Lenka regresa de la exitosa misión de rescatar a Alisa y es asignada a la 1.ª Unidad junto con Alisa y Kota. Entra en la ciudad por primera vez por invitación de Kota y se entera de la existencia de Aegis Island, que es apenas visible en la superficie del agua en la distancia. El Proyecto Aegis es la principal prioridad de Fenrir Far East Branch, que ha estado avanzando para construir un refugio en una isla gigante para proteger a la humanidad de la amenaza de Aragami. Mientras tanto, mientras Alisa se somete a un examen médico, recuerda los ojos de Lenka, que describe crípticamente como 'Ужас' (uzhas), que significa horror en ruso. Y los tres emprendieron su primera misión como God Eaters de la 1ra Unidad.

Lenka, Alisa, Kota y Sakuya parten en una misión para dar caza a dos Aragami de gran tamaño conocidos como Vajra cuando se encuentran con un extraño Vajra negro que devora incluso a los de su propia especie. Este Vajra es extremadamente poderoso, y la primera unidad acaba dividida. Lenka se lleva a una Alisa inconsciente hasta un edificio abandonado. Su God Arc se ha roto, y la confianza de Lenka ha recibido un duro golpe. Alisa, que también ha perdido su God Arc en la refriega, se ve abrumada por una serie de terroríficos recuerdos de su infancia en los que el Vajra negro mataba a sus padres. Sin embargo la pareja, pese a estar herida y baja de ánimo, no puede descansar en paz, puesto que dos Ogretails se dirigen amenazadores hacia ellos en el edificio en el que se refugian.

La sobreadaptación de Lenka a las Células Oracle está provocando cambios en su cuerpo. Lenka se ve en un dilema cuando le explican que, aunque no podrá librarse de la inevitable muerte, si deja de ser un God Eater tal vez pueda prolongar su vida un tiempo. Mientras tanto se celebra una reunión sobre la "Estrategia Meteorito", la misión crucial que permitirá ejecutar el Plan Aegis. A Lenka le reconocen sus habilidades tácticas y es escogido como líder, aunque descubre que el resto de unidades evitan a Soma, a quien han calificado como "shinigami", pero esto le servirá para descubrir el pasado que le ocultaba.

Hace quince años, la familia Utsugi encuentra un bebé abandonado y deciden acogerlo. Llaman al bebé Lenka, y es criado amorosamente por su madre adoptiva, su padre y su hermana mayor Iroha. Viven en Agir, una comuna de refugiados. Un día, Lindow Amamiya, un God Eater, aparece y anima a todos a hacerse la prueba del parche. Se considera que cualquier persona que dé positivo tiene los atributos de un God Eater, y se le permitirá ingresar a Fenrir, incluidos los parientes relacionados con la sangre. El padre de Lenka desprecia este método discriminatorio de selección. Sin embargo...

La Operación Meteorito, un plan para atraer a Aragami con un dispositivo de guía recientemente desarrollado, es fundamental para completar el Plan Aegis. Lenka no puede unirse a la unidad debido a los ajustes que deben hacerse en su God Arc, pero Lindow le recomienda que comande el campamento base avanzado. Alisa se reincorpora a la unidad, pero los demás parecen sentirse incómodos a su alrededor. La Operación Meteorito comienza con éxito, pero de repente los Aragami se alejan de los dispositivos de guía y se dirigen al noroeste. Lindow es enviado a hacer un reconocimiento y se da cuenta de que los Aragami están convergiendo en Asyl, el asentamiento al que Lindow ha estado ayudando.

Existe una alta posibilidad de que la irregularidad en los dispositivos de guía se deba a una piratería interna. Rodeado por Vajra, Lindow continúa su batalla solitaria. Lenka adquiere un nuevo God Arc y saca a Lindow del peligro en el último momento. Razonando que alguien debe haber colocado otro dispositivo de guía que de repente distrajo a los Aragami, Lindow se propone encontrarlo y destruirlo. Pero Deus Pita aparece ante él. Es una batalla cuesta arriba para Lenka y Lindow, pero la 1.ª Unidad llega para ayudar.

Dejando a Lindow para que se encargue de Deus Pita, Lenka y los demás se apresuran a ir a Asyl para rescatar a la gente de allí. Pero Pita los alcanza, con el brazalete de Lindow colgando de su boca... La 1ª Unidad está en estado de shock, pero no tienen tiempo que perder. De repente, Pita amenaza la seguridad de Asyl. Lenka suplica a los miembros de la 1.ª Unidad que recuerden el deseo de Lindow y sus órdenes, e inspira al equipo con sus palabras: '¡Cree en tus amigos! ¡Destrúyelo!'