Sebagian kecil remaja memiliki permulaan kemampuan khusus. Yu Otosaka dengan cekatan menggunakan kemampuan yang mengambil alih tubuh target selama lima detik untuk menjalani kehidupan sekolah sebagai siswa teladan, dan diterima di sekolah menengah bergengsi. Tepat ketika Yu akan menjalani kehidupan yang stabil di sekolah menengah, seorang gadis bernama Nao Tomori muncul di hadapannya...

Yu dengan enggan bertindak bersama dengan OSIS dan mengamuk untuk mengamankan individu dengan kemampuan khusus. Ini menjelaskan mengapa Tomori bertekad untuk memenuhi tugas OSIS dalam menghadapi bahaya - masa lalu yang melibatkan takdir kejam yang menunggu pengguna kemampuan.

Informasi mengenai pengguna kemampuan baru mencapai Yu dan anggota OSIS yang aktif. Dalam pencarian mereka terhadap seorang individu dengan dua kemampuan kepemilikan jiwa dan pirokinesis, Yu dan rekan-rekannya menemukan idola pop tertentu.

Informasi dari pengguna kemampuan yang Kumagami sampaikan ke OSIS pada hari transfer Yusa ke Akademi Hoshinoumi menunjuk ke pelempar bisbol sekolah menengah yang sudah diperhatikan oleh Tomori. Kemampuannya adalah telekinesis. Melawan pelempar yang menggunakan kemampuannya untuk melempar apa yang bisa disebut bola jahat, OSIS Akademi Hoshinoumi menantangnya bermain bisbol untuk membuatnya berhenti melakukannya.

Dengan informasi dari Kumagami sebagai petunjuk, anggota OSIS melanjutkan pengintaian di tengah pegunungan di mana pengguna kemampuan khusus seharusnya berkumpul. Saat mereka menghabiskan waktu untuk memanggang dan memancing, Yu menemukan musik ZHIEND melalui pemutar musik Tomori. Dan, yang muncul di depan mereka saat mereka melanjutkan pengintaian...

Lokasi pengguna kemampuan baru menurut Kumagami adalah kondominium tempat Ayumi saat ini berada di rumah dengan flu. Ayumi memberi tahu Yu dan Tomori yang datang untuk melihat bagaimana keadaannya tentang mimpi buruk yang dia alami. Tomori, berpikir bahwa detail mimpi itu bisa menjadi petunjuk untuk mengetahui kemampuan Ayumi, memberitahu Yu untuk mengeluarkan isi mimpi Ayumi darinya...

Yu, kecewa dengan kenyataan bahwa dia kehilangan adik perempuannya Ayumi, menutup dirinya sendiri di dalam rumahnya dan memutuskan semua komunikasi dengan dunia luar. Menolak bahkan anggota OSIS yang khawatir yang datang untuk memeriksanya, Yu menjalani kehidupan yang hancur hanya untuk menemukan muncul di hadapannya ...

Yu, mulai menerima kematian Ayumi, masuk sekolah untuk pertama kalinya setelah sekian lama. Di sana, ia menemukan kenyamanan dalam kehidupan sekolah yang tidak berubah dari sebelumnya. Kemudian, dia akhirnya harus menghadiri pertunjukan live ZHIEND sendirian dengan Tomori, tetapi dalam perjalanan pulang dari sekolah hari itu, dia menabrak seorang wanita berwajah asing yang membawa tongkat putih.

Yu akhirnya menuju ke pertunjukan live ZHIEND sendirian dengan Tomori. Pertunjukan dimulai dan penonton memanas, tapi Yu merasakan perasaan aneh di dalam hatinya...

Kakak Yu, Shunsuke, memiliki kekuatan untuk melompati waktu, tetapi telah kehilangan penglihatannya karena menggunakan kemampuan ini berulang kali, dan tidak lagi dapat menggunakan kekuatannya. Jadi, sekarang Yu harus menggantikan kakaknya dan menyelamatkan Ayumi.

Kumagami dan Medoki muncul di hadapan Yu Otosaka setelah dia berhasil menyelamatkan Ayumi. Di dalam fasilitas laboratorium yang mereka bawa bersaudara, Yu menemukan alasan di balik pecahnya kemampuan khusus. Kumagami kemudian mendapatkan informasi mengenai pengguna kemampuan baru dan menuju ke Akademi Hoshinoumi, tapi...

Teman-teman dari OSIS dan Ayumi datang mengunjungi Yu yang dirawat di rumah sakit karena luka-lukanya. Di antaranya adalah Tomori. Selama percakapannya dengan Tomori, Yu membuat keputusan tertentu.

Keputusan yang dibuat Yu adalah untuk menjarah kemampuan setiap pengguna terakhir dari kemampuan khusus di Bumi. Itu adalah pilihan yang memberikan keselamatan bagi setiap pengguna kemampuan, tetapi pada saat yang sama, itu adalah pilihan yang membuat Yu membayar harga yang mahal sebagai balasannya.