Madrid, 1623. Les guerres incessantes menées par la dynastie des Habsbourg ont appauvri le pays. Fin bretteur, Diego Alatriste, surnommé «El capitan», gagne sa vie en protégeant des aristocrates ou en jouant les tueurs à gages. Lors d'un guet-apens visant deux Anglais, il sauve finalement la vie des deux hommes qui ne sont autres que le prince de Galles et le duc de Buckingham. Ceux-ci viennent pactiser avec l'Espagne, en oeuvrant pour le mariage entre l'infante Marie-Anne et le prince

Le grand inquisiteur Bocanegra et ses sbires font disparaître les témoins gênants de la tentative d'assassinat du prince Charles. Alatriste est en danger. Avec l'aide d'Iñigo, il se réfugie chez l'abbé Perez, sous la protection de l'Eglise. Fin stratège, Bocanegra décide de faire enfermer Inés, la soeur de María, car il sait que cette dernière fera tout pour délivrer sa soeur. Peut-être acceptera-t-elle d'espionner Diego, son ancien amant, pour le compte de l'inquisiteur ?

Sur les ordres de Luis de Alquezar, Malatesta a kidnappé Iñigo : il le torture pour connaître la cachette d'Alatriste. Mais le jeune garçon reste muet comme une tombe. Alatriste attaque le palais d'Alquezar et prend sa nièce Angelica en otage. L'échange des deux enfants tourne bientôt au règlement de comptes...

Après avoir aidé le prince Charles à s'échapper du couvent, Alatriste est mis en prison : Bocanegra l'oblige à écrire des aveux complets. De son côté, le prince a des ennuis. Il survit de peu à un gang des rues puis succombe aux charmes de deux prostituées qui sont venues à sa rescousse, attirées par sa richesse. Alarmés par son absence, le comte de Guadalmedina et le Premier ministre Olivares redoutent un drame : le moindre mal causé au prince déclencherait immédiatement une guerre avec l'Angleterre.

Décidé à garder un oeil sur le prince de Galles et ses escapades nocturnes, Olivares le fait installer au palais royal avec le duc de Buckingham. Charles est ravi, il se rapproche un peu plus de l'Infante. Le duc, lui, voit l'endroit comme une véritable prison. De son côté, Alatriste est toujours déchiré entre deux femmes : María et Caridad.

La rumeur de la liaison entre Buckingham et Teresa, la femme d'Alquezar, se répand à travers les palais madrilènes. Olivares y voit l'occasion rêvée d'humilier son secrétaire. De leur côté, madame de Brissac et Maria veulent rencontrer le père Ferrán : l'une pour empêcher le mariage des maisons royales d'Angleterre et d'Espagne, l'autre pour punir l'homme qu'elle juge responsable de l'incarcération de sa soeur...

Le père Ferrán, payé par madame de Brissac, délivre un sermon plein de zèle religieux contre le mariage des maisons royales d'Angleterre et d'Espagne. Son prêche pousse l'infante à reconsidérer ses projets de mariage. Mais le Premier ministre Olivares et le prince ont plus d'un atout dans leurs manches...

Le duc de Buckingham s'imagine que le retour d'un prince célibataire en Angleterre déclenchera un conflit avec l'Espagne. Olivares lui propose alors un mariage secret et charge le capitaine Alatriste et Quevedo d'organiser l'événement dans un lieu secret, éloigné du palais. Teresa de Alquezar est humiliée après les révélations de sa liaison avec le duc de Buckingham.

L'heure de leur mariage secret a enfin sonné pour le prince Charles et l'infante Marie-Anne. Mais Alatriste réalise qu'ils ont été trahis. Alors que surgissent Malatesta et ses sbires, le capitaine parvient in extremis à organiser la fuite du couple. Quevedo et lui doivent maintenant affronter une cohorte d'hommes en colère. Olivares, de son côté, est furieux car ces noces n'étaient pour lui qu'un moyen de gagner du temps.

Monseigneur Bocanegra affirme que la mort du confesseur de l'infante Marie-Anne est de mauvais augure : de terribles choses arriveront à l'Espagne si le mariage a bien lieu, ou si la pièce que le roi Philippe a écrite pour la reine Isabelle est représentée comme prévu. Alatriste, lui, doit s'allier à son pire ennemi, Malatesta, pour protéger deux riches Allemandes, la femme et la cousine du banquier Hans Hinterofen. Les choses se compliquent lorsqu'Alatriste réalise que les deux femmes, qui ne cherchent qu'à s'amuser, sont déjà suivies

Le roi Philippe tient compte des avertissements de Bocanegra. Il rejette la responsabilité des événements sur son Premier ministre Olivares. Aucun d'eux ne se doute que le prince Charles est désormais résolu à se convertir au catholicisme pour épouser l'infante d'Espagne

Luis de Alquezar et ses troupes ont envahi l'église où s'était réfugié Iñigo, rejoint par Quevedo. Alatriste surgit pour leur venir en aide, mais ils ne font pas le poids face à leurs attaquants. Au dernier moment, Angélica décide d'avouer la vérité pour sauver Iñigo...

Sebastian Copons attend son exécution. Il ne peut plus compter que sur Alatriste pour l'innocenter de la mort du cardinal. Lorsque Diego et Quevedo arrivent chez Saldaña pour l'interroger, ils surprennent sa femme au lit avec son amant. De son côté, Malatesta cherche à éliminer l'unique témoin du meurtre, la voleuse Dorotea.

Fou de rage et convaincu qu'Alatriste est l'amant de sa femme, Saldana le provoque en duel. Alatriste touche son ami en tentant de se défendre. Plus tard, lorsque Caridad et l'abbé Perez viennent rendre visite au blessé, ils le trouvent mourant. Pourtant, le mal ne semble pas provenir de la blessure légère qu'il a reçue. A la cour, le prince de Galles est en mauvaise posture : au dernier moment, le roi Philipe a refusé de ratifier son mariage...

Une grave épidémie fait des ravages à Madrid, ce qui conforte le duc de Buckingham dans sa décision de rapatrier le prince de Galles en Angleterre, avec l'aide de Diego et d’Iñigo.

Monseigneur Bocanegra fulmine quand il apprend que le prince Charles a promis de se convertir au catholicisme afin d'épouser l'infante Marie-Anne. De plus, le roi s'est entiché d'une nouvelle maîtresse, ce qui risque de déstabiliser le royaume. L'ecclésiastique charge Alquezar et Malatesta de régler promptement ces deux affaires.

Le prince Charles a renoncé à se convertir, brisant le coeur de l'infante. Alatriste est mal en point, car María continue de le repousser. L'alliance entre l'Espagne et l'Angleterre est définitivement enterrée : les troupes se préparent à nouveau au combat. Diego et Íñigo rejoignent les corps militaires. Mais au dernier moment, Malatesta, gravement blessé par Diego, communique à celui-ci un message qui va tout changer...