"내가 죽인 사람이 더 있습니다. 믿기 힘드시면 이곳으로 가보세요." 어느 날 경찰청에 배달된, 살인 예고 메시지가 담긴 한 통의 편지!  발송인은 부모님을 살해해 감옥에 수감 중인 사형수 '이정수'(강하늘)로, 자신이 죽일 사람이 더 있는데 전직 FBI 요원 '길수현'(김강우)이 아니면 더 이상 자백을 하지 않겠다고 한다.  이에 경찰 국장은 '길수현'에게 도움을 요청하는데...

"과연 죽을 사람이 더 없을까요?"   4명의 남성을 잔인하게 살해한 이정수(강하늘)가 길수현(김강우)에게 던진 한마디. 15년 전 '강순영'을 살해한 범인을 찾지 못하면 어린 여자아이의 생명이 위험해진다. 55시간의 시간 제한, '강순영' 실종에 얽힌 단서를 찾아라!

"특수실종전담팀의 첫번째 사건!  고속도로 한복판에서 사라진 회사원을 찾아라!"    회사의 사활이 걸린 중요한 기업설명회를 담당했던 실종자가 최근 결근을 하는 등 평소와 다른 모습을 보였던 사실이 밝혀진다. 그러나 회사 사장과 실종자의 아내는 수사를 중단해 달라고 요청하는데...

"이중 유괴 사건의 진실! 범인X를 찾아야 두 아이를 살릴 수 있다"     유괴된 자신의 아이를 구하기 위해 '하태조'(박해준)가 '류정국'(손종학) 사장의 아이를 유괴했다는 사실을 알게 된 특수실종전담팀! '하태조'의 뒤를 쫓던 중, 이중 유괴를 계획한 범인은 따로 있고 영정 사진 속 여인은 이 사건과 연관되어 있다는 것을 알게 되는데...

"시체 없는 살인사건! 빨간 여행 가방의 비밀"   "아빠, 나 지쳤어... 이제 벗어나고 싶어." 이주째 연락이 두절된 법무부 장관 후보 '남석태' 딸이 보낸 문자 메시지. '남석태'로부터 자신의 딸을 찾아달라는 부탁을 받은 특수실종전담팀은, 후보의 딸이 마지막으로 문자를 보낸 장소에서 사람의 혈액이 묻은 빨간 여행 가방과 함께 이상한 소리가 녹음된 핸드폰을 발견한다

실종자가 남긴 의문의 동영상이 조명한 네 건의 사망 사건! 누군가 자신을 죽이려 한다는 동영상을 온라인에 올린 여성이 사라졌다! 2주전 실종자가 경찰에 신변 보호 요청을 했지만 묵인된 사실이 밝혀지고, 실종자의 방에서 언론에 노출되지 않은 일반인 사망 사건 현장을 그린 그림들이 발견되는데.... 실종자가 남긴 의문의 동영상과 단서가 남겨진 죽음의 그림들! 실종자와 연관된 사망 사건의 비밀을 풀어라!

한 소녀가 길수현에게 '박사'라 불리는 소년을 찾아달라고 의뢰를 한다. '박사'의 정체는 불우한 가정환경에서 벗어나고 싶어 하던 '이동우'라는 고등학생으로 "누구나 가족이 되고 아무도 버리지 않는 그곳으로"라는 글을 SNS에 남기고 사라졌다. 수사를 진행하던 특수실종전담팀은 실종자 '이동우'가 최근 벌어진 연쇄살인 사건에 연루된 사실을 알게 되는데..

"사라진 제 딸을 찾아주세요."   30년 만에 잃어버린 딸을 찾은 100억대 자산가 할머니가 자신의 딸이 다시 실종되었다며 신고를 한다. 딸이 사라진 직후 할머니에게 이상한 전화가 걸려오고, 수사를 진행하던 특수실종전담팀은 딸의 수상한 과거를 알게된다. 한편, 지난 사건에서 자신 때문에 무고한 시민이 죽었다는 죄책감에 괴로워하던 '오대영'(박희순)은 특수실종전담팀에 합류하지 않고 혼자 토막살인사건을 수사하는데…

"토막 난 사체와 100억 원! 미궁에 빠진 두 개의 사건 속 검은 그림자"   길수현이 쫓던 조직사기단과 오대영이 수사하던 토막살인 사건이 연관되었다는 사실을 알게 된 특수실종전담팀! 두 사건을 공조수사하던 중, 사건에 연루된 용의자들의 충격적인 실체를 밝혀내는데… 토막 살인사건과 100억대 사기사건을 해결하라!

현직 여검사가 담당하고 있던 사건의 피의자와 함께 사라지는 사건이 발생한다. 이번 사건을 해결하기 위해 다시 모인 특수실종전담팀은 수사 중 실종자들을 둘러싼 거대한 음모와 마주하게 되는데...