父親の借金のせいで住む家をなくした桃園奈々生は、公園で怪しげな男・ミカゲから家を譲られる。しかし行ってみた先は廃神社。実はミカゲは土地神で、奈々生に神の印を与え社を譲ったのだった。そこに居たのは狐の妖怪・巴衛。巴衛はミカゲに仕える神使であったが、新しい主の奈々生を受け入れようとはせず出て行ってしまう。残された奈々生は巴衛を捜すため、あやかしの世界に足を踏み入れることになり…

巴衛が神使になり、ミカゲ社で暮らしはじめた奈々生。ある日、奈々生の通う高校に超人気ビジュアル系アイドル・KURAMA(鞍馬)が転入してくる。奈々生は鞍馬見たさに学校に行こうとするが、神の印のせいで妖怪に狙われやすいため巴衛に止められる。それを押し切り学校に行った奈々生だったが、鞍馬に冷たくあしらわれすっかり幻滅。しかし、なぜか鞍馬の方が奈々生に興味を持ちはじめ…

ミカゲ社に、ミカゲと友好関係にあった沼皇女が挨拶にやってくる。巴衛は人間の娘が土地神になったと知られてはまずいと考え、奈々生を会わせずその場をやり過ごそうとするが、奈々生が部屋に入ってきて計画は丸つぶれ。しかし、沼皇女からは意外な相談を持ちかけられる。人間の男の子に恋をしてしまい縁を結んで欲しいというのだが、妖怪と人間の恋は禁忌。巴衛は一蹴するが、沼皇女の恋する姿を見た奈々生は協力に乗り出す。

学校に迷い込んだ白蛇を助けた奈々生。その時、白蛇からの一方的な婚約の印を腕に付けられてしまう。巴衛は白蛇から奈々生を守るため、人間に化けて奈々生のクラスに転入することに。しかし2人が少し離れた隙に、奈々生は白蛇の化身・瑞希に攫われてしまう。瑞希はヨノモリ社の神使で、奈々生を自分の社に連れていき求婚をする。奈々生はそれを断り帰ろうとするが、歩いても歩いてもヨノモリ社に戻ってしまい抜け出せず…

ミカゲが神の印を奈々生に譲ったことを知った雷神・鳴神姫が、印を奪いにやってくる。それを阻止しようとした巴衛だったが、打出の小槌で体を幼児にされてしまい、奈々生も神の印と社を奪われてしまう。しかも巴衛は体が小さくなったことで熱を出し倒れてしまった。巴衛を元に戻すには、鳴神姫の神使になるという条件をのまなくてはならない。そんな巴衛を抱え路頭に迷っていた奈々生の前に、鞍馬が現われて…

神と神使の再契約のキスをした奈々生と巴衛。その日から巴衛を見るとドキドキしてしまう奈々生。巴衛は朝食を食べている奈々生が熱を出していることに気付く。しかし出席日数が足りない奈々生は、巴衛が止めるのも聞かず学校に行こうとする。すると虎徹の提案で、巴衛が奈々生に化けて代わりに学校にいくことに。完璧に化けたつもりの巴衛に、鞍馬が近づいてきて…。一方、巴衛が不在と聞いて、奈々生のもとに瑞希が訪ねてくる。

猫田あみから鞍馬に助けてもらったお礼を言いたいと相談をされる奈々生。しかし鞍馬はいつも女子生徒に囲まれているため、なかなか1人になるタイミングがない。そこで白札を使い2人が話せるきっかけをつくるが、それを見た巴衛は妖怪と人間の恋は禁忌と考えているため叱責する。すると今度は後輩の女子生徒から、巴衛と一緒に帰りたいと相談される。2人が一緒に帰れるようにセッティングする奈々生だったが…

水族館に行って以来、巴衛と自然に接することができない奈々生。巴衛の態度は変わらないが、奈々生にこれまでのように触れてはこない。元気のない奈々生を見たあみは、奈々生を海水浴に誘う。しかし、巴衛は海に入れない理由があるといい、奈々生を守ることができないと反対するが、結局、瑞希と巴衛も一緒に行くことに。海水浴を楽しむ奈々生たちだったが、あみが溺れてしまい、助けるために巴衛が海の中へ入ることになり…

過去に巴衛が奪った龍王の右目を取り戻すため、時廻の香炉で過去に行く奈々生と瑞希。そこで右目を持った野狐の巴衛と出会う。奈々生は巴衛を尾行した民家で、人間の女性・雪路と恋仲であることを知りショックを受ける。巴衛が龍王の右目を盗んだのは、雪路の病を治すためだった。巴衛が去った隙に龍王の右目を盗もうとした奈々生だったが、雪路が苦しみ始めたため、不老長寿の効果があるという右目を雪路に与えてしまう。

今より数百年前――。神堕ちと契約し、その契約が果たせなかったため呪を受け瀕死状態にあった巴衛は、土地神・ミカゲと出会う。ミカゲはその呪いの進行を止めるため、巴衛に忘却の暗示をかけ過去を忘れさせた。その後、回復した巴衛はミカゲの神使となったが、社の外では傍若無人な振る舞いでミカゲを困らせていた。神使であることに迷いを感じていた巴衛であったが、次第にミカゲを慕うようになっていく。

奈々生と巴衛は学校に行き、社で留守番中の瑞希は、その不公平さを感じていた。瑞希はテレビに映ったアイドルの鞍馬を見て、人間社会に溶け込む妖術を学ぼうと、鞍馬に会いに街にでかける。人間に慣れていない瑞希は途中、キャッチセールスで高額なシールを買わされたり、怖い人にからまれたり、タクシーを無賃で乗ってしまったりとトラブルをおこす。偶然通りかかった鞍馬に助けられ、一緒に番組の打ち上げに参加するが…

今日も参拝者ゼロのミカゲ社。実は近くの住人から｢お化け神社｣｢廃神社｣と呼ばれ、敬遠されていた。そのことを知った奈々生は、なんとか人に来てもらおうと、ミカゲ社で祭を企画する。巴衛は奈々生では祭事は荷が重いと反対するが、奈々生が自分のために参拝者を増やしたいと考えていることを知り協力をすることに。祭では奈々生が神楽舞を踊ることになり、巴衛の厳しい指導のもと必死で練習する奈々生であったが…

ミカゲ社に蔓延る瘴気を払うことができず、土地神としての自信をなくした奈々生は、ミカゲ社を出ていってしまう。巴衛と瑞希が街中を必死に捜すも見つからない。そのころ奈々生はもう一度、瘴気を払うことを決心しミカゲ社へ。しかし、どんどん瘴気が濃くなっており、木々は枯れ、まるで廃神社のようになってしまったミカゲ社。奈々生は土地を清めるため、巴衛から教わった神楽の舞を踊る。

One of two episodes bundled with the 16th volume of the manga. This one is based on the story from volume 15. Occurs roughly between season 1 and 2.

One of two episodes bundled with the 16th volume of the manga. This is an all-new story. Occurs roughly between season 1 and 2.

女子高生ながらミカゲ社の神様になった奈々生のもとに、乙比古が訪ねてくる。全国の神々が出雲に集まって会議を開く『神議り』の召喚状を持ってやってきたのだ。上から目線で参加を進められ、はじめは断る奈々生。しかし、巴衛が失踪したミカゲの影を追う姿を見て、出雲に行けばミカゲの居所を知る神が居るのではないかと考え、神議りに行くことを決意する。乙比古から参加条件として、ある試験を受けることになったが…。

乙比古の試験をクリアした奈々生は、式神の護と一緒に出雲に行く飛行機のチケットを買いに行く。帰り道、護が奈々生に向けられた強い殺気を感じ取り、人気のない公園に逃げ込むふたり。殺気の主は、神の座を失いもはや化け物へと成り下がった、神堕ちたちであった。人神でありながら神議りに出席する奈々生に嫉妬し、辞退せよと詰め寄ってくる。すると、偶然居合わせた青年が、神堕ちたちに挑発的な発言をしてしまい……。

神議りの主宰神の大国主から、黄泉への入り口『黄泉比良坂』へ偵察に行って欲しいと言われる奈々生。警備が手薄になる神議りの時期を狙って、妖怪が境界を壊そうとしているらしい。会議に遅刻をした罰として乙比古も同行し、ふたりは黄泉比良坂に向かう。ところが、入り口を塞いでいた巨岩石が真っ二つに割れていた！ 一方、留守番を強いられた巴衛はひとりであることをいいことに、社を空けて遊びに行ってしまう。

霧仁と一緒に黄泉の国に落ちてしまった奈々生は、黄泉国主祭神のイザナミから宮殿に招待される。イザナミは奈々生に黄泉の国を出るように言うが、霧仁は死者であることを見抜き、牢に閉じ込めてしまった。奈々生は霧仁を助けるため、黄泉の住人になったフリをして、イザナミの宮殿に残る。そのころ巴衛の元へ、奈々生が黄泉の国で行方不明になった知らせが届く。巴衛はすぐに黄泉への入り口である黄泉比良坂に向かうが……。

巴衛の助けにより、黄泉の国から無事に脱出した奈々生と霧仁。しかし、打出の小槌で妖怪に戻った巴衛は、大国主によって牢に幽閉されてしまった。それを知った奈々生は再び神使の契約を交わすため牢に向かうが、断られてしまう。巴衛は「この女はお前のなんだ」と霧仁から言われ、気持ちの整理がつかなくなっていた。奈々生はそれでも巴衛のために何かできることはないかと考え、麻毛理神とある物を物々交換する。

神議りの宴の席で、捜していたミカゲに会うことができた奈々生。しかし、思惑があるミカゲは、巴衛とは会わずに姿を消してしまった。ミカゲから人間と妖の恋が禁忌である理由を聞いた奈々生は、巴衛への気持ちに悩み、出雲からひとりで帰路につくことを選ぶ。地元に戻ると、駅で買い物中の姫美子と遭遇。姫美子は落ち込んでいる奈々生に気付き、「デートをしよう」と誘った。街を散策するうちに笑顔が戻る奈々生だったが……。

鞍馬山からやってきた牡丹丸が捜していた真寿郎とは、鞍馬のことだった。鞍馬の父である三代目僧正坊が病に倒れ、今は四代目候補である二郎が御山を仕切っているという。牡丹丸は四代目は鞍馬にと考え、下界まで迎えに来たのだった。跡目を継ぐ気はまったくない鞍馬であったが、牡丹丸の体に二郎につけられた鞭の跡を見て帰省を決意。奈々生と巴衛も万能薬の桃丹を持って鞍馬に同行する。しかし道中、深い霧に包まれてしまい……。

天狗の里の中心に立っている霊木の万年桜は、僧正坊が病に倒れてから枯れてしまっていたが、奈々生が白札で一時蘇らせることができた。しかし、偶然居合わせた二郎が、奈々生を厳しく叱責する。ここ天狗の里は、女人禁制の里だったのだ。思わぬ形で二郎と遭ってしまい、逃げ帰る奈々生。その夜、身を寄せている翠郎の家に、鞍馬の帰省を聴きつけた兄天狗たちがやってきて、鞍馬に四代目僧正坊になるように詰め寄ってくる。

本家道場のどこかにいる僧正坊に桃丹を届けるため、奈々生は天狗の変装をして護と牡丹丸と共に潜入するが、二郎の結界のせいで僧正坊を見つけることができない。一方、鞍馬は土地神のふりをして、巴衛と共に正式に本家道場に迎えられる。鞍馬は悪酔い必至の下界の酒を二郎に振る舞うが、先に酔いつぶれてしまい、悪巧みも気取られピンチに！ しかし、巴衛が奈々生に変化し二郎の酌をはじめると、結界がゆらぎはじめ……。

退魔結界で二郎の結界を解いた奈々生。夜鳥によって奪われ隠された僧正坊の御魂を、白札を使って探すが、白札が指した方向は行き止まりの壁であった。そこに二郎がやってきて、壁を破壊すると、扉が現われた。それは、17年前に封鎖された、鞍馬山に巣くう雷獣が眠る穴へと続く扉であった。二郎は奈々生に「近づくな」と言い、穴へと入って行く。奈々生も僧正坊の御魂を先に取られてはなるまいと、後を追いかけるが……。

一年の実りをもたらすという年神の所へ、新しい札をもらいに行く奈々生と巴衛と瑞希。年神の社の入り口には、十二鳥居というそれぞれ名前の書かれた鳥居が立っている。12年ぶりの年神に各々の12年を示すため、ここを通って12年間を振り返らなければならないという。それぞれ鳥居をくぐるが、奈々生だけがいつまで経っても出てこない。巴衛と瑞希はやむをえず奈々生の鳥居に入ると、そこには幼い日の奈々生の姿があった。

巴衛たちが見た12年前の奈々生は、幼くして波乱万丈であった。母を亡くし、ギャンブル好きの父は家を空けがちだったが、それでもひとりでたくましく育っていた。その様子を瑞希は見ていられなくなり、奈々生を過去から連れ出そうとするが、逃げられてしまう。そんな奈々生を巴衛は抱き上げ、奈々生を笑顔にするために欲しいものを与え、行きたい所に連れて行く。しかし、時折寂しそうな表情をみせる奈々生に巴衛は……

Episode 1 of 4 based on the "past arc" of the series, which spans the 14th through 17th volumes of the manga.

Episode 2 of 4 based on the "past arc" of the series, which spans the 14th through 17th volumes of the manga.

Episode 3 of 4 based on the "past arc" of the series, which spans the 14th through 17th volumes of the manga.

Episode 4 of 4 based on the "past arc" of the series, which spans the 14th through 17th volumes of the manga.

Nanami Momozono, current land god of Mikage Shrine, and her fox familiar Tomoe have faced many obstacles during their time together, but none so challenging as the one posed by the wealth god Ookununishi—if Tomoe’s wish to be human is granted, he must learn to live as one, and Nanami will have to return to being a human.

As the couple look to the future and reflect on their former adventures, Nanami tries to figure out their new living situation as her high school graduation approaches. But no matter the path they choose to walk, Tomoe and Nanami’s love will endure.