「殺せんせー」が椚ヶ丘中学校3年E組の担任となる以前、月を7割蒸発させた謎の超生物が監禁されている厳重なセキュリティルームで、防衛省職員・烏間惟臣は、その超生物から奇妙な提案を受ける。「来年の3月に地球を爆破するが、それまでは日本の椚ヶ丘中学校の担任になってもいい…」と。そこから話が大げさになっていき、思わぬ方向へ…!?

修学旅行も終わりに近づきプロのスナイパーの手を借り殺せんせーの暗殺に臨む生徒達。修学旅行中に殺せんせーの暗殺に成功することはできるのか。

3年E組に転校生がやってくることに。しかし教室でE組の生徒達を待っていたのは人間ではなく「自律思考固定砲台」だった。転校生は殺せんせーを暗殺することができるのか。

すっかりE組になじんできたイリーナのもとに師匠であるロヴロが現れた。彼はイリーナにE組を去るように告げる。イリーナはこのままE組を去るしかないのか。

球技大会で野球部に勝つ為に殺せんせーと猛特訓する3年E組の生徒達。その甲斐もあり試合は善戦。しかし、理事長は自らの教育理念に反するその様子をみて動き始める。

夏に突入。殺せんせーが森に自然のプールを作る。そんな中クラスから取り残されていく寺坂。シロに唆された寺坂は、殺せんせーの暗殺にクラスの皆を巻き込んでしまう。

殺せんせー暗殺計画の直後、突如現れた新たな敵。仕掛けられた謎のウィルスによって次々にた倒れるクラスメイト達。残されたメンバーは治療薬を奪取するべく敵陣を襲撃する。

仲間を苦しめた鷹岡に逆上する渚。鷹岡と一対一の勝負となる。そこで渚の新たな才能が開花する。