広大な世界と高い自由度を誇るDMMO-RPG《ユグドラシル》。一時は爆発的な人気を博すが、ついにサービス終了が決定。そして最終日、モモンガは、本拠地のナザリック地下大墳墓で仲間の訪れを待ちわびていた。

突如《ユグドラシル》からログアウトができなくなり、NPCたちがまるで人間のように動き出した。モモンガは混乱する一方で、NPCたちに設定されていた絶対の忠誠にも変化が生じているのではないかと危惧する。

マジックアイテム《遠隔視の鏡》の使い方を確認する中、モモンガは人間が暮らす村を発見する。その小さな村は騎士団と思しき戦士たちに襲われ、女や子供も容赦なく殺されていた。

カルネ村の事件の後、アインズは戦闘メイド（プレアデス）のナーベラルを供に連れ、リ・エスティーゼ王国の城塞都市《エ・ランテル》にやってきていた。二人はモモンとナーベという名前で冒険者組合に加入する。

薬師のンフィーレアから護衛を頼まれたモモンは、《漆黒の剣》と共にモンスターを狩りながらカルネ村を目指す。《漆黒の剣》のメンバーたちだったが、モンスターを薙ぎ倒していくモモンの力に度肝を抜かれてしまう。

カルネ村まであと少しのところで、村の変化に気づいたンフィーレア。周りを物々しい柵で囲った村の様子をいぶかしむ。すると突如、武装したゴブリンたちが出現し、一行は取り囲まれてしまう。

モモンは森の賢王に騎乗してエ・ランテルに帰還し、計画どおり冒険者としてその名を町中に広めていく。一方、バレアレ家ではクレマンティーヌがンフィーレアの帰りを待っていた。

モモンが乗り込んだ墓地では、秘密結社ズーラーノーンの幹部・カジットがエ・ランテルを死の都に変えるべく儀式を執り行っていた。カジットの相手をナーベに任せ、モモンはクレマンティーヌと対峙する。

エ・ランテルに出立する前、シャルティアに魔法や武技を持つ人間の捕獲を命じていたアインズ。シャルティアは行方不明になっても表沙汰にならない犯罪者に狙いを定め、盗賊まがいの傭兵団のねぐらを襲う。

シャルティアが反旗を翻した…。不測の事態に混乱しながらもアインズはまずシャルティアの居場所を探すことに。クリスタル・モニターに映し出されたシャルティアは森の中で立ち尽くし、手には神器級の武器があった。

軍勢も護衛も連れず、アインズはたった1人でシャルティアと対峙する。ユグドラシルには復活の魔法が存在していた。しかしこの世界で使用できるかどうかは確認できていない…。

シャルティアに苦戦を強いられる中、アインズは即死系魔法を発動し、組み込まれたスキルの効果で、即死効果に完全耐性を持つシャルティアとその眷属を全て滅ぼそうとする…。