Uma pequena porcentagem de adolescentes tem início de habilidades especiais. Yu Otosaka habilmente usa uma habilidade que domina o corpo de um alvo por cinco segundos para viver a vida escolar de um estudante de honra e é aceito em uma prestigiada escola secundária. Quando Yu está prestes a viver uma vida estável no ensino médio, uma garota chamada Nao Tomori aparece diante dele ...

Yu atua de má vontade em conjunto com o conselho estudantil e fica louco para proteger indivíduos com habilidades especiais. Isso mostra por que Tomori está determinado a cumprir os deveres do conselho estudantil diante do perigo - um passado envolvendo um destino cruel que aguardava um portador de habilidades.

As informações sobre um novo portador de habilidades chegam a Yu e aos membros ativos do conselho estudantil. Na busca de um indivíduo com duas habilidades de possessão de alma e pirocinese, Yu e companhia encontram um ídolo pop em particular.

As informações de um portador de habilidades que Kumagami transmite ao conselho estudantil no dia em que Yusa se transfere para a Academia Hoshinoumi apontam para um arremessador de beisebol do ensino médio em que Tomori já estava de olho. Sua habilidade é telecinesia. Contra um arremessador que usa sua capacidade de lançar o que poderia ser chamado de bolas diabólicas, o conselho estudantil da Academia Hoshinoumi o desafia a um jogo de beisebol para fazê-lo parar de fazê-lo.

Com as informações de Kumagami como uma dica, os membros do conselho estudantil continuam uma estaca no meio das montanhas, onde supostamente fica um portador de uma habilidade especial. Enquanto eles passam o tempo fazendo churrasco e pescando, Yu encontra a música de ZHIEND através do tocador de música de Tomori. E aquele que apareceu na frente deles enquanto continuavam a vigia ...

A localização do novo portador de habilidades, de acordo com Kumagami, era o condomínio onde Ayumi estava atualmente com um resfriado. Ayumi diz a Yu e Tomori que vieram ver como ela estava se saindo com o pesadelo que ela teve. Tomori, pensando que os detalhes do sonho podem ser uma dica para descobrir a capacidade de Ayumi, diz a Yu para extrair dela o conteúdo do sonho de Ayumi ...

Yu, decepcionado pelo fato de ter perdido sua irmã mais nova Ayumi, se fecha sozinho em sua casa e corta toda a comunicação com o mundo exterior. Negando até os preocupados membros do conselho estudantil que o procuravam, Yu leva uma vida dissoluta apenas para descobrir que aparece diante dele ...

Yu acaba indo para um show ao vivo do ZHIEND sozinho com Tomori. Os shows começam e o público esquenta, mas Yu sente uma sensação estranha dentro de seu coração ...

O irmão mais velho de Yu, Shunsuke, tem o poder de pular no tempo, mas perdeu a visão ao utilizar essa habilidade repetidamente e não consegue mais usar seu poder. Então, agora Yu deve substituir o irmão mais velho e salvar Ayumi.

Kumagami e Medoki aparecem diante de Yu Otosaka depois que ele resgata Ayumi com sucesso. Nas instalações de laboratório para as quais levam os irmãos, Yu descobre a razão por trás dos surtos de habilidades especiais. Kumagami então obtém informações sobre um novo manejador de habilidades e vai para a Academia Hoshinoumi, mas ...

Os amigos do conselho estudantil e Ayumi visitam Yu, que está hospitalizado devido a seus ferimentos. Entre eles está Tomori. Durante sua conversa com Tomori, Yu toma uma decisão certa.

A decisão que Yu toma é saquear a capacidade de todo último portador de uma habilidade especial na Terra.

É uma escolha que fornece salvação a todos os usuários de habilidades, mas, ao mesmo tempo, é uma escolha que faz Yu pagar um preço enorme em troca.