Lenka Utsugi est une nouvelle recrue ayant rejoint les rangs de la dernière forteresse humaine existante : Fenrir. C'est ici qu'il pourra réaliser son rêve de devenir un God Eater pour détruire les ennemis à qui il voue une haine féroce, les Aragami. Mais tout ne se passe pas comme il le souhaite puisque lui et son camarade Kota Fujiki doivent ronger leur frein et participer à de lourds entraînements avant de pouvoir espérer rejoindre le champ de bataille. L'attaque d'Aragami sur des quartiers résidentiels sans défenses va totalement changer la donne...

Après avoir sauvé Eric de l'assaut des Aragami, Lenka et l'Unité 1 sont attaqués par un Vajra. La bataille est rude mais remportée au prix d'une lourde perte qui va affecter Lenka, mis aux arrêts pour ne pas avoir respecté les ordres. Pendant ce temps, la branche extrême est de Fenrir s'apprête à accueillir un second God Eater nouveau modèle pour les aider à mieux se défendre face aux Aragami.

Lenka obtient finalement une seconde chance et se voit affecté à l'Unité 1, appelée en renfort suite à l'attaque des Aragami contre l'avion de transport emmenant l'énigmatique second nouveau modèle qu'ils sont censés accueillir. Arrivés sur les lieux, les God Eater découvrent un avion assailli par une marée d'Aragami faisant face à une jeune femme acharnée au combat.

L'unité qu'a intégrée Lenka grâce à son statut d'arme de nouveau type fait mouche. Leur sortie est un franc succès. Il est temps pour ses membres de prendre un repos bien mérité. C'est l'occasion rêvée pour Lenka de découvrir le système de fonctionnement de la cité, et les enjeux qui se cachent derrière les chasses aux Aragami...

Lenka semble tourmenté depuis qu'il a vu des voyageurs ayant risqué leur vie pour chercher un abri, se voir refuser l'accès à Fenrir. Mais notre héros tente de se ressaisir, surtout lorsqu'il apprend l'ampleur de la tâche du projet Aegis. Cette découverte va l'amener à choisir volontairement l'objectif le plus ardu de tous lors du choix de sa prochaine mission.

Après la débâcle face au Vajra noir, le Dyaus Pita, Sakuya se retrouve séparée de Lenka et Alisa, qui ont été emportés par le courant d'une rivière. À leur réveil, ils découvrent que leurs blessures ont été pansées, mais se rendent surtout compte de l'absence du God Arc d'Alisa, et de la « mort » de celui de Lenka...

Arrivé à temps pour sauver Lenka et Alisa, Lindow annonce à son QG qu'ils ne pourront pas se rendre au point de sauvetage, faute au trop grand nombre d'Aragami et aux blessures des deux nouveaux modèles. Lindow décide à la place de se rendre dans un lieu dont lui seul a connaissance et où se trouvent des réfugiés que reconnaît vite Lenka. Ils croient y être en sécurité mais les ennuis vont vite les rattraper.

Renka et Alisa ont été sauvés et ramenés à la base de la branche extrême est de Fenrir. Ils sont désormais sans unité jusqu'à nouvel ordre. Alisa a beaucoup de mal à se remettre du choc psychologique qu'elle a subi. Renka, lui, se remet très vite de ses blessures physiques, mais le problème est ailleurs. Il concerne en l'occurrence son God Arc brisé...

Lenka vient d'apprendre la nouvelle : s'il continue d'utiliser un God Arc, son espérance de vie déjà réduite va grandement chuter. Alors qu'il hésite encore à reprendre son poste de God Eater, il est nommé chef d'équipe au sein du plan Météorite, visant à placer dans la ville divers dispositifs ayant pour but d'attirer les Aragami afin de récolter plus rapidement les noyaux nécessaires à la construction d'Aegis. Il accepte la tâche et part en mission avec Soma dans son équipe, lequel semble avoir une réputation de porte-malheur parmi les employés de Fenrir...

Il y a 15 ans, la famille Utsugi récupérait un bébé abandonné. Cet enfant fut nommé Lenka et enveloppé de l'amour de son père, de sa mère et de sa sœur aînée Iroha, il se développa sainement. Lenka et sa famille vivent et coopérent au sein d'un groupe de réfugiés portant le nom d'Asyl.

Un jour, un God Eater du nom de Lindow Amamiya se rend au campement d'Asyl. Lindow est sur place pour conseiller aux réfugiés du campement de passer le test du patch. En cas de réaction positive du patch, les aptitudes de God Eater de la personne sont confirmées et les personnes lui étant liées par le sang sont autorisées à entrer à Fenrir. Le père de Lenka affiche une opposition farouche à cette méthode de sélection humaine, jusqu’au jour où...

L'opération Météorite est lancée. Cette mission essentielle à l'achèvement du projet Aegis consiste à utiliser des dispositifs mis au point récemment afin de guider les Aragamis et de les éliminer. Le God Arc de Lenka n'est pas prêt à temps, mais sur recommandation de Lindow, il participe quand même à l'opération en qualité de commandant. Alisa désormais remise participe elle aussi à l'opération, mais Lenka et ses camarades ne peuvent s'empêcher de ressentir un malaise en voyant son état.

Au départ, l'opération Météorite se déroule bien, mais tout à coup, les Aragamis qui réagissaient jusqu'ici aux dispositifs de guidage partent tous en direction du nord-ouest. Sentant que les choses tournent mal, Lindow se porte volontaire pour partir en éclaireur. Les Aragamis semblent vouloir se rassembler à Asyl, le campement auquel Lindow apporte son soutien.

On découvre que l'anormalité du dispositif de guidage a sûrement été provoquée par un hack interne. Lindow, seul et entouré d'Aragamis lutte férocement et Lenka qui vient juste de récupérer son God Arc flambant neuf le sauve d'un cheveu. Lindow suppose que si les Aragamis ont soudainement changé de direction de cette façon, c'est parce que quelqu'un a mis en place un autre dispositif de guidage. Il propose de le chercher et de le détruire, mais c'est là qu'apparaît Dyaus Pita. Lindow et Linka luttent péniblement contre Pita quand l'unité numéro un se précipite à leur secours.