後に百年戦争と呼ばれる、イングランドとフランスの戦いが続いていたころ――。フランスのとある村はずれの森にマリアと呼ばれる魔女が住んでいた。マリアは戦いが大嫌い。近くで戦いがあると 使い魔の夢魔アルテミスを戦場に使わし、両軍の指揮官を骨抜きにすることで戦いの行方ををうやむやにしてしまう。そんなマリアのもとには、祖母のための薬を取りにくる少女アン、領主の使いのジョセフなど様々な人が訪れるが、やがて村の北のほうで戦いが始まり、アンの父やジョセフも従軍することに。

マリアがドラゴンで介入した結果、村の北のほうで起こるはずだった戦争は勝敗の曖昧なまま終わった。父が戻ってきたアンと、無事戦場から帰還したジョセフは再びマリアのもとを尋ねる。一方、また別の戦場から戻ったアルテミスは、男性の夢魔・インキュバスも作るべきだとマリアに強行に主張する。そしてマリアは、オスフクロウからプリアポスを生み出すのだが……？　静かだったマリアの家は、次第に賑やかになっていく。

マリアの魔力行使を遂に見かねて、大天使ミカエルが降臨した。ミカエルは戦いを嫌うマリアを否定する。「お前はただ、自分の目に嫌なモノが映るのを我慢できないだけだ。この世界の理を乱す」。マリアを必死で擁護するアンとジョセフの甲斐もあって、やがて下った神の裁定は「魔女マリアの罪は断じない」。しかし、その代わりにマリアは「純潔を失った時、魔女の力を失う」という枷をはめられることに。しかも、ミカエルの名代として エゼキエルという監視役まで派遣されてしまう。

ミカエルに制約を課せられたにも関わらず、それをかいくぐって 近隣の村を襲った傭兵団を退けるなどの行動を続けるマリア。そんなマリアの下に、イングランドの魔女ビブが現れる。自分の縄張りの外の戦争までちょっかいを出すので迷惑だ、とクレームをつけるビブに、マリアは「世の中を平和にしたい」と反論するが、ビブにそれは価値観の押しつけだ、と断じられてしまう。そのころジョセフは街で、傭兵ガルファとともに酒を飲んでいた。酔ったガルファは野望を語り、そしてジョセフに「おまえは、何になる？」と投げかける。

マリアの動きによって進軍を封じられてしまったイングランド軍は、一か所に集結しつつあった。これこそイングランド軍を一掃する好機と、フランス側の人々が準備を進める中、ガルファは突然ジョセフの主・ギヨーム伯爵と面会することに。なぜ領主が一介の傭兵と…？　疑問の消えないガルファを、ギヨームとともに出迎えたのはベルナール。彼はガルファに「罪深き魔女マリアの魂を救うお手伝いをしていただけませんか」と持ちかける。

今度ばかりは戦いを止めないでほしいと、自分を慕うフランス人の青年ジョセフに懇願されてしまったマリア。悩み続ける一方で、これまでのマリアの行動によって一か所に集結してしまったイングランド軍と、彼らを一気にたたきのめそうと集まったフランス軍とで、戦場にはかつてないほど大量の兵士が集まっていく。果たして、マリアの選ぶ道やいかに。

肩に傷を追い、魔女エドウィナの家で手当を受けていたマリアだったが、なんとか森の中の家に戻れる程度に回復した。そんな中、マリアの不在中に村の少女・アンの祖母マーサの容態が悪化したことが判明し、プリアポスに様子を見に行かせる。マーサは修道士・ジルベールが持参した“特別な薬”を飲み一命を取り留めたが、倒れた原因をジルベールに聞かされたアンは混乱してしまう。

傷ついたマリアはなぜ自分が戦いが嫌いなのかを自問していた。その身を案じつつもアルテミスは仕事に出かけてゆき、プリアポスとエデキエルはジョセフを探しに飛び立っていった。そこにガルファが忍び込む。「純潔を失えば、マリアはその魔力を失う」。ベルナールからその事実を知らされたガルファの目的はそこにあった。そして騎士を連れてマリアの家を取り囲むジルベール。エゼキエルたちに呼ばれたジョセフが駆けつけた時、マリアは……。

ミカエルに反発したビブは、エゼキエルに貫かれ深手を負う。その間も、マリアに対する異端審問は続いていた。マリアを執拗に尋問するジルベール。火刑の時が次第に近づく。ジョセフはマリアのことを思いながらも、イングランドの砦を攻める新たな戦いの準備に追われていた。マーサはマリアを傷つけたと苦しみ、それを見たアンはエゼキエルに天上の教会について質問する。「ポッポちゃんは、どう思ってるの？」。

マリアを火刑から救い出したのは、エドウィナだった。助けられたマリアは、そのままジョセフの戦うイングランドの砦に向かう。砦を打ち崩し、その中の町へとへと侵攻しているギヨーム配下の兵士やち。その町の礼拝堂では、ガルファが怒ったジョセフと戦っていた。「なぜマリア殿を、穢そうとした？」と問うジョセフ。「仕事だ」と答えるガルファ。全く異なる環境で育った男２人が、その生き方をぶつけ合う。

マリアとジョセフの前に再び姿を見せたミカエル。ミカエルに対抗するため、ビブやエドウィナ、それ以外の魔女たちも集結する。圧倒的な力で魔女たちを退けるミカエルは、マリアにどのような裁定を下すのか……。