新たな仲間を迎えようとする、ある日のA-TEC。しかし、火星へ向かう途上で転校生が誘拐されてしまう事件が発生。この難局を乗り切れるのは自分たちだけだと判断した室長の瀬良カイトは、A-TECのメンバーたちと共に前代未聞の救出作戦に乗り出す。しかし、遂に姿を現した転校生・霧羽ナギサの正体は、実は自分たちの上司だった。ナギサはA-TECがこのまま高コストのお荷物部署であり続けるようならばメンバーをリストラし、部署を解散させると宣告する――。

遅れてきた転校生・霧羽ナギサ。創業者一族の名を冠するこの男は、先行技術開発部部長に就任するやいなやA-TECの面々に、リストラを宣告。動揺する生徒たちを尻目に早速、A-TECを臨時休業にしてしまう。そんな中、テレビではA-TECを取り扱うドキュメンタリー番組が放送される。 追い詰められた瀬良カイトは自分も出演したドキュメンタリー番組内の自身の言葉に激励され、反撃の狼煙を上げようとナギサのオフィスへと向かうのだった―。

ナギサの兄であり、専務取締役・霧羽ユウジはA-TECの予算カットを宣告。ユウジの動きを不審に感じたナギサは自身の懐刀である経理のプロ、アンジェリーナを呼び寄せる。彼女の徹底した財務管理でA-TECはさらに追い詰められていく――。だが、それは同時にA-TECの財務を改善する延命措置でもあった。はたしてナギサの真の目的とは？ そして、居場所を失ったA-TECメンバーは一人また一人とカイトの元を去っていく――。

ファクトリーもない、金もない、仲間もいない―。完全に追い詰められたカイト率いるA-TEC。だがそんなカイトに霧科コーポレーションの労働組合が救いの手を差し伸べる。カイトは組合に対し、経営陣からA-TECを守ってもらうよう嘆願し、組合も全面協力を約束する。しかし、ミズキにはナギサからの忠告 「組合は君たちが想像するほど清くも正しくもない」という一言が気にかかっていた。

霧科学園の定期試験。しかしA-TECの専門的分野の試験に、これまでビジネス漬けだったナギサは思いがけず、苦戦を強いられていた。そんな姿を見かねたミズキは、ナギサに自身の過去を教えてくれることを交換条件に教師役を買ってでる。夜の教室で居残り勉強をするふたり。しかし、そこで語られたナギサの過去に思わずミズキは言葉を失うのだった。

大破したX-2に代わる新型試作機X-3の開発も、低予算で何とかやりくりしている。そんななか、イリスはテストパイロットの講義を受けるため、引率の花子とふたりで出張に出かけていた。しかし、帰りの便に乗り遅れたふたりは、偶然乗り込んだ霧科の社用機内でトラブルに巻き込まれてしまう――。

霧科科学技術学園にも文化祭の季節が到来。A-TECは名物の“ロケット飛行ショー”を今年も出展することになり、クラス総出でその準備に励む日々を送る。一方、世間では解散総選挙が近付きつつあり、カイトも労働組合へ協力を仰いだ際につながりを持った大宇宙党の村上サダユキ議員から応援演説を依頼されるのだった。

なんとしても大宇宙党の村上議員を潰せ―。そうユウジから命を受け、ミズキとの学園祭の約束を破り、ナギサが向かった先はある料亭だった。そして、そこに現れたのは意外な人物で―。一週間後、いよいよ選挙公示日前日。大宇宙党の村上の動向には未だ大きな変化はなく、やきもきするユウジ。しかし、そこにナギサから一本の電話が掛かってくる―。

選挙戦が過ぎ、新たな年を迎えた霧科市。A-TECは、ひと月後に迫った報告会でのプレゼンに向け、着々と準備を進める。なかでもミズキは寝食も取らず、調整作業に没頭していた―。一方、ナギサはこれまでの功績を認められ常務へと昇進する。そして重役会に加わったナギサはある行動を開始するのだった。

テストフライトの失敗から、なんとか意識を取り戻したイリス。しかし、完成したロケットはスクラップ同然の状況になっていた―。一方、カイトは恩師であるジェイソン・リーと再会する。リーは現在、霧科の社員としてある研究開発に取り組んでいた。そして、そこでカイトは霧羽カズヒサが抱くある野望を聞かされる―。

花子との連絡を最後に行方知れずとなってしまったナギサ。A-TECの面々は花子からナギサの危機を知らされ、捜索に動き出す。一方、カイトはナギサの記したある資料を見つけるのだった―。

A-TECが団結し臨んだ救出作戦もむなしく、拉致されたナギサを乗せたロケットは無情にも発射されてしまう―。そしてナギサを取り戻せないまま、A-TECの存続を決する最後のプレゼンの時間も刻一刻と近づいていた。絶望的な状況のなか、ミズキはある作戦に打ってでる。