Lenka regresa de la exitosa misión de rescatar a Alisa y es asignada a la 1.ª Unidad junto con Alisa y Kota. Entra en la ciudad por primera vez por invitación de Kota y se entera de la existencia de Aegis Island, que es apenas visible en la superficie del agua en la distancia. El Proyecto Aegis es la principal prioridad de Fenrir Far East Branch, que ha estado avanzando para construir un refugio en una isla gigante para proteger a la humanidad de la amenaza de Aragami. Mientras tanto, mientras Alisa se somete a un examen médico, recuerda los ojos de Lenka, que describe crípticamente como 'Ужас' (uzhas), que significa horror en ruso. Y los tres emprendieron su primera misión como God Eaters de la 1ra Unidad.

Lenka, Alisa, Kota y Sakuya parten en una misión para dar caza a dos Aragami de gran tamaño conocidos como Vajra cuando se encuentran con un extraño Vajra negro que devora incluso a los de su propia especie. Este Vajra es extremadamente poderoso, y la primera unidad acaba dividida. Lenka se lleva a una Alisa inconsciente hasta un edificio abandonado. Su God Arc se ha roto, y la confianza de Lenka ha recibido un duro golpe. Alisa, que también ha perdido su God Arc en la refriega, se ve abrumada por una serie de terroríficos recuerdos de su infancia en los que el Vajra negro mataba a sus padres. Sin embargo la pareja, pese a estar herida y baja de ánimo, no puede descansar en paz, puesto que dos Ogretails se dirigen amenazadores hacia ellos en el edificio en el que se refugian.

Lenka y Alisa regresan a la Sede del Extremo Oriente, pero Alisa sufre de estrés post-traumático y el God Arc de Lenka ha sufrido graves daños, con lo que retiran a ambos del servicio temporalmente. Los recuerdos de su batalla con el brutal Dyaus Pita siguen torturando a Alisa, y su incapacidad para controlar su miedo le frustra. Cuando Lindow pregunta por qué unos poderosos Aragami se dirigen hacia la Sede del Extremo oriente, Tsubaki le muestra unos datos que lo dejan sin palabras. Mientras tanto, el Dr. Sakaki investiga cómo es posible que el God Arc de Lenka se haya roto. Pese a la carencia de Nuevos Tipos, el director de la Sede está por comenzar una nueva estrategia de batalla.

Hace quince años, la familia Utsugi encuentra un bebé abandonado y deciden acogerlo. Llaman al bebé Lenka, y es criado amorosamente por su madre adoptiva, su padre y su hermana mayor Iroha. Viven en Agir, una comuna de refugiados. Un día, Lindow Amamiya, un God Eater, aparece y anima a todos a hacerse la prueba del parche. Se considera que cualquier persona que dé positivo tiene los atributos de un God Eater, y se le permitirá ingresar a Fenrir, incluidos los parientes relacionados con la sangre. El padre de Lenka desprecia este método discriminatorio de selección. Sin embargo...

Existe una alta posibilidad de que la irregularidad en los dispositivos de guía se deba a una piratería interna. Rodeado por Vajra, Lindow continúa su batalla solitaria. Lenka adquiere un nuevo God Arc y saca a Lindow del peligro en el último momento. Razonando que alguien debe haber colocado otro dispositivo de guía que de repente distrajo a los Aragami, Lindow se propone encontrarlo y destruirlo. Pero Deus Pita aparece ante él. Es una batalla cuesta arriba para Lenka y Lindow, pero la 1.ª Unidad llega para ayudar.