『トリアージ』とは、傷病者が同時多発的に発生した場合、5色のラベルカラーでその重傷度及び緊急度を分別し、医療行為の優先度を決定すること。それはまさに、命の選択【トリアージ】である。そんな中、ラベルカラー『黒』は、『死』に最も近い色とされていた。――そして、非合法組織『ブラックラベル』は、その名の通り、悪性腫瘍のように社会を蝕む犯罪者に『死』の刻印を打つべく、日夜暗躍していた……！

高校生・三神嵐は、初めての悪性腫瘍の切除【犯罪者の処刑】を終え、正式に非合法組織『ブラックラベル』の処刑人となる。彼が何故、悪を裁く処刑人となったのか……その真相は９年前に起きた『国際医療会議爆弾テロ事件』に隠されていた。――一方、任務で助けたはずの被害者がまたしても拉致される事態が発生。『ブラックラベル』は被害者救出のため、再び闇を駆ける――！

嵐の通う高校の先輩である木場美琴は、実は『ブラックラベル』で嵐とともに悪と戦う仲間でもあった。 ――ひょんなことから美琴は、ミステリアスな転校生・緋崎千影と言葉を交わすようになる。千影の生い立ちと境遇、そしてその信念に深い共感を覚える美琴。２人は急速に距離を縮める。そんな中、世間では生きた人間に火を放ち焼死に至らしめるという、残虐な放火事件が多発していた。

悪性腫瘍の存在を知った美琴は、人質の命を救うため、嵐や他の『ブラックラベル』メンバーを待たず１人で現場へと急行する。そこで彼女を待ち構えていたのは、極めて危険な新型麻薬を扱う凶悪犯と――そしてもう1人、美琴にとってあまりに意外な人物で……!? 真実を知り、驚愕する美琴。彼女に迫られた命の選択【トリアージ】とは――!?

「――さぁ、ショーのはじまりだ」アイドルたちを人質に、立て籠もるTV局ジャック犯。莫大な額の身代金を要求し、もし用意できなければTV局の18階から人質を突き落とすという。恐怖に怯えるアイドルたち。一方、織葉は犯人たちの目をかいくぐり、遂にその本当の目的を知って――!? 爆弾娘・織葉のギャラクティック・オンステージが、今、幕を上げる!!

謎の貨物船を調査するため、飛岡港を訪れた『ブラックラベル』の狭霧友子、剣光姫、柩小夜たち3人……彼女たちは、嵐、美琴、織葉からなる『アンプルワン』の前身、『アンプルゼロ』のメンバーである。貨物船に乗り込んだ彼女たちの前に現れたのは、柩を『センパイ』と呼ぶ双子の少女たち。『ハイジェッター』と名乗るその双子は、どうやら柩と戦うことが目的のようで――!?　

我を忘れ、暴走する柩。遂には仲間である『ブラックラベル』のメンバーにまで、その拳を向ける。柩を止めようとする嵐たち『ブラックラベル』。しかし、柩を傷つけたくないあまり、本気で戦うことができない。仲間が仲間を傷つける……そんな悲惨な現状の中、友子は遂に命の選択【トリアージ】をする。 ――「お願いよ、小夜……！　もう二度と――あなたを殺させないで」

悪性腫瘍を切除するように、街に巣くう犯罪者を処刑する非合法組織『ブラックラベル』――。 その存在について調査をしていた刑事・鈴江このみが、何者かによって連れ攫われるという事件が起こる。 犯人の目的は一体何なのか。このみ刑事の救出に向かった『ブラックラベル』を待っていたのは――!? 複雑に絡み合った悪と悪を、彼らは切除することができるのか――!?

事の真相を明らかにするため、互いの得た情報を報告し合う『ブラックラベル』たち。持ち寄った情報を照らし合わせていく中で浮かび上がる、新たな悪性腫瘍の存在――。 それは、犯罪という名の病巣を切除する処刑人『ブラックラベル』がこの世に生まれた理由と、強く結びついていた……!?嵐たちの知らないところで、事件は更に加速度を増す。 彼らが選んだ命の選択【トリアージ】は、いったい何を伝えようとしているのか――!?