Un jour, un mystérieux virus est apparu qui a tué tous les humains de plus de treize ans, et des vampires sont soudainement apparus, emmenant les enfants survivants avec eux.

Quelques années plus tard, Yūichirō Hyakuya et Mikaela Hyakuya y vivent et donnent leur sang. Yu déteste les vampires et s'attire beaucoup d'ennuis avec eux, mais Mika donne son sang à Ferid Bathory en échange de bonne nourriture et ainsi de tout ce qu'il souhaite avoir. Cette nuit-là, ils mangent le curry que Mika a "gagné" et décident de s'échapper.

Quatre ans plus tard, Yūichirō Hyakuya est un soldat de l'Armée Démoniaque Impériale du Japon, mais il est suspendu pour insubordination. En guise de punition, il fréquente une école avec l'ordre de "se faire des amis". Il intervient lorsque trois brutes bousculent Yoichi Saotome, mais il n'est pas autorisé à faire du mal à un civil et finit par devenir leur garçon de courses à la place.

Un vampire s'échappe d'un centre de recherche voisin, et Yu se bat contre lui. Yoichi l'aide également. À la fin, Guren Ichinose la tue et sauve la vie de Yu. Yoichi arrive avec joie et s'empare de Yu, alors Shinoa Hīragi, l'officier de surveillance de Yu, l'informe qu'il devra tenir sa promesse de le laisser entrer dans la Brigade Gekki.

Yu et Yoichi sont tous deux acceptés dans la Brigade Gekki.

Yûichirô se bat contre Shinoa qui le vainc facilement grâce à son arme démoniaque. Pour sauver Yuji et pactiser avec un démon, Yû pénètre dans la chambre interdite.

Mikael est certes devenu un vampire, mais il n'est pas comme les autres. Yûichirô et Yoichi suivent une formation pour passer le test d'aptitude aux armes démoniaques.

Krul rassemble ses vampires et déclare la guerre à l'armée démoniaque impériale du Japon. Après un examen sur les sortilèges, Glenn teste la résistance des élèves.

Lors du rituel du pacte, Yûichirô, Yoichi et Shihô affrontent chacun leur démon afin d'obtenir leur propre arme démoniaque au péril de leur vie.

La brigade de Shinoa accueille un cinquième membre, Mitsuba Sangu, et part pour sa première mission à Harajuku sur l'ordre de Glenn.

La brigade apprend de l'enfant sauvée par Yûichirô que les vampires sont basés dans la station d'Omotesandō. Les membres se préparent à les attaquer immédiatement.

La brigade arrive à Shinjuku, qui est attaqué par les vampires, et aide à défendre le secteur. Shinoa distribue au trio des pilules permettant de décupler leurs forces.

Yûichirô et Shinoa partent au secours de Nagai. Alors que Ferid autorise Mikael à combattre Glenn, le reste de la brigade est assailli.

Après cinq jours, Yûichirô est toujours dans le coma. Shinoa demande des comptes à Glenn au sujet des pilules. De son côté, Mikael maudit humains et vampires.