为了神盾计划，新型噬神者亚莉莎·伊莉妮提娜·阿米耶拉来到机东分部。她与莲华、浩太被分配到第一部队，由队长龙胆、副队长佐久夜和索玛带领。神盾计划是要将一座废弃的海岛变成能够容纳全人类的避难所，免受荒神的侵袭。第一部队展开行动，他们的目标是回收荒神体内的核心

醒来的莲华看到了还在昏迷中的亚莉莎，简单的处理后亚莉莎恢复了生命迹象。打败他们的黑色的伐折罗让亚莉莎非常介意，在她准备起身去寻回神机时身受重伤的莲华倒了下去，在帮莲华处理了伤口后亚莉莎蜷缩在地上，透过门缝她似乎听见了很久以前的声音，那是她人生中最痛苦的一天。

神谕细胞正在吞噬莲华的身体，总有一天莲华会被侵蚀殆尽，就算他不再使用神机，也只能存活三年，这突如其来的打击让莲华不知所措。随后，莲华接到了有关陨石作战中诱导装置的任务，并作为队长率领索玛·席克札尔等人。索玛被同伴称为“死神”，而他竟是科学家爱莎·戈许的儿子，人类与荒神的混血儿

世界各分部派出精英支援陨石计划，亚莉莎再次回归，整个人都变了一个样。龙胆让莲华担任这次作战的前线基地司令部指挥官，大家可能会和之前的天父狄阿乌斯再次交手。尽管陨石计划关系着神盾计划，但龙胆并不是很赞同这次行动。由于异常突然出现，身为指挥官的莲华再次出战

龙胆被伐折罗围攻，莲华的新神机终于上线，以高火力瞬间击溃一群伐折罗。芬里尔出现内鬼。荒神霸主天父狄阿乌斯登场，第一部队追着它来到死亡森林。就在战斗中，亚莉莎被主治医生精神控制，接连对着龙胆开了数枪，所幸并无伤亡。众人被困无法动弹，亚莉莎在莲华的呼唤中恢复斗志。

龙胆的战败让队友们都失去了理智，不论莲华再怎么劝说他们都无法冷静下来，强大的天父狄阿乌斯瞬间便击溃了他们的阵型，面对这种情况莲华一时不知道该如何应对。本该避难的人们跑回来协助莲华等人，鼓足勇气的莲华决定继承龙胆的信念，守护龙胆所要守护的东西，在制定了作战方针后他们与天父狄阿乌斯的战斗开始了。