很久以前強風吹拂的彼方。史前文明時期。在一片沙塵的荒野附近的某個設施內的暗處，有個渾身是血，在地下攀爬著的男子用自身的權限啟動了某個裝置，留下個某個熟人（菲尼）的名字後就離世了……時間跳到現代。 S.O.N.G.本部浮出南冰洋，展開作戰行動。此行的目的是對被稱為「棺」的遺跡進行考察和對策探討。但是，本來應該是守護俄羅斯的南極科考隊的，卻發生了預想之外的事態－－和「棺」自身進入直接對決！盛夏季節仍處於零度以下的湖面上，新生重製的Symphogear的機能發揮得完美無缺。雖然是無機質但是「棺」的攻擊跟以前的強敵一樣異常猛烈。超出物理學法則的超低溫攻擊立即將裝者擊垮。 6人全部昏倒。意識漸漸薄弱之際，立花響回想起了事情的開始。那是自己被問到相信什麼、掌握什麼，未曾見過的殘酷的開幕！

在南極浮上的“棺”，被推定收容著阿努納基的神秘遺體。在最高層級的警戒狀態下，以遺體為目標的巴伐利亞光明結社殘黨強勢襲來。埃爾莎利用空間狹窄、光線不足的場所，封鎖長兵器和機動力，而調和切歌憑藉聯攜技，以至今積累的經驗成功將對方擊退。美國面對這一連串的事態毫不客氣地介入其中，負責遺體的分析，這讓訃聞的焦慮溢於言表。翼被新的威脅所困擾，彩排時毫無熱情。瑪利亞敲了敲翼的額頭，告訴她舞台也是她的戰場。翼接受瑪利亞的批評，並向瑪利亞提出一個條件。是可容納100萬人，眺望的空中庭院。作為開場的驚喜，和翼一同登場的瑪利亞的身影讓觀眾大吃一驚，接著是的曾為完成的佈景，讓聽者心中沸騰起來。在聲與光交融的空間讓人想起那一天的奇蹟。然後，悲劇開始上演…

雖然翼、瑪利亞、緒川從恐怖之夜逃脫，但心靈受到重創的翼恢復緩慢。據統計死者超過7萬，巴伐利亞光明結社殘黨的罪惡讓人無法容忍。米拉阿爾克和埃爾莎和2名黑子男子交易的一幕被飆車族看到，她們毫無留情地對其露出獠牙。目擊者正要被肢解的時候，響和克莉絲從天而降。在裝者二人的活躍下再加上狀態不佳，米拉阿爾克和埃爾莎節節敗退。為了把交易的公事包帶回而選擇撤退，但是空中毫無遮掩物，準確的克莉絲的槍彈。雖然響和克莉絲放跑了米拉阿爾克和埃爾莎，但從回收的公文包裡的稀有血液，可窺探出殘黨目的的冰山一角。根據狀況和過去的經驗來看，S.O.N.G最初認為是美國政府在背後支援殘黨，可是，研究聖骸的美國洛斯阿拉莫斯研究所卻又遭到了殘黨的襲擊推翻這一猜測。而那晚，調和切歌目擊到為了獲得血液而準備襲擊醫院的米拉阿爾克的身影。

妄想得到神之力的風鳴訃堂，與巴伐利亞殘黨匯合，但是在啟動Shemha護腕的儀式上發生爆炸意外。試圖掩蓋儀式，釋放Alca-Noise引來Symphogear裝。為了讓同伴逃跑爭取時間，凡妮莎與趕來的響、瑪利亞展開戰鬥。雖然被對方壓制著，但凡妮莎凜然拒絕響的相互交流相互理解的要求。撤退後的凡妮莎和米拉阿爾克、埃爾莎匯合，失去基地的Noble Red3人組只能在垃圾場露宿過夜，但在前戰鬥中凡妮莎被瑪利亞放上了信號發生器，她們的所在地已被S.O.N.G.所捕獲。無路可走的Noble Red三苦逼決定背水一戰，在Symphogear裝者6人的將落地面埋下地雷，再用“哲學迷宮”將6人囚禁，在封閉空間中將能源壓縮並引爆，瞬間把6人轟趴在地。意識朦朧下，響聽到聖日耳曼的聲音，啟動黃金Symphogear外掛－Amalgam，開始對Noble Red的大反擊。

裝者對Noble Red的戰鬥已經勝券在握，偏偏這時S.O.N.G.總部遭到以「監察」為名的日本政府突然而來的武裝鎮壓，不得不把Noble Red放走，這是風鳴訃堂幹預的結果。因為是自家政府的命令，只能配乖乖聽令配合監察，裝者們被迫休假待命。弦十郎已意識到是親爹在資助Noble Red。趁著假日，響約了未來、艾爾芙娜茵、翼4人逛街，然而翼無法走出演唱會悲劇的陰影，責備自己過於弱小而無法保護人們，根本無心玩樂。這時Alca-Noise在街市鬧事，響和翼出動，在戰鬥中翼產生幻覺，將無數的Alca-Noise看成了米拉阿爾克，對Alca-Noise一頓暴擊，其破壞力竟波及周圍。而真正的米拉阿爾克卻正把魔爪伸向未來和艾爾芙娜茵兩人。

S.O.N.G.由於遭到突襲式的查察導致機能不全，其結果不僅是被強行剝奪行動權，還讓非戰鬥人員捲入危險。未來和艾爾芙娜茵失蹤的現場只留下一大攤血，現在裝工們都為未來和艾爾芙娜茵擔憂。精神疲憊不堪的翼不理會瑪利亞的關心，與周圍人發生爭執並孤立自己，這時收到親爹風鳴訃堂的聯絡……另一方面，未來和艾爾芙娜茵被米拉阿爾克帶到了蒂福日城，從Shemha護腕抽取神之力並將其控制的計劃正穩步推進。 S.O.N.G.終於掌握了風鳴與Noble Red共事的證據，為了銷毀證據凡妮莎緊急出擊，卻不過緒川的謎之忍法。這時瑪利亞和克莉絲趕來殲敵，在平民車輛賓士的道路上和凡妮莎展開戰鬥。就在Symphogear勝利在即之際，從蒂福日城上升起一道光柱…

艾爾芙娜茵被米拉阿爾克的魔眼所迷惑，驗證啟動了用許多廢棄自律人偶的「記憶」供能的充能裝置。蒂福日城上空，「神之力」物質顯現化。那是從Sham-ha的腕輪抽取出來的不詳巨大能量塊。裝者們乘坐直升機緊急出動，但是要對作為高次元存在的神之力作出有效的攻擊是極其困難的，僅且只有一人，擁有弒神之拳的響才能與之抗衡。戰鬥過程中響受傷了，失去殺手鐧的裝者們不得不撤退。另一方面，Noble Red三人組為斬草除根正向艾爾芙娜茵磨刀霍霍，這時得到能量補充而再度甦醒，曾侍奉卡蘿爾的4名自律人偶法拉、蕾亞、蜜卡和加莉現身救出艾爾芙娜茵。艾爾芙娜茵為了救出被囚禁的未來，和4個自律人偶在蒂福日城開始行動。但是，在Noble Red的窮追猛打下，殘缺不全之軀的自律人偶們也一個個地倒下了。 “大家為了我……那我又能為大家做什麼”，艾爾芙娜茵啟動了達烏爾達布拉的浮士德法衣……

復活的卡蘿·瑪爾斯·迪恩海姆身披達烏爾達布拉的浮士德法衣大顯神威，把Noble Red三人組擊退。卡蘿接受艾爾芙娜茵（背後靈…）所託，試圖拯救小日向未來。卡蘿向S.O.N.G.提出合作去消滅神之力具象化的Sham-ha，但是翼等5人的絕唱無法激發巨大聖遺物蒂福日城，而這時卡蘿也被Noble Red三人組的哲學迷宮所囚禁。為了擺脫困境，卡蘿放手一搏，將全力激發的Phonic Gain託付給Symphogear裝者們，而甦醒的響也火速赴往戰場。當她用蘊含弒神之力的拳頭將敵人粉碎時，看到的是身穿神獸鏡Symphogear的未來…。

以小日向未來作為容器讓Sham-ha復活，並藉由神獸鏡Faust-Robe試圖將神之力控制。訃聞的計畫按部就班地進行，並啟動刻印操控翼。翼背叛眾人，抱著未來離開戰場。響因為在戰鬥中未經許可使用Amalgam而接受處分，內心彷彿徨地回到父親身邊。對訃聞所作所為事先有所察覺的八紘已展開行動，因訃堂違反護國災害派遣法而將對強制執法。試圖逆轉的S.O.N.G.和日本政府迅速前往風鳴老窩，但那裡已變成了萬魔殿。同往執行任務的瑪利亞和翼開始戰鬥，而另一邊，弦十郎和老爹訃聞也開始了打架。

Sham-ha擺脫束縛，一個名為「世界樹」的巨大構造物從鳳鳴家地下湧現。附身於小日向未來的Sham-ha和復活的Noble Red3人組出現在眾人面前。數日後，接受完的翼終於歸隊，響等人都高興地接納了翼。 S.O.N.G.意識到Sham-ha的目的跟月球遺跡有關，與日本合作的美國正著手準備派遣隊伍去調查月球遺跡。在裝者執行美國的探月火箭的寶物任務期間，Alca-Noise和Noble Red3人組如期襲來。藉由神力而完全怪物化的Noble Red3人組，變回人類的夢想已破滅，無可奈何地效忠於Sham-ha，再次和Symphogear裝者們展開戰鬥。

聖遺物「銀腕Argetlaim」讓瑪利亞夢見到史前文明時期恩基和Sham-ha這兩位神仙打架的場景。 Sham-ha突襲的光束攻擊擊中恩基，讓其身體結構逐漸轉變成銀。恩基砍掉左臂阻止這個轉換，並用最後的力量埋葬了Sham-ha。透過Noble Red3人組的轉送裝置，6名Symphogear裝者到達月球遺跡。翼和瑪利亞為尋找失散的同伴一起行動。 Argetlaim射出的光線引導兩人避開遺跡的防衛系統，來到了中樞部位。在那裡，透過持有恩基意識的互動系統，她們知道了隱藏在人類歷史背後的真相，這也涉及Sham-ha所做一切的威脅。這時米拉阿爾克出現咋i她們面前並開始戰鬥，翼和瑪利亞被對方完全怪物化後的強大力量和技能所壓制。為了扭轉局面，瑪利亞和翼以合唱反擊，唱起了二人首次同台演出的那首回憶的歌曲。

裝者不在的地球仍面臨Sham-ha的威脅。弦十郎決意去單挑Sham-ha，但艾爾芙娜茵阻止了他，並提出一個策略。那就是透過煉金術啟動蒂福日城的分解機能來弒神。卡蘿和艾爾芙娜茵直面Sham-ha，身穿達烏爾達布拉的浮士德法衣開始戰鬥。即便有著絕對壓倒性的戰鬥力差距，身處險境的卡蘿逆轉困局，即將時候完成弒神之際……Sham-ha卻身披神獸鏡Faust-Robe，以驅邪之力扼殺了煉金術的力量。而這時向地球核心推進的世界樹系統正式運作。另一方面，響和克莉絲正在和意圖破壞月球遺跡的凡妮莎展開戰鬥。對身世自卑、盡所人利用的Noble Red3人組被打回本性。但Sham-ha控制凡妮莎的意識完成對月球遺跡爆破，擾亂人類統一語言以封印Sham-ha的「混亂詛咒」得以解除。透過Noble Red搭建的哲學迷宮通道，6名Symphogear裝者離開了月球，奏起最後的絕唱，如同六顆流星降臨地球。