獲物の血をミイラ化するまで吸い尽くす凶悪な蚊の大群がZ市に押し寄せた。蚊の群れを操っていたのは「進化の家」という謎の組織によって生み出された怪人モスキート娘。とそこへモスキート娘に立ち向かう一人の男が現れる。彼の名はジェノス。自らの身体を機械に変えて悪と戦う正義のサイボーグだ。モスキート娘との死闘の末に絶体絶命のピンチに陥ったジェノスは、たまたま通りかかったサイタマに命を救われる。数日後、命の恩人であるサイタマの元を突然訪ねたジェノスは彼に弟子入りを志願するのだった。

プロヒーローになって5日目。特にやることもなく自宅でゴロゴロしていたサイタマは、ジェノスから衝撃的な事実を知らされる。C級ヒーローには週に1度の活動報告ノルマがあり、それをこなせなければヒーローをクビになるというのだ。あわてて街へと繰り出し事件を探すサイタマだったが、そう都合よく怪人が出るわけもなく、刻一刻と期限が迫っていた。焦るサイタマの前に、彼をライバル視する音速のソニックが突然現れ、勝負を挑んでくる。事態をややこしく、そして悪化させるソニックに苛立つサイタマ。果たしてサイタマはヒーローの肩書を守ることができるのか！？

突如、S級ヒーロー達に非常召集がかかった。たまたまシルバーファングの道場を訪れていたサイタマとジェノスもシルバーファングに同行。A市にあるヒーロー協会本部へと足を運ぶと、会議室にはS級ヒーローの錚々たる面々が集結していた。そんな彼らの前でヒーロー協会の幹部が重い口を開く。100％的中するという予言者のシババワが、半年以内に「地球がヤバい」事態に陥るという予言を遺して亡くなったというのだ。会議室に緊張が漂う中、不意に本部ビルが轟音と共に揺れ、辺りは暗闇に包まれてしまう。やがて非常用電源に切り替わった会議室で彼らを待ち受けていたのは、今の一瞬でA市がほぼ壊滅したという事実であった。

A市上空に飛来した巨大宇宙船から地上に降り立ち、A級ヒーローのイアイアンを一蹴した戦闘員メルザルガルド。アトミック侍、金属バット、シルバーファング、ぷりぷりプリズナーらS級ヒーローが応戦するも、攻撃を受けるそばから肉体が再生するメルザルガルドには致命的なダメージを与えられず、戦いは難航する。一方、巨大宇宙船の内部に単独で進入したサイタマは、敵をなぎ倒し船内を破壊しながら中枢部を目指していた。サイタマの狼藉に業を煮やした敵幹部のゲリュガンシュプは、状況を打開するため再び地上への集中砲火を目論む。街を一瞬で破壊した悪夢のような惨劇が再びA市に牙を剥こうとしていた。