聖マヌエル城での戦いから一ヶ月。パルスでは未だ終わりの見えない戦乱が続いていた。 ルシタニアの侵攻によって生じたパルス国内の隙を突き、ペシャワール城砦に攻め込む遊牧国家トゥラーンの軍勢。パルスの兵たちは懸命に持ちこたえているものの、圧倒的な数の敵を前に、もはやその命は風前の灯。しかしそのとき、一迅の黒い風が戦場を駆け抜け、トゥラーン兵たちを次々と切り伏せる。続いて響く、涼やかで力強い「ヤシャスィーン！」の声。アルスラーンとその仲間たちが、帰ってきたのだ。

ペシャワール城砦を窮地から救うことに成功したアルスラーンたち。しかしトゥラーン軍にも国王トクトミシュの率いる後発の大部隊が合流し、戦端は閉じる気配を見せない。そんな折、ペシャワール城砦に捕えられていたトゥラーンの将ジムサが逃げ出し、トクトミシュの元にパルス軍の貴重な情報をもたらす。攻め時と見たトクトミシュは、卑劣な手段を用意して、アルスラーンの前に姿をあらわすのだが……。

アンドラゴラス王の命を受け、ペシャワール城塞を旅立ったアルスラーンたちは、一路、南を目指して馬を進める。路の途上で出会ったゾット族の助けも得て、無事、ギランへと辿り着いた一行は、活気あふれる街の風景に心躍らせる。さらに、ナルサスの旧友・シャガードからの歓待を受け、しばしの安息を手にするのだった。だがしかし、噂ではそんな街にも平和を脅かす存在があるのだという。商船を襲う、神出鬼没の海賊たちだ。

ギランの付近で海賊に襲われていた商船「勝利」号を助けたダリューンたち。その船長であるグラーゼは気持ちの良い海の男で、命の恩人の主であるアルスラーンが５万人の兵を求めていることを聞き、持てる財力を駆使した惜しみない協力を申し出る。そうした申し出を受けてナルサスは、どこか不審な様子を見せているギランの総督・ペラギウスに対し、ちょっとした策を仕掛けようと試みるのだった。

ルシタニアの支配によって、すっかり荒廃してしまった王都エクバターナ。アンドラゴラスの逃亡をきっかけとして国の実権は王弟のギスカールが握り、国王であるイノケンティスは幽閉状態にある。そんな状態にあっても尚、ギスカールは厄介な王を亡き者とする機会を虎視眈々と狙っていた。そんな彼の前に、イノケンティスに対して恨みを持つイリーナ姫と、何も知らない愚直な少女・エトワールという、謀殺のための格好の存在があらわれた。

捕えた海賊から、とある島に隠された古（いにしえ）の財宝の情報を聞き出したアルスラーンは、ダリューンとナルサスの率いる軍を島へと送り込む。しかしその情報は、海賊たちと通じたシャガードによる罠だった。頼りがいのあるふたりの将が不在となり、手薄になったアルスラーンの陣。その隙を突き、シャガードの率いる大量の海賊たちが、どこからともなく姿を現す。突然の敵襲によって、窮地に陥った王太子の命運や、いかに!?

エトワールとの再会。それは、アルスラーンに思わぬ事態の到来を告げるものであった。ルシタニア軍の実権をもはや完全に掌握したギスカール、パルスの王位継承という悲願の達成を目指すヒルメス……これまで、その野心を内に秘めていた男たちが、ついにその本性を露わにし始める。さらにアンドラゴラスも、王都奪還に向けて動き出した。パルスの地に吹き荒れる戦の風は勢いを増し、嵐へと転じようとしている。そのとき、アルスラーンの胸に去来する思いは……。