「どんどんドーナッツ！ドーンと行こう！」上山高校アニメーション同好会の宮森あおい、安原絵麻、坂木しずか、藤堂美紗、今井みどりは、いつか一緒に商業アニメーションを作ることをドーナッツに誓った。 その２年半後、あおいは武蔵野アニメーションで、制作進行として働いていた。秋アニメの「えくそだすっ！」４話の作監上がりの回収をすませ、スタジオに戻ると誰もいない！！「うぅ〜ん？」あおいは社内を探っていると、真っ暗な廊下の先、会議室のドアから明かりが・・・

4話作業に加えて、9話進行も任されているあおい。新人ゆえ慣れない作業に戸惑いつつ、ひとつひとつ整理し進めていく。だが、デスクの本田に状況を問い詰められると、思わずアワアワ。なんとか矢野の助け舟でパニックを脱するも、宅配業者が原画を持ってこなかったり、アニメーターからのカットが上がらなかったりとてんてこ舞い。とはいえここまではどんな新人制作でも経験する、よくあるトラブルだった。そう、ここまでは。

必死の思いで菅野のもとに赴いたあおい。だがそこで彼女は、自分が菅野のことをほとんど知らないままに、原画を依頼していた失礼に思い至る。謝罪する彼女に、菅野はひとつアドバイスを送った。翌日、武蔵野アニメーションで最終話について会議が行われることに。ナベPは監督にクライマックスであっても、もはや労力のかかるカットはできないと断言。コンテの変更を要求する。

新人の入社式を終え、『第三飛行少女隊』も本格的に動き出す。あおいもデスクとして、慣れないながらも立ち回ろうと奮闘。新人の安藤と佐藤もそれに立ち会い、仕事を覚えることになる。制作の仕事は打ち合わせの連続。脚本打ち、演出打ち、作打ちetc。場合によってはロケハンに出向くことも。その合間に新人達は太郎とともに、付き合いの深いアニメーターの家を回る。こうして『第三飛行少女隊』は無事テイクオフしたはずだったが……。

『第三飛行少女隊』のあるカットで、美沙の会社が３DCGパートを引き受けることになった。さらにそのカットに絵麻が携わることになり、奇しくも共同作業となる。そこで美沙は該当カットの参考として、絵麻、しずかと共に遊園地に行くことに。だが、果てのない美沙の探究心のため、幾度となくジェットコースターに乗るはめに……。所変わってムサニでは、グロス先会社の社長、磯川がやってきていた。彼は矢野、平岡と専門学校の同期であることを明かす。だが、平岡の態度はトゲを含んだもので―。

ついに終盤を迎えた『第三飛行少女隊』の制作。変わらず頼りになるベテランたち。

かつてのあおい同様に、頼もしくなった新人たち。そして、ムサニから浮いていた平岡も……。全員一致団結して、この苦境に立ち向かう。それは、高校時代、いずれ一緒にアニメを作ろうと誓い合った５人も同じだった。あおい、絵麻、しずか、美沙、みどり。それぞれが懸命に夢を追うことで、いつしか彼女達は、少しだけあの時の約束に近づいていた―。