Die Klasse 3-E der Kunigigaoka staunt nicht schlecht. Sie haben einen neuen Lehrer, der ein seltsames, alienartiges Wesen zu sein scheint und droht, die Erde zu zerstören! Doch die Regierung hat mit ihm einen Deal geschlossen…

Ein sehr schwieriger Schüler kehrt in die Klasse zurück – Karma Akabane, der Schrecken aller Lehrer. Er spielt Koro-sensei Streiche, die tödlich enden würden, wenn Koro-sensei ein normaler Mensch wäre. Ob er den Lehrer in die Enge drängen kann?

Der Showdown zwischen dem Drahtzieher hinter der Erpressung und dem furchtlosen Nagisa wird entschieden! Können die vergifteten Schüler gerettet werden?

Die Sommerferien sind fast zu Ende, doch Koro-sensei hat auch zu dieser Zeit eine Prüfung für seine Schüler parat. Um ihren Mut zu testen, schickt er sich jeweils zu Zweit in eine Höhle. Sein Plan: Jede Menge pikanten und interessanten Tratsch sammeln.

Die Schüler der 3-E machen ihren Abschluss. Nach der Feier erfährt Nagisa, dass Koro-sensei seine Eltern wieder zusammengebracht hat. Sieben Jahre später trifft sich der Großteil der Klasse wieder, um ihr altes Schulgebäude auf Vordermann zu bringen.