暑假開學日。在疲憊的響面前出現一架直升機，就像引導Symphogear裝者走向新的戰鬥一樣轉動著迴旋翼。舞台是南美洲的軍事政權國家巴貝韋德。面對擁有Alca-Noise為武器、對當國國民進行鎮壓的巴貝爾德政府，直屬聯合國的超常災害對策機動部Task Force「S.O.N.G」透過會議決定對當地武力介入。軍事據點立刻被鎮壓下來，但是──被不認人知的結界守護著的舊歌劇院有著三名煉金術師的身影，她們的名字分別是聖日耳曼、卡里奧斯特羅、普勒拉蒂。將煉金術的碎片轉移給巴貝韋德政府的正是在熱帶夜晚綻放毒花般的她們。面對無情奪取人命的煉金術師們，瑪利亞、調、切歌做好絕不退縮的覺悟，使用了最後的LiNKER。

裝者和煉金術師對峙的舞台轉移到日本。私立莉迪安音樂院的第二學期開始了，尚未完成的暑假作業，還有為克莉絲擔憂的響，這些心事在其表情一一浮現。帶著巴貝爾德政府持有的機密資料，稍後回國的翼和瑪利亞遭到卡里奧斯特羅和普雷拉蒂的攻擊。雖然因為敵人的“熱烈歡迎”，所乘坐的特別飛機被擊毀了，但箱子裡的機密資料勉強得以保住。聖日耳曼啟動安蒂基西拉（Antikythera）的齒輪，讓自律人偶·緹姬甦醒。這時電話鈴聲急切地響起，麥克風的另一頭是巴伐利亞光明結社的統制局長亞當·懷斯豪普特。煉金術師們再次攻擊裝者，派出能夠製造出虛擬空間的Alca-Noise，將響、翼、克莉絲三人圍困。響她們則使用IGNITE模組突破困境。

為了解讀翼和瑪利亞從巴貝韋德共和國帶回來的機密資料，S.O.N.G.的各位訪問長野縣松代國土安全保障的要地「風鳴機關本部」。裝者們擔負著週邊的警戒任務，但最後的LiNKER已經用完了，無法裝備Symphogear的瑪利亞、調、切歌掩飾不住心中的焦慮。另一方面，巴伐利亞光明結社的煉金術師們為了執行統制局長亞當下達的“Symphogear破壞命令”，聖日耳曼正著手煉裝鎧的完成。心急的卡里奧斯特羅攻擊S.O.N.G.，不過無功而返。而後戰鬥中，為了消滅大量Alca-Noise，響等人拔劍啟動IGNITE模組，然而那是個圈套。終於穿上利用了「賢者之石」的煉裝鎧的聖日耳曼、卡里奧斯特羅、普勒拉蒂將IGNITE模組破解，響、翼、克莉絲命懸一線。而且，亞當突然亂入，宣稱在此時此刻進行「黃金煉成」——

介入戰鬥的統制局長亞當開始黃金煉成，同時也是對裝者必殺的一錘。千鈞一髮之際救出響她們的是沒經過LiNKER而穿上Symphogear的瑪利亞等人。但是，身為國土安全保障要地的風鳴機關本部卻消失得無影無蹤。冒著絕唱級的負荷也挺身而出，瑪利亞她們奇蹟般地只受到輕傷。根據Argetlaim的特性推測，艾爾芙娜茵透過追尋在瑪利亞腦內殘留的Argetlaim的電訊號痕跡，試著弄清腦的哪個領域與Symphogear相連。這是危險的行動，卻是LiNKER的配方解析的突破口。另一方面，終於讓神之力具現化的巴瓦利亞光明結社，為了剷除Symphogear開始著手總戰力作戰。

為了讓人類從支配中解放的聖日耳曼，帶著巨大Alca-Noise襲來。因為裝者的聯合攻擊，巨大Alca-Noise被擊潰，但那卻個陷阱。巨大Alca-Noise分裂成幾個個體，各自開始侵略行動。為了完成LiNKER，為了尋找最後的碎片，即與Symphogear相連的大腦區域，觀測殘留的電氣信號痕蹟的瑪利亞和艾爾芙娜茵，在昏暗世界的最深處被那個令人懷念又不爽的聲音所愚弄。與數不盡的Alca-Noise陷入消耗戰的裝者們已精疲力盡。在危機逼近摯友·未來之際，響面臨正義的抉擇，正想去拔劍。另一方面，在假想形成的深層意識內，瑪利亞客觀地看待自己的記憶，比起童孩時代站在更高更寬的視角看清事實。那就是威爾博士常所說的「愛」。 LiNKER的配方終於完成，調、切歌、瑪利亞出動支援響等人。

Symphogear裝商和煉金術師在爆炸中心地對峙。有著被無端踐踏的過去的聖日耳曼，拒絕與響的對話請求，選擇戰鬥。響也因為和聖日耳曼一樣內心有著同樣的傷痕，絕輕易地放棄。為了掌握月球遺跡，聖日耳曼她們所尋求的是所謂的「神之力」。根據藤堯拼死帶回來的影像記錄資料來分析，可判斷那是用生命能量所煉成的東西。同時，弦十郎推測，響的一擊並不會達到分解的程度。巴伐利亞光明結社的目的也逐漸明朗化。但是，被「拔劍」被封鎖的裝者的狀況處於劣勢。苦思對抗方法的艾爾芙娜茵，在龐大的聖遺物相關資料中發現一絲希望。與赤之輝石「賢者之石」對抗的奇蹟，就是立花響過去與永恆之槍融合期間，在其胸口結出來晶體，戲稱「愚者之石」。

作為對抗賢者之石的手段，Symphogear強化計畫。裝者們對愚者之石寄予希望，弦十郎卻面情嚴肅，宣稱要對她們「特訓」。另一方面，被小調和切歌的合唱擊退的普勒拉蒂受了重傷，聖日耳曼忙著祭壇設置的儀式，卡里奧斯特羅決定單獨出擊。史蒂芬和索妮亞在回國之前要求和克莉絲見面。面對神情明朗的史蒂芬，克莉絲一臉陰沉，一直被後悔的情緒折磨著索妮亞的表情也和克莉絲一樣暗淡。就在相互躊躇著踏出人生一步的時候，巴伐利亞光明結社襲來。以將裝者們分開為致勝策略的卡里奧斯特羅，成功將小調和切歌隔離，除了封鎖了IGNITE模組，還阻斷了合唱，以為勝利在望。但是那個時候，克莉絲聽了史蒂芬的一席話後得到自我寬恕，拔劍同瑪利亞合唱大反擊。

賢者之石封殺拔劍的對抗手段－絆之合唱。 Symphogear裝手們的組合練習進行中，卻只有小調狀態不佳，焦慮萬分。當時，透過神社總廳得到關於「神之力」的消息，即為神出之門的傳承。 S.O.N.G.所火速前往現場調查。另一方面，對強迫犧牲同伴的做法懷有不信任感的普勒拉蒂質問亞當，雙方裂決。普勒拉蒂向正執行儀式的聖日耳曼奔去，但由於一路高調狂飆，對道路造成損害。飛奔而來的翼和調向普勒拉蒂追問目的但遭到對方的拒絕。為了阻止居民區即將遭到蹂躪，翼提議用合唱進行高機動戰，但是調卻一臉陰沉。生活在狹小世界的調，要和誰聯繫起來都不容易做到，就像在看不到出口的隧道上行駛一樣，和翼過去的自己完全重疊。

聖日耳曼已經做好的獻出生命的覺悟。即便為了追求自己的理想，聖日耳曼仍不免對亞當和緹姬的言語感到厭惡。 S.O.N.G.根據跟神社本廳的協力，看穿巴伐利亞光明結社的計劃是從Ley Line拉出行星生命力“神之力”具象化。在決戰的事前準備過程中，弦十郎提到了某個成為某個可能的對抗手段──那就是對抗「神之力」的「弒神之力」。但是，通往「弒神」真相的道路全被摧毀，已經很難弄清楚……緒川與各國的情報機關合作，為了讓說明一切而奔走……即便任務艱鉅，S.O.N.G.不顧一切地阻止巴伐利亞光明結社的作戰。千鈞一發之際，八纮起動要石，為阻斷Ley Line而關閉鼓星神門。即便如此，亞當消耗自身累積的魔力，將與地上的鏡像獵戶座相對照的天上的獵戶座作為「神出之門」開啟，試圖透過獲得的行星生命力與緹姬融合在一起，使之產生「神之力」。

夜空巡星的生命傾注而來，現在正是神之力完成之時。雖然身懷各自的正義，但阻止亞當的想法是一致的，響和聖日耳曼面對共同的敵人並肩作戰。由於消耗了大量體力，已無法進行黃金煉成，亞當在拳擊與槍擊的組合攻擊下被逼地走投無路/聖日耳曼刺傷亞當的瞬間，亞當不是人類而是人偶——這個巴伐利亞光明結社的天大秘密也被揭穿了。緹姬怒吼，將群星的生命力凝聚，對響和聖日耳曼充滿敵意的「神之力」Divine Weapon在此顯現。 Divine Weapon有著引以為傲的絕對的攻擊力和防禦力，Symphogear裝手、S.O.N.G.、人類在其面前不堪一擊。在絕體絕命之際，巴貝韋德的文獻終於公開了。有著「弒神」力量的哲學兵器，起名為永恆之槍（Ganguniru）。

浮在半空中的神之力，向被認定為容器的立花響流去。被響的身體固定的能量，變成蛹般的異形肉塊。面對這種難以置信的狀況，聖日耳曼屏住呼吸，亞當失望離去。戰慄不已的各國為迫近的超常威脅召開了緊急安全理事會，正討論著對作為災害中心的日本動用超過巴貝爾德規模的武力介入。風鳴訃聞將以前強行實施的新法案·護國災害派遣法應用於響。將響認定為第二種特異災害，打算處死來避免投入反應武器（核彈~）。在聯合國對日本武力介入的決議之前，Symphogear裝者們竭盡全力地為救出化身成巨人的響而奮戰。那之中也有聖日耳曼的身影。向響注入Anti-Linker，未來的呼喚傳到響的心中，響的身體離開神之力而獲救。但是，美國仍發射了核彈，聖日耳曼和卡里奧斯特羅、普勒拉蒂用自己的生命將其化解。

開啟「神出之門」耗盡力量，現在又喪失神之力亞當捨棄了完美的人類身姿。一直渴望站在高處的人偶，最後變成高大的牛角怪人，以求終結。 Symphogear裝手六人合唱提升Sonic Gain，但仍達不到起動X-Drive的水平，因而陷入苦戰。在壓倒性的戰鬥力面前，受挫的響聽到聖日耳曼的聲音。抬頭向前往閃耀的光點望去，那是聖日爾曼的煉裝鎧變身武器Spellcaster。響飛奔過去想撿起時，卻被亞當捷足先登。亞當將煉裝鎧變成的能量向響拋去，響用絕唱與之對抗。響身披金色Symphogear，用雙拳將亞當貫穿。