自给自足、利用地处山林的自然环境、靠新鲜的食材吸引了顾客。

期末考试要到了，因为理念和父亲不同，A班的班长浅野学秀放下面子请求E班的同学在期末考试中赢得胜利，E班的同学接受了这个请求。

E班和A班的期末考试对决终于到了最后的时刻，特别是难度超大的数学测试，最后一题尤为不易，是属于浅野学秀和赤羽业之间的对决。在互相和难题搏斗的过程中，赤羽业想到了曾经在E班的经历，顺利解答了问题。随着E班在期末考中的大胜，浅野学峰再次对E班进行了刁难。

期末考试后，浅野学峰以解雇胁迫杀老师参与不公正的比试，杀老师成功赢得了胜利、证明了自己的教育理念。三年E班决定在话剧发表会上演出《桃太郎》。

当 E 班在戏剧节之后清理的时候，他们发现他们的一个同学隐藏了一个和杀老师过去有关的天大秘密。

在经历了一次紧张而可怕的遭遇之后，杀老师开始坦白他的真实身份。

在杀老师揭露了他过去的行为和身份之后，E级陷入了困境，这些信息可能会影响他们的暗杀计划。

由于这个班级在是杀死小路老师还是试图拯救他问题上分裂成两派，杀老师自己提出了一种解决问题的方法。

杀老师的命运归结为一场老朋友渚和业之间的战斗。

渚与业这次挑战的是“劫持太空站”这个超乎常识的任务。他们能否平安地得到能拯救杀老师的研究资料……？

随着高中入学考试的临近，渚不确定他的未来应该走哪条路。3-E 班用大量的巧克力迎接情人节。

杀老师还有一个项目计划用他心爱的 E 级课程结束这一年，但是政府自己的计划可能会成为障碍。

学生们争先恐后地想见老师最后一面。杀老师过去的一个人物带着对这个超级生物的深仇大恨来到了这里。

两个超级生物之间的激战威胁到了3-E 班的学生。杀老师能在保护他们的同时保护自己的生命吗？

时间不多了，E 班的学生们必须一劳永逸地决定是否要杀死这位在过去一年里改变了他们生活的老师。

毕业日: 人生的一个篇章结束了，另一个篇章开始了，3-E 班的学生和老师们继续在这个世界上开辟他们自己的道路。