Pendant le voyage à Kyoto, un tireur d'élite doit se poster dans des lieux choisis pour éliminer Koro-sensei, mais la tâche n'est pas si simple.

La classe 3E se mesure à l'équipe de baseball du collège lors d'un match amical. Sugino est déterminé à battre ses anciens coéquipiers. Koro-sensei propose son aide.

Les élèves de la classe 3E décident d'embarrasser Koro-sensei en diffusant une vidéo, tandis que leur projet d'assassinat rivalise avec une autre menace.

Des élèves s'infiltrent dans l'hôtel, où ils se mesurent à des assassins professionnels pour venir en aide à leurs camarades infectés.

Aidés de Koro-sensei, les élèves se rendent tout en haut du bâtiment, où ils apprennent l'identité du cerveau.

Le voyage d'été de la classe 3E dans l'île touche à sa fin et Koro-sensei organise un test de courage pour tenter de créer quelques couples parmi ses élèves.

Au terme du match de paintball, Karma et Nagisa restent seuls sur le terrain. Karma défie alors Nagisa en un duel ultime.

Il ne reste plus que trois heures avant le chargement complet du laser. Les élèves lancent une ultime mission d'infiltration pour sauver Koro-sensei.

La classe 3E assiste à la cérémonie de départ de Kunugigaoka. Avant la dispersion générale, Nagisa apprend que Koro-sensei lui a fait une dernière faveur.