뉴욕 타임스스퀘어 한복판에서 발견된 신원 미상의 여인. 자신의 이름조차 망각한 제인 도의 몸엔 의문의 문신이 가득하고, 그녀의 정체를 파헤치던 FBI 웰러 요원과 팀원들은 뜻밖의 음모를 마주한다.

제인 도는 하나둘씩 돌아오는 기억 속에 정체성의 혼란을 느끼고, 그녀의 몸에 새겨진 미스터리를 해독하던 웰러 요원과 팀원들은 전직 공군 조종사의 은밀한 과거로 이어지는 새 단서를 발견한다.

보석상을 습격하던 중 체포된 국제적인 강도 조직의 일원. 그의 몸에서 발견된 문신은 제인 도가 사건 해결의 열쇠임을 암시한다. 한편 제인의 역할을 두고 팀 내에서 갈등이 불거지고, 동시에 그녀의 정체를 밝힐 DNA 검사 결과가 공개된다.

제인 도의 몸에 새겨진 눈에 보이지 않는 메시지가 전 세계를 뒤흔들 치명적인 음모를 지목한다. 한편 패터슨은 제인의 수수께끼를 해결할 결정적인 단서를 발견하지만, 메이페어 부부장은 그 사실이 못마땅하다.

웰러 요원과 팀원들은 참혹한 인질극을 진압한 끝에 더욱 거대한 미스터리를 마주한다. 한편 제인 도는 하나둘씩 밝혀지는 자신의 과거가 버겁기만 하고, 그녀의 신변을 두고 FBI와 CIA가 첨예하게 대립한다.

뉴욕시 한복판에서 벌어진 사우디 왕자 피격 사건. 제인 도의 몸에 새겨진 올빼미 문신이 수사의 유일한 단서다. 한편 제인과 웰러 요원은 서로를 밀어내려 하고, 궁지에 몰린 저파타는 선택의 갈림길에 선다.

제인 도의 문신에 이끌려 위험한 무법지대로 향한 웰러 요원과 팀원들은 미스터리 해결의 결정적인 단서가 될 뜻밖의 인물을 발견한다. 한편 패터슨은 남자 친구와 함께 제인의 퍼즐을 파헤치며 아슬아슬한 줄타기를 이어 간다.

브루클린에서 경찰을 노린 연쇄 살인 사건이 발생하자 웰러 요원과 팀원들은 제인 도의 문신 속 단서를 쫓아 분주히 움직인다. 한편 게레로의 등장으로 메이페어 부부장의 어두운 과거가 드러나자, 그녀를 향한 웰러의 신뢰는 시험에 든다.

제인 도와 웰러 요원은 수천 명의 운명을 가를 기밀 정보의 유출을 막고자 암살자로 위장한 채 파티에 잠입한다. 한편 웰러는 과거의 연인과 조우하고, 데이비드는 패터슨과의 관계 회복을 위해 애쓴다.

패터슨이 겪은 쓰라린 아픔으로 잠복 조직의 거대한 음모가 드러나자 웰러 요원과 팀원들은 서둘러 진화에 나선다. 한편 웰러를 향한 감정을 확인한 제인 도는 모든 수수께끼의 실마리가 될 의문의 인물을 마주한다.

제인 도의 문신 속에 감춰진 좌표를 따라 흑해로 향한 웰러 요원과 팀원들은 국제적인 테러 조직의 치명적인 음모를 파헤친다. 한편 패터슨은 보안 규정 위반으로 내사의 표적이 되고, 제인은 오스카의 등장에 혼란을 느낀다.

군 기지에서 발생한 의문의 총격 사건. 제인 도의 문신에는 범인의 충격적인 정체를 파헤칠 단서가 숨어 있다. 한편 제인은 팀원들과 오스카 사이에서 선택의 갈림길에 서고, 웰러 요원은 25년간 감춰 온 아버지의 비밀을 전해 듣는다.

FBI 뉴욕 지부에 러시아 스파이가 침투했다는 첩보를 입수한 피셔 수사관은 대대적인 내사를 펼친다. 팀원들은 자신의 은밀한 비밀이 드러날까 전전긍긍하고, 서로를 향한 신뢰는 시험에 든다.

한 남자가 살인 누명을 썼다는 익명의 제보를 받은 팀원들은 진범을 찾는 동시에 저파타를 구해야 한다. 한편, 제인은 FBI 팀으로부터 스파이로 의심을 받자 FBI를 떠나려고 한다.

미술관 도난 사건을 조사하던 중, 갑작스러운 폭탄 공격을 받는다. 제인은 자신이 표적임을 알게 되고 팀까지 위험에 처하게 되자 모두의 안전을 위해 자취를 감추기로 한다.

무장한 괴한들이 장갑차를 습격해 위험한 물건을 훔친다. 인명 피해를 막기 위해 팀원들은 배후를 찾기 시작하고 패터슨은 떠나간 데이비드가 남긴 십자말풀이를 풀다가 그가 남긴 메시지를 보게 된다.

패터슨은 데이비드가 죽기 전 문신을 해독한 걸 알게 되고 팀원들께 알리지 않고 홀로 단서를 추적하던 중 한 남자에게 납치가 된다. 한편, 매슈 와이츠는 저파타를 찾아와 메이페어 부부장에 대한 의문을 제기한다.

감옥에서 폭행을 당한 리치 닷컴이 FBI에 매력적인 거래를 제안한다. 팀원들은 일급 수배자를 잡고자 리치 닷컴과 공조하게 되고 늦은 밤 배서니에게 의문의 여성이 접근한다.

숫자 문신의 단서를 따라 대학교에 간 팀원들이 갑작스러운 총기 난사 사건에 맞닥뜨린다. 총과 폭탄으로 무장한 범인을 추적하는 동시에, 연락이 두절된 리드의 행방까지 찾아야 한다.

상처투성이의 여자아이가 길에서 발견이 되고 아이의 스케치북에는 제인의 문신이 그려져 있다. 아이가 테러 조직과 관련됐다는 걸 안 팀원들은 아이를 보호하며 테러 공격을 막기 위해 동분서주한다.

FBI 본부의 메인 서버가 해킹을 당해 수많은 사람이 건물 안에 갇히고 만다. 요원들은 영리한 해커들의 정체를 추적하면서 위험에 처한 사람들의 목숨을 구해야 한다. 한편, 미연방 검사인 매슈 와이츠가 메이페어 부부장의 사무실을 압수 수색한다.

갓난아이가 도심 한복판에 버려졌는데, 아기의 출생 기록은 어디에서도 찾을 수 없다. 웰러와 팀원들은 아기를 둘러싼 비밀 프로젝트를 파헤치고, 메이페어는 자신을 살인자로 몰아넣은 배후를 찾아 나선다.

아버지의 고백에 혼란을 느낀 웰러는 사실 확인을 위해 고향으로 돌아가 과거 흔적을 찾는다. 리드와 저파타, 패터슨이 메이페어가 남긴 의문을 파헤칠 때, 제인은 오스카로부터 충격적인 진실을 듣는다.

CIA의 비밀 수용소에 수감됐던 제인 도가 탈출에 성공하자, 국가 안보국 요원 나즈 카말이 커트 웰러와 팀원들을 찾아와 협력 수사를 제안하고 제인은 셰퍼드를 만나려 한다.

제인의 진실을 알게 된 FBI 팀원들은 선뜻 제인을 다시 동료로 받아들이지 못한다. 한편 제인의 복부에 새겨진 문신에선 새로운 테러에 관한 단서가 발견돼 수사하던 중 엄청난 테러 음모를 알게 된다.

미국 군사 시설이 연이어 공격을 받자 웰러와 팀원들은 미군에 원한을 품은 테러범 체포에 나선다. 한편 셰퍼드는 제인이 기억을 되찾았는지 확인하기 위해 충성심 테스트를 한다.

웰러와 팀원들은 어두운 과거가 있는 테러범의 암살 시도를 막기 위해 제인의 몸에서 가장 눈에 띄는 문신을 분석한다. 한편 셰퍼드는 샌드스톰이 무엇을 위해 싸우는지 제인에게 보여 주기 위해 자신의 과거사를 털어놓는다.

한 정치인이 이민법 개혁 시위 중에 총에 맞아 죽을 뻔한 사건이 발생한다. 웰러와 팀원들은 연방 보안관 앨리 나이트와 함께 배후에 숨은 조직의 두목을 추적한다.

오리온의 실체를 폭로한 후 도망친 더글러스 윈터를 찾아서 웰러와 나즈가 불가리아로 향한다. 한편 제인은 로만을 도와 샌드스톰의 중요한 임무를 수행한다.

리치 닷컴이 자신을 노리는 암살자를 막아 달라며 FBI를 찾아온다. 웰러와 팀원들은 모두의 안전을 위해 리치와 협력해 공격을 막아야 한다.

제인과 웰러가 위장 근무를 하던 중에 실종된다. 둘을 무사히 구출하려면 사건의 열쇠를 쥔 두 범죄자의 입을 열어야 한다.

샌드스톰이 2단계 작전을 앞두고 제인을 납치한다. 웰러와 팀원들은 모두의 운명을 바꿔 놓을지도 모를 대참사를 막기 위해 현장으로 출동한다.

기억을 잃은 로만과 팀원 한 명이 자취를 감춘다. 커트와 팀원들은 셰퍼드가 손을 뻗치기 전에 한시라도 빨리 두 사람을 찾아내야 한다.

위험한 테러 조직의 리더가 미국에 밀입국했다는 사실이 밝혀진다. 제인은 자신을 고문했던 CIA의 키튼과 함께 사건을 수사해야만 한다.

제인의 표범 문신을 해독한 끝에 폭주족 바이퍼 킹스가 수사망에 걸린다. 웰러 팀은 셰퍼드를 함정에 빠뜨리기 위해 바이퍼 킹스와 안면이 있는 로만을 투입하고, 로만은 계속해서 떠오르는 낯선 기억에 혼란을 겪는다.

웰러의 경력에 셰퍼드가 개입했다는 사실이 밝혀졌다. 웰러 팀이 셰퍼드의 정체를 알아내기 위해 동분서주하는 한편, 아무도 예상치 못한 곳에서 또 다른 테러의 씨앗이 불거진다.

새로 해석한 문신은 바로 오늘을 가리키고 있었다. 웰러 팀은 문신의 의미를 밝히기 위해 감옥에서 리치 닷컴을 소환하고, 모종의 세력이 전쟁을 준비한다는 사실을 알게 된다.

제인의 문신 속에서 발견된 옛 동전의 도안. 그 도안을 상징으로 삼는 암흑가의 배달부를 찾아야 한다. 셋으로 나뉜 팀은 각각의 실마리를 쫓아 위험한 진상에 도달한다.

나즈에게 협력하던 샌드스톰 정보원의 정체가 드러난다. 웰러 팀은 적측에 거짓 정보를 흘려 테러리스트들을 일망타진하려 한다.

제인과 올리버가 모종의 세력에게 납치당한다. 서로 비밀을 숨기고 있던 두 사람이지만, 탈출하기 위해선 서로 믿어야 한다.

매슈가 실적을 노리고 돌아와 웰러의 팀을 샌드스톰 수사에서 배제하겠다고 위협한다. 제인의 문신은 한 위탁 아동의 자살 사건으로 이어진다.

유명 해커 조직이 시험에 통과하는 자에게 기밀문서를 넘기겠다고 선언한다. 제인과 웰러는 샌드스톰으로 이어질 단서를 찾아 해커의 시험에 응한다.

교도소에 들어가게 된 타샤. 샌드스톰 중역인 파커의 애인, 데번이 같은 교도소에 있다. 웰러의 팀은 데번을 이용해 파커를 확보하고자 하고, 위험한 탈옥 계획을 세운다.

샌드스톰의 공격이 예상보다 빠르게 시작된다. 팀은 가까스로 고비를 넘기지만, 웰러는 이내 2단계 작전의 진정한 목적을 깨닫는다.

2단계 작전이 아직 끝나지 않은 걸 깨달은 팀원들은 셰퍼드의 계획을 저지하려 분주히 움직인다. 끝을 직감한 팀원들은 저마다 마음이 복잡해지고, 상황은 다급하게 흘러간다.