由纪以及胡桃、悠里、美纪四人是“学园生活部”的好朋友四人组。在学园留宿的这一社团的目的是“接近那些课上接触不到的学园的各种事物”！今天她们也在享用美味的通心面，在园艺部的屋顶庭园努力收获着小西红柿，在上课时打瞌睡。她们尽情享受着在各种方面都很热闹的每一天。某天，学园生活部吉祥物般的存在——柴犬太郎丸失踪了。由纪等人在学校中四处寻找，但……？

今天也从早上开始就精神满满地品尝咖喱！“学园生活部”的四人迎来了一如既往的早晨。吃过早饭的由纪在慈姐的指导下参加国语的补习课。但此时窗外已经满溢夏天的气息。期待着到海边去放焰火、打西瓜……。由纪对从今以后的暑假感到心潮澎湃。而且，说到夏天自然少不了试胆大会！回到活动室的由纪立刻向其他三人提议今晚就去玩试胆大会，但……。

今天是全校停电的日子。不能做饭也不能洗澡，四人中弥漫着阴暗的气氛，但以由纪的一句“去露营吧！”为契机，大家恢复了平日的精神。在活动室设置帐篷，兴致勃勃地聊到深夜的四个人，度过着和平时不太一样的时间……。另一方面，担任学园生活部顾问的慈姐，想起了“那一天”的事情。注意到一如往常的日子并不是理所当然的，“那一天”的事情。

那还是在与美纪相遇之前，那一天的事情。一早就心情很好的由纪，提出了前一天晚上就决定的想法。那就是到学校外面“远足”！“既然是学校活动，就不算是到外面去”被如此主张的由纪所说服，胡桃和悠里也要一同去远足。目的地是位在郊外的购物中心。她们准备了周密的计划，借来慈姐的车，准备走出校门……。

由纪等人外出去“远足”。她们所前往的地方是位于郊外的购物中心Rivercity Tron。在那里，下到地下食品卖场的胡桃，遇到了一只狗。那就是后来成为“学园生活部”吉祥物的太郎丸。她们继续和太郎丸一同探索，并在购物中心五楼与一位少女相遇了。这位少女不是别人，正是在这所购物中心持续着笼城生活的美纪。

“学园生活部”来了新伙伴！在购物中心独自一人过着笼城生活的美纪与大家会合，柴犬太郎丸也加入“学园生活部”成为了伙伴。由纪和慈姐一起，带着美纪参观学校。美纪想着也许终于可以回到日常当中而感到安心……。之后，由纪提议和新来的“后辈”美纪一起，四人举办一场“体育祭”。

“和慈姐以及胡桃、里姐比起来，自己究竟有什么长处呢”如此抱怨着的由纪。慈姐对她说“你的笑容能让大家充满精神，所以和平常一样就好”。但，在和大家交谈前几天的“远足”时，由纪猛然想起慈姐的车子只能乘坐四个人，在这种矛盾的记忆下她似乎将要回想起慈姐的死。看到由纪这个样子，美纪等三人提到“这样下去的话恐怕不好吧”……。

之前美纪找到的钥匙，悠里和美纪在教职员室寻找能够打开什么东西时，意外地用那把钥匙打开了“那个”门。究竟她们发现了慈姐留下来的什么讯息呢……？

随着炎热夏天的到来，由纪提议到天台的泳池游泳，悠里、胡桃、美纪便商量好暂且不提之前找到的东西，先放下苦恼陪由纪一起愉快地玩耍。深夜，太郎丸听到了奇怪的叫声便循声到达了胡桃她们之前没有到达过的地方，结果遇到了一个熟悉的人……

由纪起床时没有看到太郎丸，便把太郎丸不见了的消息告诉了其他人，悠里提议分头寻找。胡桃在路障外面看到了太郎丸的脚印，便沿着脚印追过去，岂料遭到袭击，而此时……

因为下雨而被潜在意识诱导的丧尸齐聚“学园生活部”所设置的路障下，看似固若金汤的路障开始被陆续推倒，丧尸们逐渐开始进入教学楼，由纪因为遇到了丧尸而完全恢复，胡桃因为受伤而被悠里固定住，美纪决定独身一人前往地下室寻找解毒药。可她们不知道的是，有的丧尸已经进入了天台并损坏了学校的蓄电装置……

因为蓄电装置被损坏，巡之丘高校被动开启了应急备用电源，完全恢复过来的由纪决定前往放映室，利用广播将丧尸全部引走……