自超巨型兵器·OBJECT的出現將人類對戰爭的認知徹底顛覆後，戰爭的主體變成以OBJECT之間的角力為主，傳統軍隊則毫無用武之地。阿拉斯加雪地中的基地中，派遣留學生的庫溫瑟與一等兵賀維亞也因為一般士兵實際上無事可做而被指派去進行毫無意義的鏟雪作業，然而他們並沒有料到在不久之後，他們即將以肉身之軀面對主體就超過50公尺長的OBJECT…。

“信心組織的”OBJECT攻入“正統王國”的阿拉斯加前線基地。為冰雪地帶進行過戰鬥特化、被稱之為“水蜘蛛”的OBJECT大破“貝比麥格農”，並進一步瞄準向移動基地。 「ELITE」遭受俘虜的話，等帶著她的只有悲劇。

為了阻止「信心組織」的追殺撤退中的我軍，同時也為了活著離開阿拉斯加，以OBJECT設計師為目標的派遣留學生庫溫瑟、貴族出身的雷達分析官賀維亞，以及OBJECT的駕駛員ELITE的米琳達決定集結三人的力量想辦法解決敵軍的OBJECT“水黽”，然而憑著人類的血肉之軀，沒有正面擊破OBJECT的方法的可能。維亞決定潛入敵軍基地，對OBJECT的備用零件動手腳…。

在阿拉斯加靠著肉身之軀將敵軍OBJECT破壞而立下大功的庫溫瑟與賀維亞受到了上層的注意，並且將他們送往了直布羅陀海峽的前線。任務內容是阻止濫採石油的敵軍OBJECT突破海峽進入地中海。敵軍OBJECT「三核心」對海上維修基地群展開了砲擊…。

潛入敵軍超大型OBJECT「三核心」、冒死裝置了大量炸藥的庫溫瑟與賀維亞成功引爆了三核心的儲油槽，然而三核心的機身主體卻依舊屹立不搖。儘管如此還是完成了任務的兩人與芙蘿蕾緹雅搭上了救生艇撤退至後方，但庫溫瑟卻查覺到與三核心交戰中的米琳達的異狀…。庫溫瑟決定回到前線，並再次試圖找出三核心的弱點…。

在直布羅陀海峽上再次立下大功的庫溫瑟與賀維亞被送往了大洋洲軍事國參與和情報同盟等國所組成的多國軍隊進行「治安管理」。敵方持有的是僅有一台的0.5世代OBJECT，面對多國聯軍合計超過20台OBJECT的陣容之下，大洋洲軍事國選擇利用領土廣大的優勢將OBJECT給藏匿起來。軍OBJECT的行動…。

由於正統王國戰地記者的貿然行動對大洋洲軍的部隊開火，導致大洋洲軍即將派出OBJECT行動屠殺平民以向世界宣示權威的結果。為了儘早找出大洋洲軍0.5世代OBJECT藏匿的正確位置，無法取得上層進一步情報的庫溫瑟與賀維亞只能靠自己進行推測。

如同庫溫瑟與賀維亞的推測，兩人在塔納米沙漠發現了大洋洲軍事國唯一的OBJECT“0.5世代”的身影，然而在向多國部隊的OBJECT請求增援卻意外遭受到了某位人物的干涉…。

庫溫瑟與賀維亞雖然接二連三地擊敗OBJECT立下大功，但也因為數度違反軍令而使得功績全被抵銷。兩人正被關在彈藥是進行著彈藥填裝的枯燥工作。而在此時芙蘿蕾緹雅對兩人下達了新的作戰任務，這次的地點是在南極找尋恐怖分子所佈署的地對空飛彈。襲擊…。

在南極企圖利用衛星激光攻擊月球表面別墅的幕後主使終於查明，乃是「資本企業」下的財團勢力「質量加速器財閥」所一手策畫。面對片面脫離資本企業，並往正統王國於南美洲設立的宇宙開發基地，正統王國決定要基於安全保護的名義對質量加速器財閥進行殲滅作戰，於是庫溫瑟與賀維亞等人再次赴往前線…

面對遲遲無法發現其身影的「質量加速器財閥」的OBJECT，正統王國大隊第52機動整備大隊展開了地毯式的搜索。然而就在同時，預定將從亞馬遜地方52大隊會合的新銳OBJECT 「光耀蝗蟲」卻突然遭受到敵軍OBJECT的極遠距離磁軌炮的直擊而大破。

在伊瓜蘇成功將質量加速器財閥的OBJECT“破壞信使”擊毀後，為了持續追擊質量加速器財閥殘黨，正統王國52機動整備大隊來到了質量加速器財閥的據點亞馬遜地方。最終目標是將質量加速器財閥現在的指揮者史拉德·漢尼薩克爾抹殺。 然而由於貝比麥格農前遭受到偷襲而處於中破無法維修的狀態，庫溫瑟等人開始在亞馬遜叢林做為先鋒緩緩前進…。

庫溫瑟一行人深入至亞馬遜市的遺跡內部，然而出現在他們眼前的，竟是已經部署完畢的OBJECT“破壞信使”所使用的高功率軌道炮主砲。眼看主砲即將發射，庫溫瑟立即呼叫貝比麥格農搶先一步進行射擊，然而在與此同時，庫溫瑟發覺了不尋常之處…。

庫溫瑟與賀維亞再次回到了貝比麥格農與信心組織的OBJECT「水黽」曾經發生過戰鬥的阿拉斯加。這次的任務是驅離在本已屬於正統王國軍所有的水黽殘骸周圍，並設立基地蒐集情報同盟軍資料。然而情報同盟軍也派出了在大洋洲攻略戰時曾與貝比麥格農共同行動的OBJECT“快擊手”，曾經短暫共同作戰過的兩架OBJECT，如今將要展開激戰…。

情報同盟軍能歌善舞的G罩杯人氣偶像ELITE的真實身份，竟然是身材嬌小的年幼少女…備受打擊（？）的庫溫瑟雖然沮喪不已，但是既然已經成功潛入“快擊手」的駕駛艙內部，還是立刻振作起精神威脅ELITE投降。然而庫溫瑟沒有預料到，就在同時，情報同盟軍的OBJECT級戰略AI「茱麗葉」也開始啟動…。面對已經緊急將主砲替換完畢的快擊手，米琳達的貝比麥格農卻是好不容易才勉強維修好一門主砲，這時庫溫瑟靈機一動想到了一個辦法…。

正統王國的電視台為了進行節目攝影而來到了正統王國軍第42整備大隊軍駐紮的基地內。正當基地內鬧得沸沸揚揚的同時，為了實施對“信心組織”軍隊位在堪察加半島的軍用礦坑的破壞作戰，決定將於夜間開始行動。路上，突然出現了一位穿著黑色軍服與其他軍人截然不同的女性…。

與庫溫瑟一同行動的納茲雷突然背叛，殺死同行的隊友後消失無蹤。庫溫瑟與夏洛特雖然好不容易撿回了一命，但是執行任務的電腦以及通訊用的設備遭受破壞，部隊A的任務宣告失敗…。即使如此為了要將納茲雷是間諜一事告知上層，兩人也必須想辦法活下去。而另一方面，賀維亞所在的部隊B眼前出現的，竟然是應該在海上與“靛藍電漿”交戰中的信心組織軍OBJECT“平衡翼”，走投無路的B小隊決定要背水一戰，然而…

暗殺隊友、造成任務失敗的叛徒納茲雷，開著礦坑內的工業用強化服，向庫溫瑟等人襲擊而來。在狹窄的礦坑內，庫溫瑟等人即使擁有能夠對抗的武器，也無法貿然進行回擊。收到了一則發信源不明的通訊…。

擅自行動、企圖屠殺信心組織反戰民間人士的OBJECT“靛藍電漿”，以及其所屬的正統王國軍第24整備大隊，發表了正式聲明。而正統王國的君主會議，也做出要將他們殲滅的決議。下，靛藍電漿可說是毫無勝算的，然而…。

領導第24機動整備大隊的貴族普萊斯威爾·西堤·史利克，帶領著多達七架的OBJECT襲來，而且他們即將以“軍事演習”為由，對維多利亞島的移民居住都市進行攻擊。溫瑟竟然表示要當場僱用她們…？

眼看移民居住都市即將進入靛藍電漿及其所率領的六架OBJECT的射程範圍之內，庫溫瑟等人決定展開行動。他們利用傭兵部隊釋出的無人機進行聲東擊西作戰，成功在敵人的OBJECT裝甲上造成了傷害，也同時證明了庫溫瑟的推測正確，這六台OBJECT確實是裝甲厚度遠不及真正OBJECT的偽裝機。到了偽裝機掉落的裝甲版。

庫溫瑟一行人與「情報同盟」開始進行人質交換。由於這次的任務與在國際社會中有龐大影響力的宗教家・庫朗代克大師有密切相關，在這個四大勢力的OBJECT齊聚一堂的交換地點，公主殿下與情報同盟的「呵呵呵」再度相會。正當她們兩人為了那位「少爺」吵得不可開交時，公主殿下的通訊系統卻突然中斷。在了解到通訊是遭受到不明人士中斷後，庫溫瑟等人立刻趕往發信源的地點。然而在途中，卻從督戰口中得知這次的事件與某個人物有密切關連的情報…。

因遭受弗萊德原評議員利用認知介入程序「真實之鏡」的入侵，貝比麥格農發生了嚴重的失控。而駕車疾馳的庫溫瑟與賀維亞，也因為受到炮火波及而身受重傷。將第37機動整備大隊的ELITE米琳達·白蘭丁尼，從失控的貝比麥格農中救出來…。