特異災害對策機動部二課從日本政府調職到聯合國，並被重編為超常災害對策機動部隊S.O.N.G。其主要的職權是包括可能被再觀測到的認定特異災害在內，對於那些以通常的應對力難以應付的超常威脅的處理措施，然而自從對無法控制的航天飛機救助以來，便僅限作為主要為大規模災害及事故善後的機關而發揮功能。但在某天，神秘的反應波形被偵測到。在紅色粒子飛舞的月下，人偶盯上了身穿黑衣的小人影。那正是新的戰鬥的開端。突然噴出的火柱立刻化作火海，將週邊吞噬殆盡。接受了火災救助應援邀請的立花響，身披奇蹟之形Symphogear奔赴現場……但在她的前方，與在業火中流淚的卡蘿邂逅的理由，她仍無從知曉。

天羽羽斬和Ichii-Bal被煉金術的威脅所蹂躪。在放言道不會只是敗北而已之後，自動人偶遵從卡蘿的命令，拋下失去戰鬥能力的人撤退了。經過融合症例達到適合者，似乎是受到從那天起便一直持續著的想法的影響，雖然應該已經得到了力量，但響在沒有戰鬥的日子里四處奔走拯救人命的同時，也對於Symphogear的力量會傷害到別人而感到厭惡，並對其有所避諱。適合係數的不足值使用LiNKER也無法補足的調和切歌，在苦於Symphogear帶來的反噬同時，救助了艾爾芙娜茵和克莉絲，並帶到S.O.N.G.本部保護起來。之後，她們被告知世界的解剖計劃，以及已化為碎片、被收在小盒子中的魔劍之銘。對抗戰力處於絕對不足，即使如此，卡蘿的下一步行動已經間不容發地開始了。在和同學一同走在放學路上時，響遭到了攻擊。希望能設法解決，卻對戰鬥懷著恐懼的響，未能浮現出永恆之槍的聖詠。

救了無法裝備Symphogear的響的是拋棄了虛偽，披掛黑色永恆之槍的瑪利亞。瑪利亞為了趁此機會結果加莉而全力以赴，但在沒有借助LiNKER的 情況下，由於Gear的負荷而熱血沸騰，身體被毫不留情地灼燒。終於，在Gear被強制解除後，她也陷入和響同樣無法戰鬥的狀況，加莉感到無趣而拋下她們 離開了。因害怕而逃避的響，將目光背離戰鬥，至今為止在「為什麼、怎麼辦」的前方不斷摸索的步伐也變得遲鈍。即使如此，未來不顧危險，將過去自己和響一同 戰鬥，並在最後得到拯救之事告訴了響。　　面對伸出的手告知著「不要害怕」的未來，從寄宿著奇蹟的機械之手中，發出「不再逃避」誓言的響。即使戰鬥也有想要得到的真實——如此吶喊著的卡蘿所率領的敵勢力，以及，即使戰鬥也要守護的真實——如此追求著的響，在這一瞬間，衝突的理由第一次集合起來。

連響的永恆之槍都被打碎，保持完整戰鬥狀態的裝者終於一個都不剩了。對於這前所未有的危機狀況，期待能有回天之術而被推進的Project IGNITE。　唯一的希望，是讓Symphogear強化計畫能順利進展。此時，發生了讓發令所為之震動的爆炸衝擊。那是自動人偶蜜卡對本部的強襲。為了爭取強化型Symphogear完成前的時間，調和切歌飛奔而出。她們使用從醫療室拿出的model_K——奏曾使用過的LiNKER展開奮戰，但蜜卡的戰鬥力連這也壓倒了。　　在猛攻不斷持續時，恢復了意識的響宣言將要再度歌唱，但其胸中已經失去了永恆之槍，而由於掛著未來，笑容中也缺少了神采。僅僅注視前方，並發誓將可能性連結到後方的調和切歌，施展了最後王牌，經由LiNKER過剩投入進行的連攜攻擊。面對兩人不顧負荷勉強提升的音能量，蜜卡瞇起眼道「這就夠了」。

在調和切歌遭遇危機之時，獲得新的力量的翼與克莉絲趕往援助。不僅是出力增加，還施加了屏障場調整的強​​化型Symphogear，Arca Noise的解剖器官的分解效果也對其無效。　翼與克莉絲擊敗蜂擁而至的Arca Noise，打算好好回敬自動人偶蜜卡。但煉金術的障壁，擋下了她們至近的一擊。以計畫優先為理由，卡蘿命令蜜卡撤退，自己則立於最前線。在將回憶焚燒並變換煉成戰鬥力後，達烏爾達布拉的浮士德法衣終於發動攻擊。　　為了對抗卡蘿那不必吟唱就施展出壓倒性力量的猛攻，翼和克莉絲啟動了新搭載上強化型Symphogear的IGNITE模組。但，被拔出的魔劍的詛咒侵蝕著兩名裝者的心，幾乎引發暴走事故。就在以為萬事皆休之時，響裝備著同樣經過改修的Gear趕到了。不再害怕、提議再一次啟動IGNITE模組的響，對翼與克莉絲傾訴：守護某人的力量－Symphogear，必定也會守護自己。

瑪麗亞想獲得不輸於命運的力量，其自我的特點是懦弱，包括對自己說不要驚慌也是懦弱的象徵表現想藉由裝備賽蓮娜gear的這份光輝變得更強大，就如同標題一樣，被翼認為是媽媽的感覺第一次暴走是因為想殺死懦弱的自己，但卻不明白那即是自己，也就是否認自我所以暴走，所以瑪麗亞其實是輸給了自己而在最後瑪麗亞終於理解了強大的意義，那就是認識自己（γνῶθι σεαυτόν ）

響願意去見父親是多虧了未來的鼓勵，認為是爸爸破壞了一切，但可能自己也有些責任在響的記憶中，父親是一個溫柔帥氣的人，但是卻也見到了父親的另一面對自己的所作所為毫無自知之明且毫無責任感，感覺遜斃了要是不想拖人後腿，一定要意志堅定，對自己的選擇不後悔，大家會生我們的氣，一定是為我們著想，勇敢面對自己所作所為的強大，就算前輩撒手不管也能像模像樣地前進，不成為別人的絆腳石，那不僅是讓自己變得更強，更要對自己的行動負責，人偶目的是調查電力路線，由於電力總量低下，電力會優先提供給政府據點，探索那裡可發現表面無法看見的首都構造。

風鳴翼和瑪利亞來到了鳳鳴八紘宅邸，也就是風鳴翼的本家，執行要石防衛任務。遇到了前來攻擊的自動人偶法拉，兩人與之展開激戰卻不幸戰敗，風鳴翼遭受重創，要石也被擊碎。而深淵之龍宮也被卡蘿和蕾亞入侵，克麗絲、切歌和小調前往支援，而鳳鳴八紘宅邸再次遭到法拉的襲擊，風鳴翼在得知父親的苦衷後奇蹟般的擊敗了法拉。

克莉絲、切歌和小調在深淵之龍宮遭遇了威爾博士和卡蘿、蕾亞，展開了戰鬥，在蕾亞攻擊克麗絲時被重創的切歌和小調檔下，在兩人的激勵下重拾鬥志的克莉絲使用了Ichii-Bal的技能擊敗了對手。

天空裂開了，威爾的城堡出現在天空之上。城堡內部，威爾卻與卡蘿產生了衝突，卡蘿殺死了威爾控制了整座城堡，並與小響展開戰鬥，隨後風鳴翼、克麗絲、瑪利亞、切歌和小調等五人支援到達，雙方展開了激鬥。

調因切歌“不想讓調再戰鬥了”，就和調大戰。兩個人最後用注射Linker的方式決鬥。絕唱後的調明顯不是切歌的對手，兩個鋸子都被切歌的巨鐮（相當大，有兩個半人那麼高）切斷了。當切歌準備給調致命一擊時，菲尼的靈魂覺醒了，施展出了和上次切歌看到的一樣的防護罩。這時的切歌非常後悔，想用自己的武器自盡。調為救切歌替她承受住了斬斷靈魂的一擊，瀕臨死亡之際菲尼的靈魂出現，與之對話，菲尼表示原本以為可以不再覆蓋掉別人的靈魂而重生，但看到調，告知自己已經是亡靈，請她向立花響傳遞「總有一日，人與人終能互相理解「的話語，以及表明使世人能互相理解的任務是她們這些當下年輕人的責任，於是選擇以自己的靈魂代替調的靈魂被擊毀而消散。最後調無傷清醒，和切歌相擁，兩人徹底和解。

在最終決戰中，響六人擊破了卡蘿的防禦，迫使卡蘿燃燒了記憶化作力量來抵擋六人的攻擊，響在融合其餘人的力量後，使用永恆之槍擊敗了卡蘿。