「進化の家」の刺客を返り討ちにしたサイタマとジェノスは、刺客の一人アーマードゴリラから組織に関する情報を聞き出した。進化の家の創設者であるジーナス博士は人類の人工的進化という危険な思想を掲げており、サイタマの強靭な肉体を研究に利用しようとしていたのだ。彼の企みを阻止するため、二人はその足で敵の本拠地へと向かう。一方、アーマードゴリラの通信によってそれを知ったジーナス博士は、二人を迎え撃つために進化の家の最終兵器を解き放とうとしていた。それは凶暴すぎるあまりにジーナス自身でさえコントロール不能な史上最凶の悪魔、阿修羅カブトだった。